<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">
<html>
<head>
  <meta content="text/html;charset=ISO-8859-1" http-equiv="Content-Type">
</head>
<body bgcolor="#ffffff" text="#000000">
Hello, I'm experiencing the exact same problem, when trying to do some
restrained molecular dynamics of a small peptide in a water box. Have
you had any luck in trouble-shooting this? (I've pasted my mdp file
below, for your reference).&nbsp; Also running Gromacs 3.3.1<br>
<br>
Arneh<br>
<br>
<small><small>title = ResMD<br>
warnings = 10<br>
cpp = /usr/bin/cpp ; location of cpp on SGI<br>
define = -DPOSRES<br>
constraints = all-bonds<br>
integrator = md<br>
dt = 0.002 ; ps !<br>
nsteps = 25000 ; total 50.0 ps.<br>
nstcomm = 1<br>
nstxout = 500 ; output coordinates every 1.0 ps<br>
nstvout = 1000 ; output velocities every 2.0 ps<br>
nstfout = 0<br>
nstlog = 10<br>
nstenergy = 10<br>
nstlist = 10<br>
ns_type = grid<br>
rlist = 0.9<br>
coulombtype = PME<br>
rcoulomb = 0.9<br>
rvdw = 1.0<br>
fourierspacing = 0.12<br>
fourier_nx = 0<br>
fourier_ny = 0<br>
fourier_nz = 0<br>
pme_order = 6<br>
ewald_rtol = 1e-5<br>
optimize_fft = yes<br>
; Berendsen temperature coupling is on in four groups<br>
Tcoupl = berendsen<br>
tau_t = 0.1 0.1<br>
tc_grps = protein sol<br>
ref_t = 300 300<br>
; Pressure coupling is on<br>
Pcoupl = berendsen<br>
pcoupltype = isotropic<br>
tau_p = 0.5<br>
compressibility = 4.5e-5<br>
ref_p = 1.0<br>
; Generate velocites is on at 300 K.<br>
gen_vel = yes<br>
gen_temp = 300.0<br>
gen_seed = 173529</small></small><br>
<br>
Diane Fournier wrote:
<blockquote
 cite="midF2CC4BDAB6ADD94C800E3AB2E6CE43EF29CAD5@scmail.webmail.chuq"
 type="cite">
  <pre wrap=""> 

________________________________

De: <a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:gmx-users-bounces@gromacs.org">gmx-users-bounces@gromacs.org</a> de la part de David van der Spoel
Date: lun. 2006-05-01 13:33
&Agrave;: Discussion list for GROMACS users
Objet : Re: [gmx-users] segmentation fault in mdrun when using PME




Have you enabled fortran at the compilation stage? In that case try it
without, otherwise please file a bugzilla, such that we can document
this problem (and try to fix it of course).

  </pre>
  <blockquote type="cite">
    <pre wrap="">Still doesn't work. logfile ends in the usual way. Except this time, I get this output:

    </pre>
  </blockquote>
  <pre wrap=""><!---->
Reading file trp_em.tpr, VERSION 3.3.1 (single precision)

Steepest Descents:

Tolerance (Fmax) = 1.00000e+03

Number of steps = 500

Warning: 1-4 interaction between 1 and 7 at distance 39513.957 which is larger than the 1-4 table size 1.000 nm

These are ignored for the rest of the simulation

This usually means your system is exploding,

if not, you should increase table-extension in your mdp file

Wrote pdb files with previous and current coordinates

Back Off! I just backed up step0.pdb to ./#step0.pdb.1#

Wrote pdb files with previous and current coordinates

and then these files get written:

step0.pdb

#step0.pdb.1# 

step-1.pdb 

step1.pdb 

Will file a bugzilla.
  </pre>
  <blockquote type="cite">
    <blockquote type="cite">
      <pre wrap="">

------------------------------------------------------------------------

_______________________________________________
gmx-users mailing list    <a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a>
<a class="moz-txt-link-freetext" href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a>
Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the
www interface or send it to <a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.
Can't post? Read <a class="moz-txt-link-freetext" href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a>
      </pre>
    </blockquote>
    <pre wrap="">


------------------------------------------------------------------------

_______________________________________________
gmx-users mailing list    <a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a>
<a class="moz-txt-link-freetext" href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a>
Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the
www interface or send it to <a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.
Can't post? Read <a class="moz-txt-link-freetext" href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a>
    </pre>
  </blockquote>
  <pre wrap=""><!---->

--
David.
________________________________________________________________________
David van der Spoel, PhD, Assoc. Prof., Molecular Biophysics group,
Dept. of Cell and Molecular Biology, Uppsala University.
Husargatan 3, Box 596,          75124 Uppsala, Sweden
phone:  46 18 471 4205          fax: 46 18 511 755
<a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se">spoel@xray.bmc.uu.se</a>    <a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:spoel@gromacs.org">spoel@gromacs.org</a>   <a class="moz-txt-link-freetext" href="http://folding.bmc.uu.se">http://folding.bmc.uu.se</a>
++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++
_______________________________________________
gmx-users mailing list    <a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a>
<a class="moz-txt-link-freetext" href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a>
Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the
www interface or send it to <a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.
Can't post? Read <a class="moz-txt-link-freetext" href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a>


  </pre>
  <pre wrap="">
<hr size="4" width="90%">
_______________________________________________
gmx-users mailing list    <a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a>
<a class="moz-txt-link-freetext" href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a>
Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the 
www interface or send it to <a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.
Can't post? Read <a class="moz-txt-link-freetext" href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a></pre>
</blockquote>
</body>
</html>