Dear GMX-users,<br>
<br>
I am trying to calculate the dieletric constant based on MD
trajectories. Two programs are used, g_dipoles and g_dielectric. I have
the following questions:<br>
<br>
1) In g_dipoles, what number should I use for the flag&nbsp;
-epsilonRF? I used PME duing MD simulation with the epsilon-r as 1 and
epsilon-surface as 0. <br>
2) What other flags are critical for calculation, like -P,&nbsp; Order of Legendre polynomial for ACF?<br>
3) Based on the manual, the epsilon calculated by g_dielectric is
frenquency-related. How about the epsilon output from g_dipoles and the
relationship to difference frenquencies?<br>
4) I used the output from g_dipoles, Mtot.xvg, as an input for
g_dielectric. Here is the command used: g_dielectric -f Mtot.xvg,
however, I got the following error messages after frame 49: Fatal
error: nparm = 0 in file expfit.c, line 462. <br>
<br>
I am really grateful for any help with those questions. Thank you.<br>
<br>
Lei Zhou<br>
Columbia University<br>