Hi Raja,<br><br>You may be better off just adding bonds. I believe there was a bond type (type 6) which was especially useful (intended?) for keeping metals bound to a protein.<br><br>Cheers,<br><br>Tsjerk<br><br><div><span class="gmail_quote">
On 4/20/06, <b class="gmail_sendername">raja</b> &lt;<a href="mailto:raja_28@fastmail.us">raja_28@fastmail.us</a>&gt; wrote:</span><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
Dear all,<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;My intention is to restrict Fe(II) in active site by distance<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;restraint protocol. Fe(II) is ligated by three amino acides' polar<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;atoms respectively by (1) NE2 of HIS ,(2) NE2 of HIS (3) OD1 of
<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;ASP. The following is the disres itp file I used (copied from<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;manual3.3). where I edited the atom number of<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;aminoacids(3724,2839,2872) and Fe(II) as 4734.<br>############################# disres.itp
<br>#############################################################################<br>[ distance restraints ]<br>; ai&nbsp;&nbsp; aj&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;type&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;index&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;type'&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; low&nbsp;&nbsp; up1&nbsp;&nbsp; up2&nbsp;&nbsp; fac<br> 3724&nbsp;&nbsp;4734&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0.0
&nbsp;&nbsp;2.09&nbsp;&nbsp;0.4&nbsp;&nbsp; 1.0<br> 2839&nbsp;&nbsp;4734&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0.0&nbsp;&nbsp;2.25&nbsp;&nbsp;0.4&nbsp;&nbsp; 1.0<br> 2872&nbsp;&nbsp;4734&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0.0&nbsp;&nbsp;2.18&nbsp;&nbsp;0.4&nbsp;&nbsp; 1.0<br><br>########################################################################################################################
<br><br>I do not understand the meaning of up2 and fac so I left with 0.4&nbsp;&nbsp;and<br>1.0 as such as found in manual.<br><br>In mdp file I added the following the commands<br><br>###################### full.mdp<br>######################################################################################
<br><br>define&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = -DDISRES<br>disre&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;= Simple<br>#######################################################################################################################<br><br>I expected these modifictions will restrict but those distances are not
<br>restrainted....why ?<br><br>Kindly explain me that wheather I need to change any other parameter .<br><br>With thanks !<br>B.Nataraj<br><br><br>--<br>&nbsp;&nbsp;raja<br>&nbsp;&nbsp;<a href="mailto:raja_28@fastmail.us">raja_28@fastmail.us
</a><br><br>--<br><a href="http://www.fastmail.fm">http://www.fastmail.fm</a> - IMAP accessible web-mail<br><br>_______________________________________________<br>gmx-users mailing list&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">
gmx-users@gromacs.org</a><br><a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>www interface or send it to 
<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br></blockquote>
</div><br><br clear="all"><br>-- <br><br>Tsjerk A. Wassenaar, M.Sc.<br>Groningen Biomolecular Sciences and Biotechnology Institute (GBB)<br>Dept. of Biophysical Chemistry<br>University of Groningen<br>Nijenborgh 4<br>9747AG Groningen, The Netherlands
<br>+31 50 363 4336<br>