<div>Dear Gromacs users,</div>  <DIV>I have difficulties to get the distance between two molecules constraint using</DIV>  <DIV>a .ppa file as described in Chapter 6 in the manual. I tried to combine the</DIV>  <DIV>different options in almost all ways but nothing seems to constraint the</DIV>  <DIV>distance.</DIV>  <DIV>To check that the inter molecular distance is unchanged I use&nbsp;g_dist. Is it</DIV>  <DIV>unprecise? Can the inter molecular constraint be used together with the</DIV>  <DIV>normal bond/angle constraints set in the mdp file, or are they somehow</DIV>  <DIV>working against each other?</DIV>  <DIV>I include a test md.mdp file, my constraint.ppa file and a piece of the dist.xvg</DIV>  <DIV>file generated with g_dist</DIV>  <DIV>&nbsp;</DIV>  <DIV>&nbsp;</DIV>  <DIV>md.mdp</DIV>  <DIV>-----------------------</DIV>  <DIV>title&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = FWS</DIV>  <DIV>integrator&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =
 md<BR>dt&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.001<BR>nsteps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 2000 ; 2 ps<BR>ns_type&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = grid</DIV>  <DIV>pbc&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = xyz<BR>nstlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1<BR>rlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1.1</DIV>  <DIV>nstxout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 10<BR>nstvout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 10<BR>nstfout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 10<BR>nstlog&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 10<BR>nstenergy&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 10<BR>nstxtcout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<BR>energygrps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = Complex_A Complex_B</DIV>  <DIV>comm_mode&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =
 Linear<BR>nstcomm&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1<BR>comm_grps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = Complex_All</DIV>  <DIV>coulombtype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = PME<BR>optimize_fft&nbsp;&nbsp;&nbsp; = yes<BR>fourierspacing&nbsp; = 0.12<BR>pme_order&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 4<BR>rcoulomb&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1.1<BR>vdwtype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = Switch<BR>rvdw_switch&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1.1<BR>rvdw&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1.2</DIV>  <DIV>tcoupl&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = berendsen<BR>tc_grps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = Complex_All SOL_NA+<BR>tau_t&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.1 0.1<BR>ref_t&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 300 300</DIV>  <DIV>pcoupl&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =
 berendsen<BR>pcoupltype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = isotropic<BR>tau_p&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 5<BR>compressibility = 4.5e-5<BR>ref_p&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1.1</DIV>  <DIV>gen_vel&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = no<BR>gen_temp&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 300<BR>genseed&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 42</DIV>  <DIV>;constraints&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = hbonds<BR>;constraint_algorithm = lincs<BR>;unconstrained_start = no</DIV>  <DIV>&nbsp;</DIV>  <DIV>&nbsp;</DIV>  <DIV>&nbsp;</DIV>  <DIV>constraint.ppa</DIV>  <DIV>--------------------------------<BR>verbose = yes<BR>runtype = constraint<BR>group_1 = Complex_A<BR>reference_group =&nbsp; Complex_B<BR>;reftype = com_t0<BR>;reflag = 1<BR>pulldim = Y Y Y<BR>constraint_direction = 1.0 1.0 1.0<BR>;constraint_tolerance = 0.010</DIV>  <DIV>&nbsp;</DIV>  <DIV>&nbsp;</DIV>  <DIV>  <DIV>dist.xvg</DIV> 
 <DIV>--------------------------------<BR></DIV>  <DIV># This file was created Fri Apr 21 10:37:52 2006<BR># by the following command:<BR># g_dist -f traj.trr -s topol.tpr -n index.ndx -o dist.xvg<BR>#<BR># g_dist is part of G R O M A C S:<BR>#<BR># God Rules Over Mankind, Animals, Cosmos and Such<BR>#<BR>@&nbsp;&nbsp;&nbsp; title "Distance"<BR>@&nbsp;&nbsp;&nbsp; xaxis&nbsp; label "Time (ps)"<BR>@&nbsp;&nbsp;&nbsp; yaxis&nbsp; label "Distance (nm)"<BR>@TYPE xy<BR>@ view 0.15, 0.15, 0.75, 0.85<BR>@ legend on<BR>@ legend box on<BR>@ legend loctype view<BR>@ legend 0.78, 0.8<BR>@ legend length 2<BR>@ s0 legend "|d|"<BR>@ s1 legend "d\sx\N"<BR>@ s2 legend "d\sy\N"<BR>@ s3 legend "d\sz\N"<BR>&nbsp;&nbsp; 0.000&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.39150&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.39143&nbsp;&nbsp; -0.00756&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.02317<BR>&nbsp;&nbsp; 0.010&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.39139&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.39132&nbsp;&nbsp; -0.00756&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.02328<BR>&nbsp;&nbsp; 0.020&nbsp;&nbsp;&nbsp;
 4.39129&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.39122&nbsp;&nbsp; -0.00755&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.02338<BR>&nbsp;&nbsp; 0.030&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.39119&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.39112&nbsp;&nbsp; -0.00756&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.02349<BR>&nbsp;&nbsp; 0.040&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.39110&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.39103&nbsp;&nbsp; -0.00759&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.02360<BR>&nbsp;&nbsp; 0.050&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.39102&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.39095&nbsp;&nbsp; -0.00763&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.02372<BR>&nbsp;&nbsp; 0.060&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.39094&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.39087&nbsp;&nbsp; -0.00767&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.02384<BR>&nbsp;&nbsp; 0.070&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.39086&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.39079&nbsp;&nbsp; -0.00770&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.02395<BR>&nbsp;&nbsp; 0.080&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.39079&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.39071&nbsp;&nbsp; -0.00772&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.02405<BR>&nbsp;&nbsp; 0.090&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.39071&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.39063&nbsp;&nbsp; -0.00773&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.02414<BR>&nbsp;&nbsp; 0.100&nbsp;&nbsp;&nbsp;
 4.39062&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.39054&nbsp;&nbsp; -0.00774&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.02424<BR>&nbsp;&nbsp; 0.110&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.39052&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.39044&nbsp;&nbsp; -0.00775&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.02435<BR>&nbsp;&nbsp; 0.120&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.39042&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.39034&nbsp;&nbsp; -0.00778&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.02448<BR>......</DIV>  <DIV>&nbsp;</DIV>  <DIV>&nbsp;&nbsp; 0.900&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.38858&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.38848&nbsp;&nbsp; -0.00831&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.02686<BR>&nbsp;&nbsp; 0.910&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.38866&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.38857&nbsp;&nbsp; -0.00831&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.02677<BR>&nbsp;&nbsp; 0.920&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.38875&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.38866&nbsp;&nbsp; -0.00830&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.02668<BR>&nbsp;&nbsp; 0.930&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.38883&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.38874&nbsp;&nbsp; -0.00828&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.02658<BR>&nbsp;&nbsp; 0.940&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.38890&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.38881&nbsp;&nbsp; -0.00826&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.02649<BR>&nbsp;&nbsp;
 0.950&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.38898&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.38889&nbsp;&nbsp; -0.00824&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.02639</DIV>  <DIV>......</DIV>  <DIV>&nbsp;</DIV></DIV>  <DIV>&nbsp;&nbsp; 1.930&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.39870&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.39867&nbsp;&nbsp; -0.00592&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.01429<BR>&nbsp;&nbsp; 1.940&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.39872&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.39870&nbsp;&nbsp; -0.00591&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.01425<BR>&nbsp;&nbsp; 1.950&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.39874&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.39871&nbsp;&nbsp; -0.00589&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.01422<BR>&nbsp;&nbsp; 1.960&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.39874&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.39871&nbsp;&nbsp; -0.00586&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.01419<BR>&nbsp;&nbsp; 1.970&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.39874&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.39871&nbsp;&nbsp; -0.00584&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.01417<BR>&nbsp;&nbsp; 1.980&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.39874&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.39872&nbsp;&nbsp; -0.00581&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.01413<BR>&nbsp;&nbsp; 1.990&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.39876&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.39874&nbsp;&nbsp;
 -0.00577&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.01408<BR>&nbsp;&nbsp; 2.000&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.39880&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.39878&nbsp;&nbsp; -0.00575&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.01401</DIV>  <DIV>&nbsp;</DIV>  <DIV>&nbsp;</DIV>  <DIV>&nbsp;</DIV>  <DIV>Finding the max and min distance shows that the molecules move 0.1 Ång</DIV>  <DIV>over a period of 1 ps. I am simply demanding too much from the program,</DIV>  <DIV>since each of the molecules are about 450 aa?</DIV>  <DIV>&nbsp;</DIV>  <DIV>Can U plz help me to solve this problem! I also have one question to the</DIV>  <DIV>constraint-direction, if I set this to "0 0 0" then what do I constraint??</DIV>  <DIV>&nbsp;</DIV>  <DIV>&nbsp;Thanks,</DIV>  <DIV>&nbsp;Soren</DIV><!-- type = text -->