<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0 Transitional//EN">
<HTML><HEAD>
<META http-equiv=Content-Type content="text/html; charset=iso-8859-2">
<META content="MSHTML 6.00.2900.2802" name=GENERATOR>
<STYLE></STYLE>
</HEAD>
<BODY bgColor=#ffffff>
<DIV><FONT face=Arial size=2><FONT size=3>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-US><FONT 
face="Times New Roman">Thank for your help, all the suggestions and explanations 
.<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp; </SPAN>I will have to check all of 
them.</FONT></SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-US><FONT 
face="Times New Roman">I&#8217;ll let you know about the results.</FONT></SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-US><FONT 
face="Times New Roman">all best</FONT></SPAN></P></FONT></FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2><FONT size=3></FONT></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2><FONT size=3></FONT></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2><FONT size=3>I&nbsp; am not sure what's going on; 
it could be any number of things.<BR>However, I would probably start by trying 
to create a topology which<BR>will work for free_energy=no (which corresponds to 
lambda=0 which<BR>corresponds to no perturbation (at least in the case when soft 
core is<BR>not used)). If your topology works properly then (which it 
should),<BR>then there are a couple of other things I would suggest.<BR><BR>1) 
sc-alpha IMO is usually better at 0.5 than 1.5 for particle<BR>annhilation, at 
least with sc-power=1.0 (the default). I've done some<BR>checking on this and 
this seems to generally&nbsp; be the optimal choice of<BR>parameters (which is 
also what Michael Shirts has found). You might<BR>check if changing this helps. 
(In my experience sc-alpha=1.5 can lead<BR>to really steep slopes in dv/dlambda 
near lambda=0 and lambda=1, which<BR>could lead to large forces and some of the 
instabilities you seem to<BR>be seeing).<BR><BR>2) There are a number of people 
who do exactly what you're doing and<BR>turn off charges and van der Waals 
interactions at the same time, but<BR>I don't think it's really correct to do 
so. First, you want a smooth<BR>dv/dlambda curve, but if you adjust soft core 
parameters to give you a<BR>relatively smooth curve for turning off van der 
Waals interactions, it<BR>gives you a very un-smooth curve for turning off 
charge interactions,<BR>meaning that if you do both of them at the same time, 
your curve won't<BR>be very smooth. In principle, there can be worse problems, 
too: Soft<BR>core allows atoms to start interpenetrating somewhere before 
lambda=1,<BR>when the charges are still on to some extent. So now you have a 
Cl-<BR>with very weak vdW interactions such that other atoms&nbsp; can 
overlap<BR>with it -- atoms like, for example, the hydrogens on water (which 
have<BR>the opposite charge and typically no vdW radii either). So now 
you're<BR>putting a positively charged atom almost on top of a 
(somewhat)<BR>negatively charged ion, and bad things happen (usually the 
simulation<BR>blows up. You could describe this as sort of a fusion event... :) 
).<BR>My typical approach is to turn off charges first in a 
separate<BR>calculation without using soft core. The electrostatic 
interactions<BR>are usually a very smooth function of lambda, so this can 
usually be<BR>done with only 5 lambda values or so. THEN use soft core to turn 
off<BR>the vdW interactions. Again, there are two advantages to this:<BR>(a) 
Although it IS harder to run two sets of calculations instead of<BR>one, you can 
usually get by with fewer lambda values on each since now<BR>both 
transformations are relatively smooth functions of lambda. So<BR>it's two sets 
of calculations but you may be able to do them with the<BR>same total number of 
lambda values.<BR>(b) You avoid charge-charge overlap.<BR><BR>IMO your problem 
is more likely to be the first than the second, since<BR>you are seeing problems 
at lambda=0 as well. Do let me know what you<BR>find out, though, especially if 
it is the second problem (I need to<BR>demonstrate the charge-charge overlap 
problem, but it is only sporadic<BR>in everything I've tried, so I'd like to 
find a system where it's<BR>reproducible).<BR><BR>Incidentally, are you also 
using PME for long range electrostatics?<BR><BR>Best wishes,<BR>David 
Mobley<BR>UCSF<BR><BR><BR>On 3/30/06, P &lt;</FONT><A 
href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users"><FONT size=3>pyt1 at 
op.pl</FONT></A><FONT size=3>&gt; wrote:<BR>&gt;</FONT><I><BR></I><FONT 
size=3>&gt;</FONT><FONT size=3><I> Hi all.<BR></I>&gt;</FONT><FONT size=3><I> 
I'm trying FEP In gromacs3.3.&nbsp; My system (3nm; 3nm; 3nm) 
consists<BR></I>&gt;</FONT><FONT size=3><I> of one Na, Cl, DUM ion and solvent 
molecules.<BR></I>&gt;</FONT><FONT size=3><I>&nbsp; During my free energy 
calculations I want to perturb:<BR></I>&gt;</FONT><FONT size=3><I> 1) 
Cl-&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; into a DUM atom<BR></I>&gt;</FONT><FONT size=3><I> 
2) DUM&nbsp;&nbsp;&nbsp; into Cl-<BR></I>&gt;</FONT><I><BR></I><FONT 
size=3>&gt;</FONT><I><BR></I><FONT size=3>&gt;</FONT><FONT size=3><I> I'm using 
ffgmx.&nbsp; I've added new&nbsp; atom DUM into 
ffgmx.atp:<BR></I>&gt;</FONT><FONT size=3><I> &#8230;..<BR></I>&gt;</FONT><FONT 
size=3><I>&nbsp;&nbsp;&nbsp; SD&nbsp; 32.06000 ;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; DMSO 
Sulphur<BR></I>&gt;</FONT><FONT size=3><I>&nbsp;&nbsp;&nbsp; OD&nbsp; 15.99940 
;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; DMSO Oxygen<BR></I>&gt;</FONT><FONT 
size=3><I>&nbsp;&nbsp;&nbsp; CD&nbsp; 15.03500 ;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; DMSO 
Carbon<BR></I>&gt;</FONT><FONT size=3><I>&nbsp;&nbsp; CHE&nbsp; 12.01100 
;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; HEME RING CARBON<BR></I>&gt;</FONT><FONT 
size=3><I>&nbsp; MNH3&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Dummy mass in rigid tetraedrical NH3 
group<BR></I>&gt;</FONT><FONT size=3><I>&nbsp;&nbsp;&nbsp; MW&nbsp;&nbsp; 
0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Dummy mass in 
rigid tyrosine rings<BR></I>&gt;</FONT><FONT size=3><I>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
IW&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
Dummy particle in TIP4P etc.<BR></I>&gt;</FONT><FONT size=3><I>&nbsp;&nbsp; 
DUM&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
moj atom<BR></I>&gt;</FONT><FONT size=3><I> 
&#8230;..<BR></I>&gt;</FONT><I><BR></I><FONT size=3>&gt;</FONT><FONT size=3><I> I've 
updated ffgmxnb.itp:<BR></I>&gt;</FONT><FONT size=3><I> 
&#8230;.<BR></I>&gt;</FONT><FONT size=3><I> OWT3&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
15.99940&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
0.000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; A&nbsp;&nbsp; 0.24889E-02&nbsp;&nbsp; 
0.24352E-05<BR></I>&gt;</FONT><FONT size=3><I>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
SD&nbsp;&nbsp;&nbsp; 32.06000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
0.000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; A&nbsp;&nbsp; 0.10561E-01&nbsp;&nbsp; 
0.21499E-04<BR></I>&gt;</FONT><FONT size=3><I>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
OD&nbsp;&nbsp;&nbsp; 15.99940&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
0.000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; A&nbsp;&nbsp; 0.22715E-02&nbsp;&nbsp; 
0.75147E-06<BR></I>&gt;</FONT><FONT size=3><I>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
CD&nbsp;&nbsp;&nbsp; 15.03500&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
0.000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; A&nbsp;&nbsp; 0.90507E-02&nbsp;&nbsp; 
0.21758E-04<BR></I>&gt;</FONT><FONT size=3><I>&nbsp;&nbsp; CHE&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
12.01100&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
0.000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; A&nbsp;&nbsp; 0.23402E-02&nbsp;&nbsp; 
0.33740E-05<BR></I>&gt;</FONT><FONT size=3><I>&nbsp; 
MNH3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
0.000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; A&nbsp;&nbsp; 
0.0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
0.0<BR></I>&gt;</FONT><FONT size=3><I>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
MW&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
0.000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; A&nbsp;&nbsp; 
0.0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
0.0<BR></I>&gt;</FONT><FONT size=3><I>&nbsp;&nbsp; DUM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
0.000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; A&nbsp;&nbsp; 
0.0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
0.0<BR></I>&gt;</FONT><FONT size=3><I> &#8230;.<BR></I>&gt;</FONT><I><BR></I><FONT 
size=3>&gt;</FONT><FONT size=3><I> My dual topology for Cl and DUM 
atoms:<BR></I>&gt;</FONT><I><BR></I><FONT size=3>&gt;</FONT><FONT size=3><I> [ 
moleculetype ]<BR></I>&gt;</FONT><FONT size=3><I> ; 
molname&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; nrexcl<BR></I>&gt;</FONT><FONT 
size=3><I> 
Cl&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
1<BR></I>&gt;</FONT><I><BR></I><FONT size=3>&gt;</FONT><FONT size=3><I> [ atoms 
]<BR></I>&gt;</FONT><FONT size=3><I> ; id&nbsp;&nbsp;&nbsp; at type res nr&nbsp; 
residu name&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; at name&nbsp; cg nr&nbsp; 
charge<BR></I>&gt;</FONT><FONT size=3><I> 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
DUM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
DUM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
DUM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 35.45300<BR></I>&gt;</FONT><FONT 
size=3><I>&nbsp;&nbsp; Cl&nbsp;&nbsp; -1&nbsp; 
35.45300<BR></I>&gt;</FONT><I><BR></I><FONT size=3>&gt;</FONT><I><BR></I><FONT 
size=3>&gt;</FONT><FONT size=3><I> &#8230; and<BR></I>&gt;</FONT><I><BR></I><FONT 
size=3>&gt;</FONT><FONT size=3><I> [ moleculetype ]<BR></I>&gt;</FONT><FONT 
size=3><I> ; molname&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
nrexcl<BR></I>&gt;</FONT><FONT size=3><I> 
ClB&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
1<BR></I>&gt;</FONT><I><BR></I><FONT size=3>&gt;</FONT><FONT size=3><I> [ atoms 
]<BR></I>&gt;</FONT><FONT size=3><I> ; id&nbsp;&nbsp;&nbsp; at type res nr&nbsp; 
residu name&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; at name&nbsp; cg nr&nbsp; 
charge<BR></I>&gt;</FONT><FONT size=3><I> 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
Cl&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
Cl&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
Cl&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
-1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 35.45300<BR></I>&gt;</FONT><FONT 
size=3><I> DUM&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp; 
35.45300<BR></I>&gt;</FONT><I><BR></I><FONT size=3>&gt;</FONT><I><BR></I><FONT 
size=3>&gt;</FONT><FONT size=3><I> I did calculations for 20 lambda values 
0.05,&nbsp; 0.10 , 0.15&nbsp; &#8230;.<BR></I>&gt;</FONT><FONT size=3><I>&nbsp; 0.95 
and for those values delta free energy looks reasonable.<BR></I>&gt;</FONT><FONT 
size=3><I> My problem is that I get error every time I try to 
run<BR></I>&gt;</FONT><FONT size=3><I>&nbsp; FEP for lambda = 1 or lambnda = 
0.<BR></I>&gt;</FONT><FONT size=3><I> Am I doing something wrong.&nbsp; Please 
give me some advice.<BR></I>&gt;</FONT><FONT size=3><I>&nbsp; (I'm using 
PME,&nbsp; DUM and Cl atom are restrained, step 
1fs)<BR></I>&gt;</FONT><I><BR></I><FONT size=3>&gt;</FONT><I><BR></I><FONT 
size=3>&gt;</FONT><FONT size=3><I> My ERROR message for lambda = 0&nbsp; is 
:<BR></I>&gt;</FONT><FONT size=3><I> &#8230;<BR></I>&gt;</FONT><FONT size=3><I> 
&#8230;.<BR></I>&gt;</FONT><I><BR></I><FONT size=3>&gt;</FONT><FONT size=3><I>&nbsp; 
Large VCM(group Cl):&nbsp;&nbsp;&nbsp; -38.08457,&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
8.92837,&nbsp;&nbsp;&nbsp; -19.97197, ekin-cm:<BR></I>&gt;</FONT><FONT 
size=3><I> 6.83899e+04<BR></I>&gt;</FONT><FONT size=3><I> Large VCM(group 
Na):&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.04709,&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
-0.21100,&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.29647, ekin-cm:<BR></I>&gt;</FONT><FONT 
size=3><I> 1.54762e+00<BR></I>&gt;</FONT><I><BR></I><FONT 
size=3>&gt;</FONT><FONT size=3><I> t = 0.002 ps: Water molecule starting at atom 
61 can not be settled.<BR></I>&gt;</FONT><FONT size=3><I> Check for bad contacts 
and/or reduce the timestep.Wrote pdb files with<BR></I>&gt;</FONT><FONT 
size=3><I> previous and current coordinates<BR></I>&gt;</FONT><FONT size=3><I> 
Large VCM(group SOL):&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.01922,&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
-0.00999,&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.02540, ekin-cm:<BR></I>&gt;</FONT><FONT 
size=3><I> 8.98334e+00<BR></I>&gt;</FONT><FONT size=3><I> Large VCM(group 
Cl):&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.35556,&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
2.33494,&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5.86521, ekin-cm:<BR></I>&gt;</FONT><FONT 
size=3><I> 2.08547e+03<BR></I>&gt;</FONT><FONT size=3><I> Large VCM(group 
Na):&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.04590,&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
-0.19717,&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.27716, ekin-cm:<BR></I>&gt;</FONT><FONT 
size=3><I> 1.35412e+00<BR></I>&gt;</FONT><FONT size=3><I> Large VCM(group 
SOL):&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.05937,&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
0.00317,&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.07617, ekin-cm:<BR></I>&gt;</FONT><FONT 
size=3><I> 7.52736e+01<BR></I>&gt;</FONT><FONT size=3><I> Large VCM(group 
Cl):&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 13.48634,&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
-0.66233,&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 17.40376, ekin-cm:<BR></I>&gt;</FONT><FONT 
size=3><I> 1.72022e+04<BR></I>&gt;</FONT><FONT size=3><I> Large VCM(group 
Na):&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.04470,&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
-0.18096,&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.25439, ekin-cm:<BR></I>&gt;</FONT><FONT 
size=3><I> 1.14329e+00<BR></I>&gt;</FONT><FONT size=3><I> Large VCM(group 
SOL):&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.00393,&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
-0.03332,&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.01434, 
ekin-cm:<BR></I>&gt;</FONT><FONT size=3><I> 1.07341e+01<BR></I>&gt;</FONT><FONT 
size=3><I> Large VCM(group Cl):&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
0.88076,&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7.63229,&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
-3.18263, ekin-cm:<BR></I>&gt;</FONT><FONT size=3><I> 
2.45181e+03<BR></I>&gt;</FONT><I><BR></I><FONT size=3>&gt;</FONT><FONT 
size=3><I> t = 0.003 ps: Water molecule starting at atom 631 can not be 
settled.<BR></I>&gt;</FONT><FONT size=3><I> Check for bad contacts and/or reduce 
the timestep.Wrote pdb<BR></I>&gt;</FONT><FONT size=3><I>&nbsp; files with 
previous and current coordinates<BR></I>&gt;</FONT><FONT size=3><I> Large 
VCM(group Cl):&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6.73354,&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
14.12955,&nbsp;&nbsp;&nbsp; -14.62614, ekin-cm:<BR></I>&gt;</FONT><FONT 
size=3><I> 1.62697e+04<BR></I>&gt;</FONT><I><BR></I><FONT 
size=3>&gt;</FONT><I><BR></I><FONT size=3>&gt;</FONT><FONT size=3><I> Thank you 
for your help<BR></I>&gt;</FONT><FONT size=3><I> ALL 
BEST<BR></I>&gt;</FONT><I><BR></DIV></I></FONT></BODY></HTML>