dear gromacs users,<br>


&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  i tried to profile the execution of grompp using&nbsp;  <br>


the callgrind profiling tool.<br>


<br>


the command is as below.<br>


&gt;callgrind -v -dump-every-bb = 10000000 grompp -f run4.mdp -c run3.gro -p CAVITY2.top -o run4.tpr <br>


&nbsp; &nbsp; &nbsp; <br>


the program aborted with the following output.<br>


<br>


=7186== Callgrind-0.10.1, a call-graph generating cache profiler.<br>


==7186== Copyright (C) 2002-2005, and GNU GPL'd, by J.Weidendorfer et al.<br>


==7186== Using LibVEX rev 1575, a library for dynamic binary translation.<br>


==7186== Copyright (C) 2004-2005, and GNU GPL'd, by OpenWorks LLP.<br>


==7186== Using valgrind-3.1.1, a dynamic binary instrumentation framework.<br>


==7186== Copyright (C) 2000-2005, and GNU GPL'd, by Julian Seward et al.<br>


==7186== For more details, rerun with: -v<br>


==7186==<br>


==7186==<br>


==7186== For interactive control, run 'callgrind_control -h'.<br>

&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;
&nbsp; &nbsp; :-)&nbsp; G&nbsp; R&nbsp; O&nbsp; M&nbsp; A&nbsp; C&nbsp;
S&nbsp; (-:<br>


<br>


&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Gravel Rubs Often Many Awfully Cauterized Sores<br>


<br>

&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; :-)&nbsp; VERSION 3.3.1&nbsp; (-:<br>


<br>


<br>


&nbsp; &nbsp; &nbsp; Written by David van der Spoel, Erik Lindahl, Berk Hess, and others.<br>


&nbsp; &nbsp; &nbsp;  Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.<br>


&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  Copyright (c) 2001-2006, The GROMACS development team,<br>


&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; check out <a href="http://www.gromacs.org/" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">http://www.gromacs.org</a> for more information.<br>


<br>


&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  This program is free software; you can redistribute it and/or<br>


&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; modify it under the terms of the GNU General Public License<br>


&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  as published by the Free Software Foundation; either version 2<br>


&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  of the License, or (at your option) any later version.<br>


<br>

&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; :-)&nbsp; grompp&nbsp; (-:<br>


<br>


Option&nbsp; &nbsp;  Filename&nbsp; Type&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  Description<br>


------------------------------
<div id="mb_1">------------------------------<br>

&nbsp; -f&nbsp; &nbsp; &nbsp;  run4.mdp&nbsp; Input, Opt!&nbsp; grompp input file with MD parameters<br>

 -po&nbsp; &nbsp; &nbsp; mdout.mdp&nbsp; Output&nbsp; &nbsp; &nbsp;  grompp input file with MD parameters<br>

&nbsp; -c&nbsp; &nbsp; &nbsp;  run3.gro&nbsp; Input&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Generic structure: gro g96 pdb tpr tpb tpa<br>

&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  xml<br>

&nbsp; -r&nbsp; &nbsp; &nbsp;  conf.gro&nbsp; Input, Opt.&nbsp; Generic structure: gro g96 pdb tpr tpb tpa<br>

&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  xml<br>

 -rb&nbsp; &nbsp; &nbsp;  conf.gro&nbsp; Input, Opt.&nbsp; Generic structure: gro g96 pdb tpr tpb tpa<br>

&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  xml<br>

&nbsp; -n&nbsp; &nbsp; &nbsp; index.ndx&nbsp; Input, Opt.&nbsp; Index file<br>

-deshuf&nbsp; deshuf.ndx&nbsp; Output, Opt. Index file<br>

&nbsp; -p&nbsp; &nbsp; CAVITY2.top&nbsp; Input&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Topology file<br>

 -pp&nbsp; processed.top&nbsp; Output, Opt. Topology file<br>

&nbsp; -o&nbsp; &nbsp; &nbsp;  run4.tpr&nbsp; Output&nbsp; &nbsp; &nbsp;  Generic run input: tpr tpb tpa xml<br>

&nbsp; -t&nbsp; &nbsp; &nbsp;  traj.trr&nbsp; Input, Opt.&nbsp; Full precision trajectory: trr trj<br>

&nbsp; -e&nbsp; &nbsp; &nbsp;  ener.edr&nbsp; Input, Opt.&nbsp; Generic energy: edr ene<br>

<br>

&nbsp; &nbsp; &nbsp; Option&nbsp;  Type&nbsp; Value&nbsp; Description<br>

------------------------------------------------------<br>

&nbsp; &nbsp; &nbsp; -[no]h&nbsp;  bool&nbsp; &nbsp;  no&nbsp; Print help info and quit<br>

&nbsp; &nbsp; &nbsp; -[no]X&nbsp;  bool&nbsp; &nbsp;  no&nbsp; Use dialog box GUI to edit command line options<br>

&nbsp; &nbsp; &nbsp;  -nice&nbsp; &nbsp; int&nbsp; &nbsp; &nbsp; 0&nbsp; Set the nicelevel<br>

&nbsp; &nbsp; &nbsp; -[no]v&nbsp;  bool&nbsp; &nbsp; yes&nbsp; Be loud and noisy<br>

&nbsp; &nbsp; &nbsp;  -time&nbsp;  real&nbsp; &nbsp;  -1&nbsp; Take frame at or first after this time.<br>

&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  -np&nbsp; &nbsp; int&nbsp; &nbsp; &nbsp; 1&nbsp; Generate statusfile for # nodes<br>

-[no]shuffle&nbsp;  bool&nbsp; &nbsp;  no&nbsp; Shuffle molecules over nodes<br>

&nbsp;  -[no]sort&nbsp;  bool&nbsp; &nbsp;  no&nbsp; Sort molecules according to X coordinate<br>

-[no]rmvsbds&nbsp;  bool&nbsp; &nbsp; yes&nbsp; Remove constant bonded interactions with virtual<br>

&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; sites<br>

&nbsp; &nbsp; &nbsp;  -load string&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  Releative load capacity of each node on a<br>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; parallel machine. Be sure to use quotes
around<br>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; the string, which should contain a number
for<br>

&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; each node<br>

&nbsp; &nbsp; -maxwarn&nbsp; &nbsp; int&nbsp; &nbsp;  10&nbsp; Number of warnings after which input processing<br>

&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; stops<br>

-[no]check14&nbsp;  bool&nbsp; &nbsp;  no&nbsp; Remove 1-4 interactions without Van der Waals<br>

&nbsp; -[no]renum&nbsp;  bool&nbsp; &nbsp; yes&nbsp; Renumber atomtypes and minimize number of<br>

&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; atomtypes<br>

<br>

creating statusfile for 1 node...<br>

checking input for internal consistency...<br>

WARNING 1 [file run4.mdp, line unknown]:<br>

&nbsp; For energy conservation with switch/shift potentials, rlist should be 0.1<br>

&nbsp; to 0.3 nm larger than rcoulomb/rvdw.<br>

calling /lib/cpp...<br>

processing topology...<br>

Generated 141 of the 1176 non-bonded parameter combinations<br>

Excluding 3 bonded neighbours for POP 32<br>

turning H bonds into constraints...<br>

Excluding 2 bonded neighbours for SOL 1051<br>

turning H bonds into constraints...<br>

Excluding 3 bonded neighbours for POP 32<br>

Excluding 2 bonded neighbours for SOL 1051<br>

Excluding 3 bonded neighbours for POP 32<br>

Excluding 2 bonded neighbours for SOL 1051<br>

Excluding 3 bonded neighbours for POP 32<br>

Excluding 2 bonded neighbours for SOL 1051<br>

*** glibc detected *** grompp: realloc(): invalid pointer: 0x04120008 ***<br>

======= Backtrace: =========<br>

/lib/libc.so.6(__libc_realloc+0x2e6)[0x1cff15]<br>

grompp[0x80a926d]<br>

======= Memory map: ========<br>

0011f000-00120000 r-xp 0011f000 00:00 0<br>

00148000-00162000 r-xp 00000000 fd:00 945102&nbsp; &nbsp;  /lib/ld-<a href="http://2.3.5.so/" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">2.3.5.so</a><br>

00162000-00163000 r-xp 00019000 fd:00 945102&nbsp; &nbsp;  /lib/ld-<a href="http://2.3.5.so/" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">2.3.5.so</a><br>

00163000-00164000 rwxp 0001a000 fd:00 945102&nbsp; &nbsp;  /lib/ld-<a href="http://2.3.5.so/" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">2.3.5.so</a><br>

0016a000-0028e000 r-xp 00000000 fd:00 945103&nbsp; &nbsp;  /lib/libc-<a href="http://2.3.5.so/" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">2.3.5.so</a><br>

0028e000-00290000 r-xp 00124000 fd:00 945103&nbsp; &nbsp;  /lib/libc-<a href="http://2.3.5.so/" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">2.3.5.so</a><br>

00290000-00292000 rwxp 00126000 fd:00 945103&nbsp; &nbsp;  /lib/libc-<a href="http://2.3.5.so/" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">2.3.5.so</a><br>

00292000-00294000 rwxp 00292000 00:00 0<br>

00296000-002b8000 r-xp 00000000 fd:00 945104&nbsp; &nbsp;  /lib/libm-<a href="http://2.3.5.so/" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">2.3.5.so</a><br>

002b8000-002b9000 r-xp 00021000 fd:00 945104&nbsp; &nbsp;  /lib/libm-<a href="http://2.3.5.so/" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">2.3.5.so</a><br>

002b9000-002ba000 rwxp 00022000 fd:00 945104&nbsp; &nbsp;  /lib/libm-<a href="http://2.3.5.so/" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">2.3.5.so</a><br>

002bc000-002be000 r-xp 00000000 fd:00 945105&nbsp; &nbsp;  /lib/libdl-<a href="http://2.3.5.so/" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">2.3.5.so</a><br>

002be000-002bf000 r-xp 00001000 fd:00 945105&nbsp; &nbsp;  /lib/libdl-<a href="http://2.3.5.so/" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">2.3.5.so</a><br>

002bf000-002c0000 rwxp 00002000 fd:00 945105&nbsp; &nbsp;  /lib/libdl-<a href="http://2.3.5.so/" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">2.3.5.so</a><br>

002d7000-003a7000 r-xp 00000000 fd:00 1482512&nbsp; &nbsp; /usr/X11R6/lib/libX11.so.6.2<br>

003a7000-003ab000 rwxp 000cf000 fd:00 1482512&nbsp; &nbsp; /usr/X11R6/lib/libX11.so.6.2<br>

003ad000-003bb000 r-xp 00000000 fd:00 1482513&nbsp; &nbsp; /usr/X11R6/lib/libXext.so.6.4<br>

003bb000-003bc000 rwxp 0000e000 fd:00 1482513&nbsp; &nbsp; /usr/X11R6/lib/libXext.so.6.4<br>

003be000-003c5000 r-xp 00000000 fd:00 1476469&nbsp; &nbsp; /usr/X11R6/lib/libXp.so.6.2<br>

003c5000-003c6000 rwxp 00006000 fd:00 1476469&nbsp; &nbsp; /usr/X11R6/lib/libXp.so.6.2<br>

004d4000-004dd000 r-xp 00000000 fd:00 945107&nbsp; &nbsp;  /lib/libgcc_s-4.0.0-20050520.so.1<br>

004dd000-004de000 rwxp 00009000 fd:00 945107&nbsp; &nbsp;  /lib/libgcc_s-4.0.0-20050520.so.1<br>

005cb000-005d3000 r-xp 00000000 fd:00 1482523&nbsp; &nbsp; /usr/X11R6/lib/libSM.so.6.0<br>

005d3000-005d4000 rwxp 00007000 fd:00 1482523&nbsp; &nbsp; /usr/X11R6/lib/libSM.so.6.0<br>

005d6000-005ed000 r-xp 00000000 fd:00 1482522&nbsp; &nbsp; /usr/X11R6/lib/libICE.so.6.3<br>

005ed000-005ee000 rwxp 00016000 fd:00 1482522&nbsp; &nbsp; /usr/X11R6/lib/libICE.so.6.3<br>

005ee000-005f0000 rwxp 005ee000 00:00 0<br>

005f2000-00847000 r-xp 00000000 fd:00 1475394&nbsp; &nbsp; /usr/X11R6/lib/libXm.so.3.0.2<br>

00847000-00860000 rwxp 00255000 fd:00 1475394&nbsp; &nbsp; /usr/X11R6/lib/libXm.so.3.0.2<br>

00860000-00861000 rwxp 00860000 00:00 0<br>

04000000-04001000 r-xp 00000000 fd:00 260368&nbsp; &nbsp;  /usr/local/lib/valgrind/x86-linux/vgpreload_core.so<br>

04001000-04002000 rwxp 00000000 fd:00 260368&nbsp; &nbsp;  /usr/local/lib/valgrind/x86-linux/vgpreload_core.so<br>

04002000-04003000 rwxp 04002000 00:00 0<br>

04004000-0400d000 r-xp 00000000 fd:00 943829&nbsp; &nbsp;  /lib/libnss_files-<a href="http://2.3.5.so/" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">2.3.5.so</a><br>

0400d000-0400e000 r-xp 00008000 fd:00 943829&nbsp; &nbsp;  /lib/libnss_files-<a href="http://2.3.5.so/" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">2.3.5.so</a><br>

0400e000-0400f000 rwxp 00009000 fd:00 943829&nbsp; &nbsp;  /lib/libnss_files-<a href="http://2.3.5.so/" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">2.3.5.so</a><br>

04019000-0401a000 rwxp 04019000 00:00 0<br>

0401a000-0406c000 r-xp 00000000 fd:00 1481939&nbsp; &nbsp; /usr/X11R6/lib/libXt.so.6.0<br>

0406c000-04070000 rwxp 00052000 fd:00 1481939&nbsp; &nbsp; /usr/X11R6/lib/libXt.so.6.0<br>

04070000-04071000 rwxp 04070000 00:00 0<br>

04071000-04087000 r-xp 00000000 fd:00 1482558&nbsp; &nbsp; /usr/X11R6/lib/libXmu.so.6.2<br>

04087000-04088000 rwxp 00015000 fd:00 1482558&nbsp; &nbsp; /usr/X11R6/lib/libXmu.so.6.2<br>

04088000-04229000 rwxp 04088000 00:00 0<br>

07f7d000-07f8f000 r-xp 00000000 fd:00 945114&nbsp; &nbsp;  /lib/libnsl-<a href="http://2.3.5.so/" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">2.3.5.so</a><br>

07f8f000-07f90000 r-xp 00011000 fd:00 945114&nbsp; &nbsp;  /lib/libnsl-<a href="http://2.3.5.so/" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">2.3.5.so</a><br>

07f90000-07f91000 rwxp 00012000 fd:00 945114&nbsp; &nbsp;  /lib/libnsl-<a href="http://2.3.5.so/" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">2.3.5.so</a><br>

07f91000-07f93000 rwxp 07f91000 00:00 0<br>

08048000-081c9000 r-xp 00000000 fd:00 2024902&nbsp; &nbsp; /usr/local/gromacs/bin/grompp<br>

081c9000-081d0000 rwxp 00181000 fd:00 2024902&nbsp; &nbsp; /usr/local/gromacs/bin/grompp<br>

081d0000-08202000 rwxp 081d0000 00:00 0<br>

08202000-082bf000 rwxp 08202000 00:00 0<br>

61d4a000-6224a000 rwxp 61d4a000 00:00 0<br>

6224a000-6224c000 --xp 6224a000 00:00 0<br>

6224c000-6225c000 rwxp 6224c000 00:00 0<br>

6225c000-6225e000 --xp 6225c000 00:00 0<br>

6225e000-633a4000 rwxp 6225e000 00:00 0<br>

b0000000-b0125000 r-xp 00000000 fd:00 650893&nbsp; &nbsp;  /usr/local/lib/valgrind/x86-linux/callgrind<br>

b0125000-b012e000 rwxp 00125000 fd:00 650893&nbsp; &nbsp;  /usr/local/lib/valgrind/x86-linux/callgrind<br>

b012e000-b074c000 rwxp b012e000 00:00 0<br>

bea85000-bea93000 rwxp bea85000 00:00 0<br>

bfa7f000-bfa95000 rw-p bfa7f000 00:00 0&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; [stack]<br>

==7186==<br>

==7186== Events&nbsp; &nbsp; : Ir<br>

==7186== Collected : 110292439<br>

==7186==<br>

==7186== I&nbsp;  refs:&nbsp; &nbsp; &nbsp; 110,292,439<br>

Aborted<br>

&nbsp; <br>

the program ran perfectly without the profiling tool and generated the <br>

output files.<br>

<br>

can anybody help me with a solution or a workaround plzzzz.<br>

<br>

does anyone know of other profiling tools that work well with gromacs?<br>

<br>

thank you in advance <br>

<br>

regards <br>

ganapathy senthilkumar&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  </div>