
<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0 Transitional//EN">

<HTML><HEAD>

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<META content="MSHTML 6.00.2900.2802" name=GENERATOR>

<STYLE></STYLE>

</HEAD>

<BODY bgColor=#ffffff>

<DIV><FONT face=Arial size=2>Hi all.<BR>I&#8217;m trying FEP In gromacs3.3.&nbsp; My 

system (3nm; 3nm; 3nm) consists <BR>of one Na, Cl, DUM ion and solvent 

molecules. <BR>&nbsp;During my free energy calculations I want to perturb:<BR>1) 

Cl-&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; into a DUM atom<BR>2) DUM&nbsp;&nbsp;&nbsp; into 

Cl-</FONT></DIV>

<DIV>&nbsp;</DIV><FONT face=Arial size=2>

<DIV><BR>I&#8217;m using ffgmx.&nbsp; I&#8217;ve added new&nbsp; atom DUM into 

ffgmx.atp:<BR>&#8230;..<BR>&nbsp;&nbsp; SD&nbsp; 32.06000 ;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

DMSO Sulphur<BR>&nbsp;&nbsp; OD&nbsp; 15.99940 ;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; DMSO 

Oxygen<BR>&nbsp;&nbsp; CD&nbsp; 15.03500 ;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; DMSO 

Carbon<BR>&nbsp; CHE&nbsp; 12.01100 ;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; HEME RING 

CARBON<BR>&nbsp;MNH3&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Dummy mass in rigid tetraedrical NH3 

group<BR>&nbsp;&nbsp; MW&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Dummy mass in rigid tyrosine rings<BR>&nbsp;&nbsp; 

IW&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

Dummy particle in TIP4P etc.<BR>&nbsp; DUM&nbsp;&nbsp; 

0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; moj 

atom<BR>&#8230;..</DIV>

<DIV>&nbsp;</DIV>

<DIV>I&#8217;ve updated ffgmxnb.itp:<BR>&#8230;.<BR>OWT3&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

15.99940&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

0.000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; A&nbsp;&nbsp; 0.24889E-02&nbsp;&nbsp; 

0.24352E-05<BR>&nbsp;&nbsp; SD&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

32.06000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

0.000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; A&nbsp;&nbsp; 0.10561E-01&nbsp;&nbsp; 

0.21499E-04<BR>&nbsp;&nbsp; OD&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

15.99940&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

0.000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; A&nbsp;&nbsp; 0.22715E-02&nbsp;&nbsp; 

0.75147E-06<BR>&nbsp;&nbsp; CD&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

15.03500&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

0.000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; A&nbsp;&nbsp; 0.90507E-02&nbsp;&nbsp; 

0.21758E-04<BR>&nbsp; CHE&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

12.01100&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

0.000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; A&nbsp;&nbsp; 0.23402E-02&nbsp;&nbsp; 

0.33740E-05<BR>&nbsp;MNH3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

0.000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; A&nbsp;&nbsp; 

0.0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

0.0<BR>&nbsp;&nbsp; MW&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

0.000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; A&nbsp;&nbsp; 

0.0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.0<BR>&nbsp; 

DUM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

0.000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; A&nbsp;&nbsp; 

0.0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.0<BR>&#8230;.</DIV>

<DIV>&nbsp;</DIV>

<DIV>My dual topology for Cl and DUM atoms:</DIV>

<DIV>&nbsp;</DIV>

<DIV>[ moleculetype ]<BR>; molname&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

nrexcl<BR>Cl&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

1</DIV>

<DIV>&nbsp;</DIV>

<DIV>[ atoms ]<BR>; id&nbsp;&nbsp;&nbsp; at type res nr&nbsp; residu 

name&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; at name&nbsp; cg nr&nbsp; 

charge<BR>1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

DUM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

DUM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

DUM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 35.45300&nbsp;&nbsp;&nbsp; Cl&nbsp;&nbsp; 

-1&nbsp; 35.45300</DIV>

<DIV>&nbsp;</DIV>

<DIV><BR>&#8230; and </DIV>

<DIV>&nbsp;</DIV>

<DIV>[ moleculetype ]<BR>; molname&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

nrexcl<BR>ClB&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

1</DIV>

<DIV>&nbsp;</DIV>

<DIV>[ atoms ]<BR>; id&nbsp;&nbsp;&nbsp; at type res nr&nbsp; residu 

name&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; at name&nbsp; cg nr&nbsp; 

charge<BR>1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Cl&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

Cl&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

Cl&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

-1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 35.45300&nbsp; DUM&nbsp;&nbsp; 

0&nbsp;&nbsp; 35.45300</DIV>

<DIV>&nbsp;</DIV>

<DIV><BR>I did calculations for 20 lambda values 0.05,&nbsp; 0.10 , 0.15&nbsp; 

&#8230;.<BR>&nbsp;0.95 and for those values delta free energy looks reasonable.<BR>My 

problem is that I get error every time I try to run <BR>&nbsp;FEP for lambda = 1 

or lambnda = 0.<BR>Am I doing something wrong.&nbsp; Please give me some advice. 

<BR>&nbsp;(I&#8217;m using PME,&nbsp; DUM and Cl atom are restrained, step 1fs)</DIV>

<DIV>&nbsp;</DIV>

<DIV><BR>My ERROR message for lambda = 0&nbsp; is :<BR>&#8230;<BR>&#8230;.</DIV>

<DIV>&nbsp;</DIV>

<DIV>&nbsp;Large VCM(group Cl):&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

-38.08457,&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8.92837,&nbsp;&nbsp;&nbsp; -19.97197, 

ekin-cm:&nbsp; 6.83899e+04<BR>Large VCM(group Na):&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

0.04709,&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.21100,&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.29647, 

ekin-cm:&nbsp; 1.54762e+00</DIV>

<DIV>&nbsp;</DIV>

<DIV>t = 0.002 ps: Water molecule starting at atom 61 can not be 

settled.<BR>Check for bad contacts and/or reduce the timestep.Wrote pdb files 

with previous and current coordinates<BR>Large VCM(group 

SOL):&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.01922,&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

-0.00999,&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.02540, ekin-cm:&nbsp; 8.98334e+00<BR>Large 

VCM(group Cl):&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

4.35556,&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.33494,&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

5.86521, ekin-cm:&nbsp; 2.08547e+03<BR>Large VCM(group 

Na):&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.04590,&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

-0.19717,&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.27716, ekin-cm:&nbsp; 1.35412e+00<BR>Large 

VCM(group SOL):&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.05937,&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

0.00317,&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.07617, ekin-cm:&nbsp; 7.52736e+01<BR>Large 

VCM(group Cl):&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 13.48634,&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

-0.66233,&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 17.40376, ekin-cm:&nbsp; 1.72022e+04<BR>Large 

VCM(group Na):&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.04470,&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

-0.18096,&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.25439, ekin-cm:&nbsp; 1.14329e+00<BR>Large 

VCM(group SOL):&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.00393,&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

-0.03332,&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.01434, ekin-cm:&nbsp; 

1.07341e+01<BR>Large VCM(group Cl):&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

0.88076,&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7.63229,&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

-3.18263, ekin-cm:&nbsp; 2.45181e+03</DIV>

<DIV>&nbsp;</DIV>

<DIV>t = 0.003 ps: Water molecule starting at atom 631 can not be 

settled.<BR>Check for bad contacts and/or reduce the timestep.Wrote 

pdb<BR>&nbsp;files with previous and current coordinates<BR>Large VCM(group 

Cl):&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6.73354,&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

14.12955,&nbsp;&nbsp;&nbsp; -14.62614, ekin-cm:&nbsp; 1.62697e+04</DIV>

<DIV>&nbsp;</DIV>

<DIV><BR>Thank you for your help<BR>ALL BEST<BR></FONT></DIV></BODY></HTML>