Well thank you.Yes I did find a region in which chain identifier 'A'
was repeating, this corresponded to the HETATM CO, so i tried removing
the chain identifier in one case and in another one I tried shifting it
to the correspoding chain, but in both cases i got the following error <br>
&quot;Fatal error:<br>
Residue 'CO' not found in residue topology database&quot;.<br>
Will be glad to hear any suggestions.<br>
Is there any other way in GROMACS to handle proteins with metal ions in it?<br>
<br>
Thank You,<br>
Annie Albin.<br>
<br>
<br><br><div><span class="gmail_quote">On 3/31/06, <b class="gmail_sendername">MGiò</b> &lt;<a href="mailto:magiofer@gmail.com">magiofer@gmail.com</a>&gt; wrote:</span><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
<div style="direction: ltr;">Hi!<br>it seems that pdb2gmx has detected
an interruption in your chain A numbering, are you sure that there are
none? or else are you sure that you're not using the same chain id for
more than one chain? for example for two different monomers?
<br>hope it helps,<br>MG<br><br><div></div><div style="direction: ltr;"><span class="q" id="q_10a4f9d8dc1e02ee_1"><span class="gmail_quote">On 3/31/06, <b class="gmail_sendername">Annie Albin</b> &lt;<a href="mailto:anniealbin@gmail.com" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">

anniealbin@gmail.com</a>&gt; wrote:</span></span></div><div style="direction: ltr;"><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;"></blockquote>
</div><div style="direction: ltr;"><span class="q" id="q_10a4f9d8dc1e02ee_3">
<div style="direction: ltr;">Dear all,<br>
<br>
&nbsp;I faced a problem in the&nbsp; pdb2gmx step as i got this following error message,<br>
&quot;Fatal error:<br>
Chain identifier 'A' was used in two non-sequential blocks (residue 908, atom 7013)&quot;<br>
<br>
As I'm pretty new to this field. I'm finding it difficult to troubleshoot. Any suggestions would be of great help.<br>
Thank you,<br></div><div style="direction: ltr;"><span>
Annie Albin.<br>

</span></div><br></span></div><div style="direction: ltr;"><span class="q">_______________________________________________<br>gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">
gmx-users@gromacs.org
</a><br><a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">
http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">


gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php
</a><br><br></span></div><div style="direction: ltr;"></div><br>


</div><br>_______________________________________________<br>gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)" href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br><a onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)" href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">
http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>www interface or send it to <a onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)" href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">
gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>Can't post? Read <a onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)" href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php
</a><br><br></blockquote></div><br>