Hi Maki,<br><br>Personally, for the fifth row I would expect<br><br>y1x2 y1y2 y1z2<br><br>etc.. Inferred from the logic of the first four rows. But that's the best I can do without having a look at the code ;)<br><br>Cheers,
<br><br>Tsjerk<br><br><div><span class="gmail_quote">On 4/13/06, <b class="gmail_sendername"><a href="mailto:yoshizawa006@yahoo.co.jp">yoshizawa006@yahoo.co.jp</a></b> &lt;<a href="mailto:yoshizawa006@yahoo.co.jp">yoshizawa006@yahoo.co.jp
</a>&gt; wrote:</span><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;"><div style="direction: ltr;"><table width="100%"><tbody><tr><td>
<p>Hi!</p>
<p>I am not quite&nbsp;sure I have understood the&nbsp;way the ASCII version of the covariance matrix (-ASCII option of g_covar) has been constructed...</p>
<p>In my test system I have&nbsp;3 atoms - this will give a 9X9 cov. matrix.</p>
<p>In the help of g_covar the order the covar.dat file&nbsp;is:</p>
<p>first row: x1x1&nbsp;x1y1 x1z1&nbsp;</p>
<p>second row x1x2...</p>
<p>I would guess:</p>
<p>first row:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; x1x1 x1y1 x1z1</p>
<p>second row &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; x1x2 x1y2 x1z2</p>
<p>third row&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; x1x3 x1y3 x1z3</p>
<p>fourth row&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; y1x1 y1y1 y1z1</p>
<p>So far so good, but in the fifth row I would expect</p>
<p>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; y2x1 y2y1 y2z1</p>
<p>but the values do not match...</p>
<p>As a matter of fact, I want to calculate the determinant of the covariance matrix.</p>
<p>Best regards.</p>
<p>Maki Yoshizawa</p><div style="direction: ltr;"><span class="ad">
<p>&nbsp;</p>
</span></div><div style="direction: ltr;"></div></td></tr></tbody></table></div><div style="direction: ltr;"><span class="ad">
<p></p><p></p><p><br></p><hr size="1">
<a href="http://pr.mail.yahoo.co.jp/10thann/" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">Celebrate Yahoo! JAPAN 10th Anniversary</a><br>

<p></p><p></p><p></p></span></div><br>_______________________________________________<br>gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)" href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org
</a><br><a onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)" href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the
<br>www interface or send it to <a onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)" href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>Can't post? Read <a onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)" href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">
http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br><br></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br><br>Tsjerk A. Wassenaar, M.Sc.<br>Groningen Biomolecular Sciences and Biotechnology Institute (GBB)<br>Dept. of Biophysical Chemistry
<br>University of Groningen<br>Nijenborgh 4<br>9747AG Groningen, The Netherlands<br>+31 50 363 4336<br>