Hi Abu,<br>
<br>
What edge? There are no edges when using periodic boundary conditions.
Is there any particular reason why you would need such a measurement?
If you want the &quot;distance to the wall&quot;, you will need to calculate the
minimal distance between periodic images (g_mindist -pi) and take half
of that. You could ofcourse take the maximal z-coordinate and subtract
it from the third number of the last line of the .gro file (which gives
the z component of the third box vector).<br>
<br>
Cheers,<br>
<br>
Tsjerk<br><br><div><span class="gmail_quote">On 3/30/06, <b class="gmail_sendername">Naser, Md Abu</b> &lt;<a href="mailto:mn2@hw.ac.uk">mn2@hw.ac.uk</a>&gt; wrote:</span><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
<div style="direction: ltr;">









<p><font size="2">Hi All,<br>
<br>
Is there anyway I can measure distance between protein and edge of a box in z direction?<br>
<br>
Regards,<br>
<br>
Abu Naser<br>
<br>
School Of Life Sciences<br>
Heriot-Watt University<br>
Edinburgh EH14 4AS<br>
Email: <a href="mailto:mn2@hw.ac.uk" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">mn2@hw.ac.uk</a><br>
Phone: +44(0)1314518265<br>
Fax : +44(0) 131 451 3009<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
</font>
</p>



</div><br>_______________________________________________<br>gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)" href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br><a onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)" href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">
http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>www interface or send it to <a onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)" href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">
gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>Can't post? Read <a onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)" href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php
</a><br><br></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br><br>Tsjerk A. Wassenaar, M.Sc.<br>Groningen Biomolecular Sciences and Biotechnology Institute (GBB)<br>Dept. of Biophysical Chemistry<br>University of Groningen
<br>Nijenborgh 4<br>9747AG Groningen, The Netherlands<br>+31 50 363 4336<br>