Mark,<br><br><div><span class="gmail_quote"><br>
</span><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">&gt; I am rather nervous about doing FEP/TI for disappearing charged<br>&gt; molecules, as it is not at all clear to me that it is possible do this
<br>&gt; correctly with current methods. Perhaps someone else may be able to<br>&gt; comment more, but at least with long range electrostatics (PME), systems<br>&gt; are required to be neutral. It IS possible to apply PME to a &quot;charged&quot;
<br>&gt; system, but I think this is typically done by spreading a uniform<br>&gt; neutralizing charge throughout the box. It isn't clear that this is<br>&gt; really correct for FEP/TI, I don't think, since in that case you will
<br>&gt; have a charged molecule overlapping with some of the uniform<br>&gt; neutralizing charge, which could give strange energy artifacts.<br><br>In general, PME can be applied to a system with any charge. The PME<br>section of the gromacs manual is silent on this topic, and I've never
<br>tried to do it, however. You are correct about the uniform neutralizing<br>charge throughout the box, but this is present for *every* partial<br>charge in the system, each of which contributes individually in the<br>Ewald summations. The utility of that as a physical model is a different
<br>question, however.</blockquote><div><br>
Thanks for the comments. Just to clarify what I meant about energy
artifacts, if you are compute the free energy of turning off a charge
which overlaps with a uniform neutralizing charge, suddenly the density
of that uniform neutralizing charge becomes quite important (at least,
it seems like it would) since the free energy of turning off the charge
depends on the surrounding charges... That's the part that seems
concerning. (More so for when the neutralizing charge overlap with a
given atom is constant, as in PME when FEP/TI is NOT done -- in which
case it seems clear it doesn't contribute to the dynamics or free
energies in any way).<br>
<br>
Thanks,<br>
David<br>
<br>
</div><br><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">I can't comment on the effectiveness of PME on such a system with FEP/TI.<br><br>
Mark<br>_______________________________________________<br>gmx-users mailing list&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br><a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users
</a><br>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php">
http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br></blockquote></div><br>