<DIV>Hi,GMX group and other users:<BR>I am a new user of gromacs(version 3.3). I want to do carbon nanotube MD.<BR>When I run grompp, she told me that something must be wrong.<BR>I am still very confused&nbsp; though I checked many of the "Mailing lists". So I type this for help.<BR>I will tell what I have done in details, may anyone could give me a suggestion.<BR>----------------------<BR>1. Creat a "005.pdb" like this (though I don't know if the first 2 lines are necessary):<BR>----------------------------<BR>CRYST1&nbsp;&nbsp; 15&nbsp;&nbsp; 15&nbsp;&nbsp; 85&nbsp; 90.00&nbsp; 90.00&nbsp; 90.00 P 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1<BR>MODEL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1<BR>HETATM&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; C1&nbsp; UNK&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.390&nbsp;&nbsp; 0.000&nbsp;&nbsp; 0.000&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00<BR>HETATM&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp; C10 UNK&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.268&nbsp; -2.519&nbsp;&nbsp; 0.000&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00<BR>HETATM&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3 0C10 UNK&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.354&nbsp; -3.371&nbsp; 11.068&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00<BR>HETATM&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4 1C10 UNK&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.390&nbsp;&nbsp; 0.000&nbsp; 12.298&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00<BR>HETATM&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5 2C10 UNK&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.097&nbsp;&nbsp; 1.379&nbsp; 12.298&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00<BR>HETATM&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6 3C10 UNK&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.048&nbsp;&nbsp; 3.224&nbsp; 12.298&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00<BR>HETATM&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7 4C10 UNK&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.354&nbsp;&nbsp; 3.371&nbsp; 12.298&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00<BR>HETATM&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8 5C10 UNK&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -2.743&nbsp;&nbsp; 1.993&nbsp; 12.298&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00<BR>HETATM&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9 6C10 UNK&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -3.316&nbsp;&nbsp; 0.705&nbsp; 12.298&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00<BR>HETATM&nbsp;&nbsp; 10 7C10 UNK&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -2.743&nbsp; -1.993&nbsp; 12.298&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00<BR>HETATM&nbsp;&nbsp; 11 8C10 UNK&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -1.695&nbsp; -2.936&nbsp; 12.298&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00<BR>HETATM&nbsp;&nbsp; 12 9C10 UNK&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.048&nbsp; -3.224&nbsp; 12.298&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00<BR>HETATM&nbsp;&nbsp; 13&nbsp; C11 UNK&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.743&nbsp;&nbsp; 1.993&nbsp;&nbsp; 1.230&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00<BR>HETATM&nbsp;&nbsp; 14 0C11 UNK&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.268&nbsp; -2.519&nbsp; 12.298&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00<BR>.<BR>.</DIV>
<DIV>HETATM&nbsp; 699&nbsp; C98 UNK&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -3.097&nbsp; -1.379&nbsp; 11.068&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00<BR>HETATM&nbsp; 700&nbsp; C99 UNK&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -1.048&nbsp; -3.224&nbsp; 11.068&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00<BR>.<BR>.<BR>CONECT&nbsp; 700&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp; 691&nbsp;&nbsp; 11<BR>END<BR>---------------------------<BR>2. run &gt;x2top -f 005.pdb -o 005.top -r cnt.rtp<BR>But x2top did not creat a .rtp. I do not know what's the matter.<BR>005.top is like this:<BR>---------------------------------<BR>;&nbsp;This is your include topology file<BR>;&nbsp;Generated by x2top<BR>;<BR>; Include forcefield parameters<BR>#include "ffgmx.itp"</DIV>
<DIV>[ moleculetype ]<BR>; Name&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; nrexcl<BR>ICE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3</DIV>
<DIV>[ atoms ]<BR>;&nbsp;&nbsp; nr&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; type&nbsp; resnr residue&nbsp; atom&nbsp;&nbsp; cgnr&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; charge&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; mass&nbsp; typeB&nbsp;&nbsp;&nbsp; chargeB&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; massB<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; UNK&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp; ; qtot 0<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; UNK&nbsp;&nbsp;&nbsp; C10&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp; ; qtot 0<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; UNK&nbsp;&nbsp; C100&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp; ; qtot 0<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; UNK&nbsp;&nbsp; C101&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp; ; qtot 0<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; UNK&nbsp;&nbsp; C102&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp; ; qtot 0<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; UNK&nbsp;&nbsp; C103&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp; ; qtot 0<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; UNK&nbsp;&nbsp; C104&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp; ; qtot 0<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; UNK&nbsp;&nbsp; C105&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp; ; qtot 0<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; UNK&nbsp;&nbsp; C106&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp; ; qtot 0<BR>&nbsp;.<BR>&nbsp;.<BR>&nbsp;.<BR>&nbsp;<BR>&nbsp;&nbsp; 699&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; UNK&nbsp;&nbsp;&nbsp; C98&nbsp;&nbsp;&nbsp; 698&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp; ; qtot 0<BR>&nbsp;&nbsp; 700&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; UNK&nbsp;&nbsp;&nbsp; C99&nbsp;&nbsp;&nbsp; 699&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp; ; qtot 0</DIV>
<DIV>[ bonds ]<BR>;&nbsp; ai&nbsp;&nbsp;&nbsp; aj funct&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; c0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; c1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; c2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; c3<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; 112&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 <BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; 113&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 <BR>.<BR>.<BR>&nbsp; 696&nbsp;&nbsp; 697&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 <BR>&nbsp; 698&nbsp;&nbsp; 699&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 </DIV>
<DIV>[ pairs ]<BR>;&nbsp; ai&nbsp;&nbsp;&nbsp; aj funct&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; c0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; c1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; c2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; c3<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 <BR>.<BR>.<BR>&nbsp; 697&nbsp;&nbsp; 698&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 <BR>&nbsp; 699&nbsp;&nbsp; 700&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 </DIV>
<DIV>[ angles ]<BR>;&nbsp; ai&nbsp;&nbsp;&nbsp; aj&nbsp;&nbsp;&nbsp; ak funct&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; c0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; c1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; c2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; c3<BR>&nbsp; 112&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; 113&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 <BR>.<BR>.<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp; 700&nbsp;&nbsp;&nbsp; 11&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 <BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp; 700&nbsp;&nbsp; 691&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 <BR>&nbsp;&nbsp; 11&nbsp;&nbsp; 700&nbsp;&nbsp; 691&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 </DIV>
<DIV>[ dihedrals ]<BR>;&nbsp; ai&nbsp;&nbsp;&nbsp; aj&nbsp;&nbsp;&nbsp; ak&nbsp;&nbsp;&nbsp; al funct&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; c0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; c1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; c2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; c3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; c4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; c5<BR>&nbsp; 113&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; 112&nbsp;&nbsp;&nbsp; 13&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 <BR>.<BR>.<BR>.<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7&nbsp;&nbsp; 696&nbsp;&nbsp; 697&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 <BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9&nbsp;&nbsp; 698&nbsp;&nbsp; 699&nbsp;&nbsp;&nbsp; 10&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 </DIV>
<DIV>[ system ]<BR>; Name<BR>ICE</DIV>
<DIV>[ molecules ]<BR>; Compound&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; #mols<BR>ICE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1<BR>---------------------------------------------------<BR>3. I also write a 005.gro file myself by changing the .pdb file. It's like this:<BR>-------------<BR>CNT005005_35!<BR>700<BR>1UNK&nbsp;C1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.339&nbsp;0&nbsp;0<BR>1UNK&nbsp;C10&nbsp;2&nbsp;0.2268&nbsp;-0.2519&nbsp;0<BR>1UNK&nbsp;0C10&nbsp;3&nbsp;0.0354&nbsp;-0.3371&nbsp;1.1068<BR>.<BR>.<BR>.<BR>1UNK&nbsp;C98&nbsp;699&nbsp;-0.3097&nbsp;-0.1379&nbsp;1.1068<BR>1UNK&nbsp;C99&nbsp;700&nbsp;-0.1048&nbsp;-0.3224&nbsp;1.1068<BR>15 15 85<BR>-------------<BR>4. Made a grompp.mdp file by changing a Gromacs tutor "nmr1.mdp"<BR>--------------<BR>5.run &gt;grompp -f grompp.mdp -c 005.pdb -p 005.top -o topol<BR>---------------- <BR>6 grompp tells the error:<BR>-------------<BR>creating statusfile for 1 node...<BR>WARNING 1 [file grompp.mdp, line unknown]:<BR>&nbsp; Unknown left-hand 'bd-temp' in parameter file</DIV>
<DIV>WARNING 2 [file grompp.mdp, line unknown]:<BR>&nbsp; Unknown left-hand 'zero-temp_time' in parameter file</DIV>
<DIV>checking input for internal consistency...<BR>calling /usr/bin/cpp...<BR>cpp: too many input files<BR>cpp exit code: 256<BR>&nbsp;-I/usr/share/gromacs/top&nbsp; out.top &gt; grompp4YaaUM'<BR>The '/usr/bin/cpp' command is defined in the .mdp file<BR>processing topology...<BR>processing coordinates...<BR>-------------------------------------------------------<BR>Program grompp, VERSION 3.3<BR>Source code file: grompp.c, line: 427</DIV>
<DIV>Fatal error:<BR>number of coordinates in coordinate file (005005_35_2.pdb, 700)<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; does not match topology (out.top, 0)<BR>==========================================================================<BR>&gt;grompp -f grompp.mdp -c 005.gro -p 005.top -o topol<BR>shows the similar error message!<BR>--------------------------------------------<BR>What I have done is not valid, or where should I make a change?<BR>(I think something must be wrong with the .top (not with cpp), but what is that? )<BR>I have read hundreds of posts here, but still no idea with the "error"<BR>can any one help me over this issue.</DIV>
<DIV>Thanking you</DIV>
<DIV>Jacky Allon<BR><A href="mailto:jackyxh@163.com">jackyxh@163.com</A></DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV><BR>&nbsp;</DIV><SPAN >--<BR>If you send me one, I will always Re you three, friendship, help or anything else except emails and money:) ——Jacky Allon</SPAN><br><!-- footer --><br><br><br><br><br><div style="border-bottom:1px solid #999"></div><br>

        <font color="black" style="font-size:14.8px">你 知 道 中 国 每 年 耗 费 多 少 一 次 性 筷 子 吗 ？</font>
        <br>
         <font style="font-size:13px;line-height:160%;color:blue">450亿双！相当于170万立方米的木材，大约需要砍伐2500万棵大树！</font> <a href="http://www.126.com/" target="_blank" style="font-size:13px;line-height:160%;color:blue"><网易邮箱公益宣传>
</a>