Dear All,<br>

<br>

I'm just getting started with GROMACS. I configured and installed
fftw-3.0.1 and then I configured, compiled and installed
gromacs-3.3.1.tar.gz as INSTALL file showed.<br>

I thought that the installation had been successful and I performed the
simulation of the peptide (speptide, the one the example proposed).<br>

<br>

I executed:<br>

<br>

1) pdb2gmx -f speptide.pdb -p speptide.top -o speptide.gro<br>

<br>

2) editconf -f speptide -o -d 0.5<br>

<br>

3) genbox -cp out -cs -p speptide -o b4em<br>

<br>

4) grompp -v -f em.mdp -c b4em -o em -p speptide<br>

<br>

Theses steps didn't give me apparent problems. But when I executed:<br>

<br>

mdrun -v -s em -o em -c after_em -g emlog<br>

<br>

This message appeared:<br>

<br>

mdadm: /dev/md-v not identified in config file.<br>

<br>

<br>

I don't understand what it means. I would appreciate some suggestions
to continue the example. I am not able to find the answer about it.<br>

<br>

Thank you for your help in advance.<br>

<br>
<span class="sg">Montserrat</span>