Hi Tyler,<br><br>Note that the eigenvalue represents the sum of the variances for each particle along the associated eigenvector. That seems quite reasonable to me.<br><br>Tsjerk<br><br><div><span class="gmail_quote">On 4/6/06, 
<b class="gmail_sendername">Tyler Luchko</b> &lt;<a href="mailto:tluchko@ualberta.ca">tluchko@ualberta.ca</a>&gt; wrote:</span><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
Hello,<br><br>I have performed PCA analysis, without mass weighting, on a peptide<br>using g_covar and g_anaeig.&nbsp;&nbsp;The first principal component generally<br>corresponds to the stretching of the peptide.&nbsp;&nbsp;I understand that each
<br>eigenvalue represents the variance in the motion along the associated<br>eigenvector.&nbsp;&nbsp;However, the square root of the variance for the first<br>eigenvalue is ~20 nm while the maximum extended length of any peptide<br>
is ~3 nm.&nbsp;&nbsp;I have tried normalizing the eigenvalues by the number of<br>atoms used for the analysis (73) but this gives the standard<br>deviation of the motion to be ~2.2 nm, still much too large.&nbsp;&nbsp;I would<br>like to know how to normalize the eigenvalues to obtain reasonable
<br>standard deviations from the eigenvalues.<br><br>Thank you,<br><br>Tyler<br><br><br>&nbsp;&nbsp;________________________________________________________________<br>(_&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Tyler Luchko&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Ph.D. Candidate&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;_)
<br>&nbsp;&nbsp;_)&nbsp;&nbsp; Department of Physics&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;University of Alberta&nbsp;&nbsp; (_<br>(_&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Edmonton, Alberta, Canada&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; _)<br>&nbsp;&nbsp;_)&nbsp;&nbsp; 780-492-1063&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <a href="mailto:tluchko@ualberta.ca">
tluchko@ualberta.ca</a>&nbsp;&nbsp; (_<br>(________________________________________________________________)<br><br><br><br>_______________________________________________<br>gmx-users mailing list&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">
gmx-users@gromacs.org</a><br><a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>www interface or send it to 
<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br></blockquote>
</div><br><br clear="all"><br>-- <br><br>Tsjerk A. Wassenaar, M.Sc.<br>Groningen Biomolecular Sciences and Biotechnology Institute (GBB)<br>Dept. of Biophysical Chemistry<br>University of Groningen<br>Nijenborgh 4<br>9747AG Groningen, The Netherlands
<br>+31 50 363 4336<br>