<html><div style='background-color:'><DIV class=RTE>Dear all,</DIV>
<DIV class=RTE>I runned a MD simulation on an RNA molecule containing a modified residue using amber.</DIV>
<DIV class=RTE>I inserted the same parameters for the modified residue in both amber and gromacs (amber ff port) force field.</DIV>
<DIV class=RTE>At the end of the simulation I renamed the trajectory file specifing the g87 extension.</DIV>
<DIV class=RTE>Then I prepared a tpr file for gromacs, starting from the same pdb file that I used to generate the amber input files.</DIV>
<DIV class=RTE>Gromacs read both the pdb and the trajectory files without any error or warning.</DIV>
<DIV class=RTE>But now I have two problems:</DIV>
<DIV class=RTE>1) the distances that should be in Angostrom units are now in nm units.</DIV>
<DIV class=RTE>2)I roughly overcome the first problem compiling a macro for MOLMOL that automatically add the bonds, but I saw that the modified residue atoms (only that) give a very distorted structure while in the original trajectory they showed a very nice behaviour.</DIV>
<DIV class=RTE>Have you any suggestions?</DIV>
<DIV class=RTE>Thanks in advance,</DIV>
<DIV class=RTE>Vincenzo</DIV></div><br clear=all><hr>Videochiamata? <a href="http://g.msn.com/8HMBITIT/2740??PS=47575" target="_top">Prova MSN Messenger: divertente, facile, veloce, gratuito!</a> </html>