<DIV>Hi,dear GMX group and other users:</DIV>
<DIV><BR>First of all, I wanna thank Yang Ye, David, Mark and others for your instant replies to most our online questions.</DIV>
<DIV><BR>I am a new user of gromacs(version 3.3). I want to do carbon nanotube MD (to obtain the relationship between axial compressive force and the tube's corresponding deformation).</DIV>
<DIV><BR>I have done the demo, read the manual and hundreds of online "Mailing lists" and I have even run EM on my own carbon nanotube model with Yang Ye's help (though a little problem seems still exist with that model). </DIV>
<DIV><BR>But finally I am completely confused on what I should do next step. Should I run PR and then MD as the demo shows? Then how could I add the axial compression on the model? I know GMX can make that, but it seems that I need a guide to show me the proper entrance of a big building before I can begin to find the certain room.</DIV>
<DIV><BR>Any suggestion on the following principled helps will be greatly appreciated:<BR>1,Should I run EM, PR and then MD as a procedure like demo shows in my model?<BR>2,How could I add the axial compression on the model (either axail forces or axail deformation)? in which step (PR or MD)? and with which file (.mdp? .top?)? </DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>Thanks for&nbsp;all your attentions!</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>With respect,<BR>Jacky Allon<BR><A href="mailto:jackyxh@163.com">jackyxh@163.com</A></DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV><SPAN >--<BR>If you send me one, I will always Re you three, friendship, help or anything else except emails and money:) ——Jacky Allon</SPAN><br><!-- footer --><br><br><br><br><br><div style="border-bottom:1px solid #999"></div><br>

        <font color="black" style="font-size:14.8px">你 不 想 试 试 今 夏 最 “酷” 的 邮 箱 吗 ？</font>
        <br>
         <a href="http://www.126.com/" target="_blank" style="font-size:13px;line-height:160%;color:blue">蕴 涵 中 华 传 统 文 化 于 世 界 一 流 科 技 之 中，创 新 Ajax 技 术，126 “D 计 划”火 热 体 验 中 ！
</a>