<div style="direction: ltr;">Dear Gmx-users,<br>
<br>
I have questions about energy minimization in vacuum. Since there are
two force fields available, G43a1 and G43b1, should I use G43b1 for
energy minimization in vacuum? What are the major difference between
these two force fields?<br>
<br>
In one previous paper (Amadei et al, 1999), a layer of water molecules
were added to the surface of protein to get a closer to nature
description of the protein for NM analysis. In this case (protein with a layer of water), which force
field should I use for energy minimization, G43a1 or G43b1? <br>
<br>
For the electrostatic interaction, I choose cut-off and infinite
distances. Is this acceptable, comparing to the treatment with a
distance-dependent dielectric constant?<br>
<br>
Thank you for the help.<br></div>
<span class="sg">
<br>
Lei Zhou<br>
Columbia University</span>