<div class=MsoPlainText style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><FONT face="Courier New">Hi,</FONT></div>  <div class=MsoPlainText style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><FONT face="Courier New">I have a problem in md run:</FONT></div>  <div class=MsoPlainText style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><FONT face="Courier New">“Fatal error: realloc for nlist-&gt;jjnr (160825344 bytes, file ns.c, line 368, nlis t-&gt;jjnr=0x0x64960020): No such file or directory”</FONT></div>  <div class=MsoPlainText style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><FONT face="Courier New">My .tpr and .top files are including:</FONT></div>  <div class=MsoPlainText style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><?xml:namespace prefix = o ns = "urn:schemas-microsoft-com:office:office" /><o:p><FONT face="Courier New">&nbsp;</FONT></o:p></div>  <div class=MsoPlainText style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><FONT face="Courier New">[ molecules ]</FONT></div>  <div class=MsoPlainText style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><FONT face="Courier New">; Compound<SPAN style="mso-spacerun:
 yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>#mols</FONT></div>  <div class=MsoPlainText style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><FONT face="Courier New">Protein<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN><SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</SPAN>1</FONT></div>  <div class=MsoPlainText style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><FONT face="Courier New">SOL<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>686247</FONT></div>  <div class=MsoPlainText style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><FONT face="Courier New">NA+<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>131</FONT></div>  <div class=MsoPlainText style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><o:p><FONT face="Courier New">&nbsp;</FONT></o:p></div>  <div class=MsoPlainText style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><FONT face="Courier New">And .mdp file is
 including:</FONT></div>  <div class=MsoPlainText style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><o:p><FONT face="Courier New">&nbsp;</FONT></o:p></div>  <div class=MsoPlainText style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><FONT face="Courier New">title<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>= </FONT></div>  <div class=MsoPlainText style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><FONT face="Courier New">cpp<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>= cpp</FONT></div>  <div class=MsoPlainText style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><FONT face="Courier New">include<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>= </FONT></div>  <div class=MsoPlainText style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><FONT face="Courier New">define<SPAN
 style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>= -DFLEXIBLE</FONT></div>  <div class=MsoPlainText style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><FONT face="Courier New">integrator<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>= steep</FONT></div>  <div class=MsoPlainText style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><FONT face="Courier New">tinit<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>= 0</FONT></div>  <div class=MsoPlainText style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><FONT face="Courier New">dt<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>= 0.001</FONT></div>  <div class=MsoPlainText style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><FONT
 face="Courier New">nsteps<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>= 400</FONT></div>  <div class=MsoPlainText style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><FONT face="Courier New">Tcoupl<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>= berendsen</FONT></div>  <div class=MsoPlainText style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><FONT face="Courier New">tc_grps<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>= protein<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp; </SPAN>sol<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>NA+</FONT></div>  <div class=MsoPlainText style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><FONT face="Courier New">tau_t<SPAN style="mso-spacerun:
 yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>= 0.1<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>0.1<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>0.1</FONT></div>  <div class=MsoPlainText style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><FONT face="Courier New">Ref_t<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>= 300<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>300<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>300</FONT></div>  <div class=MsoPlainText style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><FONT face="Courier New">emtol<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>=
 0.00001</FONT></div>  <div class=MsoPlainText style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><FONT face="Courier New">emstep<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>= 0.1</FONT></div>  <div class=MsoPlainText style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><FONT face="Courier New">nstcgsteep<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>= 1000</FONT></div>  <div class=MsoPlainText style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><o:p><FONT face="Courier New">&nbsp;</FONT></o:p></div>  <div class=MsoPlainText style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><FONT face="Courier New">I would be glad if someone helps me in this case.</FONT></div>  <div class=MsoPlainText style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><FONT face="Courier New">Thank you very much.</FONT></div>  <div class=MsoPlainText style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><o:p><FONT face="Courier New">&nbsp;</FONT></o:p></div>  <div
 class=MsoPlainText style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><FONT face="Courier New">Best,</FONT></div>  <div class=MsoPlainText style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><FONT face="Courier New">Jahanshah Ashkani</FONT></div>  <div class=MsoPlainText style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><o:p><FONT face="Courier New">&nbsp;</FONT></o:p></div>  <div class=MsoPlainText style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><o:p><FONT face="Courier New">&nbsp;</FONT></o:p></div><p>
                <hr size=1>New Yahoo! Messenger with Voice. <a href="http://us.rd.yahoo.com/mail_us/taglines/postman5/*http://us.rd.yahoo.com/evt=39666/*http://beta.messenger.yahoo.com">Call regular phones from your PC</a> and save big.