
<HTML><body><P>&nbsp;&nbsp;&nbsp;Hello,everyone</P>


<P>&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;I am trying to simulate the pulling process of a protein by Gromacs 3.2.0. However, when executing the command "mdrun -v -s pull.mdp -o pull_1.tpr -c afterpull -pi pull.ppa -pn pull.ndx", the program only back off the pullout.ppa and pull.pdo with no computing done. <BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; I don't know what's the reason. Is there some problem with my pull.ppa file? Content of the file is:<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; verbose&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = no<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; runtype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = afm<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; group_1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = Pull_C<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; reference_group&nbsp;&nbsp;&nbsp; = Pull_N<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; reftype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = com<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; pull_dim&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = N N Y</P>


<P>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; afm_rate1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.001 <BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; afm_k1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1000<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; afm_dir1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.0 0.0 1.0<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; afm_init1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.0 0.0 0.0<BR>&nbsp;&nbsp; Thanks for any message.<BR></P></body></HTML><br>

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USTC Alumni Email System <br>

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