Hi :)<br><br>Not the box, you probably need NA or NA+. It's case sensitive and depends on the force field definition you use. <br><br>Cheers,<br><br>Tsjerk<br><br><div><span class="gmail_quote">On 4/5/06, <b class="gmail_sendername">
Adriana Pietropaolo</b> &lt;<a href="mailto:adriana@ms.fci.unibo.it">adriana@ms.fci.unibo.it</a>&gt; wrote:</span><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
Probably you generated a bad box.<br>Check the box with i.e. rasmol&nbsp;&nbsp;and try to use -princ option in editconf<br>(to put the protein in its inertial axes) and genion to make the ions to<br>ensure charge neutrality.<br>good luck,
<br>Adriana<br><br>&gt; hi<br>&gt; today i have tried with some other protein but the problem still persists .<br>&gt; today i will tell you problem in detail<br>&gt;<br>&gt; today i have taken the protein pdb file which conatains only the amino
<br>&gt; acids no hetero atoms<br>&gt;<br>&gt; i have run the pdb2gmx command<br>&gt; pdb2gmx -f 1.pdb -o 1/out1.top -p 1/out1.top -i 1/out1.itp -n<br>&gt; 1/out1.ndx -q 1/out1.pdb<br>&gt;<br>&gt; i got all the 5 files<br>
&gt;<br>&gt; later i used the command edit conf<br>&gt;&nbsp;&nbsp;editconf -bt octahedron -f 1/out1.gro -o 2/out2.gro -c -d 0 .7<br>&gt;<br>&gt; then i run the genbox<br>&gt;&nbsp;&nbsp;genbox -cp 2/out2.gro -cs spc216.gro -o 3/out3.gro -p 1/out 
1.top<br>&gt; here i got the gro file and modified top file<br>&gt;<br>&gt; then i have run the grompp<br>&gt;&nbsp;&nbsp;grompp -f em.mdp -c 3/out3.gro -p 1/out1.top -o 4/out4.tpr<br>&gt;&nbsp;&nbsp;my mdp file is<br>&gt; bellow<br>&gt;<br>
&gt; ##########################################################<br>&gt; title&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp;&nbsp;drg_trp<br>&gt; cpp&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp;&nbsp;/usr/bin/cpp<br>&gt; define&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=&nbsp;&nbsp;-DFLEX_SPC<br>&gt; constraints&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp;&nbsp;none
<br>&gt; integrator&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=&nbsp;&nbsp;steep<br>&gt; dt&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=&nbsp;&nbsp;0.002&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;;&nbsp;&nbsp;ps !<br>&gt; nsteps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=&nbsp;&nbsp;1000<br>&gt; ns_type&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp;&nbsp;grid<br>&gt; rlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp;&nbsp;0.9<br>&gt; coulombtype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp;&nbsp;PME ; Use particle-mesh ewald
<br>&gt; rcoulomb&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=&nbsp;&nbsp;0.9<br>&gt; rvdw&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=&nbsp;&nbsp;1.0<br>&gt; fourierspacing&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=&nbsp;&nbsp;0.12<br>&gt; fourier_nx&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=&nbsp;&nbsp;0<br>&gt; fourier_ny&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=&nbsp;&nbsp;0<br>&gt; fourier_nz&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=&nbsp;&nbsp;0<br>&gt; pme_order&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp;&nbsp;4
<br>&gt; ewald_rtol&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=&nbsp;&nbsp;le-5<br>&gt; optimize_fft&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=&nbsp;&nbsp;yes<br>&gt; Tcoupl&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=&nbsp;&nbsp;no<br>&gt; Pcoupl&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=&nbsp;&nbsp;no<br>&gt; gen_vel&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp;&nbsp;no<br>&gt; ;<br>&gt; ;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Energy minimizing stuff
<br>&gt; ;<br>&gt; emtol&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1000.0<br>&gt; emstep&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=&nbsp;&nbsp;0.01<br>&gt; ###############################################################<br>&gt; There i got one NOTE : System has non-zero total charge: -
6.999998e+00<br>&gt;<br>&gt; later i tried to run the mdrun but the process fails at 24 steps<br>&gt;<br>&gt; Then i used the genion<br>&gt;<br>&gt; genion -s 4/out4.tpr -o 5/out5.gro -pname Na -np 7 -g 5/out 5.log<br>&gt;
<br>&gt; here i got the modified gro file<br>&gt; but tere was warning that<br>&gt;&nbsp;&nbsp;turning of free energy, will use lambda=0<br>&gt; Then i have edited the top file i got according to the gro file<br>&gt; since i m using the gromacs 
3.3 the #include ions.itp was default<br>&gt; so i have removed the 7 water atoms from the top file and added 7 Na atoms<br>&gt; and run the grompp<br>&gt;<br>&gt; grompp -f em.mdp -c 5/out5.gro -p 1/out1.top -o 6/out6.tpr
<br>&gt; here the programme was failed showing the error<br>&gt; Fatal error:<br>&gt; No such moleculetype Na<br>&gt; i have checked the ions .itp<br>&gt; its having the information Na atom than why its showing this i could
<br>&gt; n't understand<br>&gt; can any one help me over this here i have attatched my out6.gro file<br>&gt; and the top file<br>&gt;<br>&gt; Thanking you<br>&gt; Santosh Naik<br>&gt; _______________________________________________
<br>&gt; gmx-users mailing list&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>&gt; <a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a>
<br>&gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>&gt; www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>&gt; Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php">
http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>&gt;<br><br>--<br>_____________________________________________<br>Adriana Pietropaolo,<br>PhD student,<br>dipartimento di Chimica Fisica ed Inorganica,<br>Facolta' di Chimica Industriale
<br>Universita' di Bologna<br>WEB:<a href="http://www2.fci.unibo.it/~adriana">www2.fci.unibo.it/~adriana</a><br>Tel 051/6446992<br>FAX 051/2093690<br>_____________________________________________<br><br><br><br>_______________________________________________
<br>gmx-users mailing list&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br><a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the
<br>www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php
</a><br></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br><br>Tsjerk A. Wassenaar, M.Sc.<br>Groningen Biomolecular Sciences and Biotechnology Institute (GBB)<br>Dept. of Biophysical Chemistry<br>University of Groningen<br>
Nijenborgh 4<br>9747AG Groningen, The Netherlands<br>+31 50 363 4336<br>