Greeting gromacs users. I am trying to use
gromacs to simulate metals. I am trying to simulate BCC Iron. But I get
the following error message.<br>


<br>


Fatal error: Invalid order for directive moleculetype, file &quot;&quot;topol.top&quot;&quot;, line 5<br>


<br>


I am sending you my input files. Please help me and tell me what is
wrong with my files. Also can you tell me if it is possible to simulate
metallic crystals using gromacs. Mostly people have worked on Bio
Molecules. However I believe that I should be able to simulate Metallic
structures if I modify the source codes a bit. Also, Can you please
tell me if I can use my own potential functions? <br>


<br>


&nbsp;I downloaded force fields made by other people, I
have modified them too to include xb_1 bond type and FE FE interaction.
These modifications have been done in ffG53a6.rtp and ffG53a6bon.itp.
These files are in 53a6.tar.gz on the force field download section of the website <a href="http://www.gromacs.org">www.gromacs.org</a>.<br>


<br>


&nbsp;I request you to please help me out as soon as you can. :)<br>
<br>
<br>
------------------------------------------<br>
grompp.mdp<br>
<br>
NES STARTING WITH ';' ARE COMMENTS<br>
title&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =
Minimization of Hen Egg White Lysozyme
(1AKI.pdb)&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ; Title of run<br>
<br>
; The following lines tell the program the standard locations where to find certain files<br>
cpp&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
= /lib/cpp&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ; Preprocessor<br>
include&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =
-I../top&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ; Directories to include in the
topology format<br>
<br>
; Parameters describing what to do, when to stop and what to save<br>
integrator&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =
steep&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ; Algorithm
(steep = steepest descent minimization)<br>
emtol&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =
1.0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ; Stop
minimization when the maximum force &lt; 1.0 kJ/mol<br>
nsteps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =
200&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ;
Maximum number of (minimization) steps to perform<br>
nstenergy&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =
10&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ;
Write energies to disk every nstenergy steps<br>
nstxtcout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =
10&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ;
Write coordinates to disk every nstxtcout steps<br>
xtc_grps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =
Protein&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ; Which coordinate group(s)
to write to disk<br>
energygrps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = Protein&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ; Which energy group(s) to write to disk<br>
<br>
; Parameters describing how to find the neighbors of each atom and how to calculate the interactions<br>
nstlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =
5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
; Frequency to update the neighbor list and long range forces<br>
ns_type&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =
simple&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ; Method to determine
neighbor list (simple, grid)<br>
rlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =
1.0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ;
Cut-off for making neighbor list (short range forces)<br>
coulombtype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =
cut-off&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ; Treatment of long range
electrostatic interactions<br>
rcoulomb&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =
1.0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ; long
range electrostatic cut-off<br>
rvdw&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
= 1.0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ;
long range Van der Waals cut-off<br>
constraints&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =
none&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ; Bond types
to replace by constraints<br>
pbc&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
= yes&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ;
Periodic Boundary Conditions (yes/no)<br>
----------------------------------------------<br>
topol.top<br>
#include &quot;ffG53a6.itp&quot;<br>
;#include &quot;ffgmx.rtp&quot;<br>
;#include &quot;ffgmx.atp&quot;<br>
<br>
[ moleculetype ]<br>
&nbsp;Ions&nbsp;&nbsp; 3<br>
<br>
[ atoms ]<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
Fe&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;
HEME&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; FE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 55.870<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
Fe&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;
HEME&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; FE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 55.870<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
Fe&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;
HEME&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; FE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 55.870<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
Fe&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;
HEME&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; FE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 55.870<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
Fe&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp;&nbsp;
HEME&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; FE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 55.870<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
6&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
Fe&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6&nbsp;&nbsp;&nbsp;
HEME&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; FE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 55.870<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
7&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
Fe&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7&nbsp;&nbsp;&nbsp;
HEME&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; FE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 55.870<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
8&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
Fe&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8&nbsp;&nbsp;&nbsp;
HEME&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; FE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 55.870<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
9&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
Fe&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9&nbsp;&nbsp;&nbsp;
HEME&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; FE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 55.870<br>
<br>
[ bonds ]<br>
<br>
&nbsp;1 2 1 0.1000 1.7800e+7<br>
--------------------------------------------------<br>
Pure Fe<br>
&nbsp;9<br>
&nbsp; 1Fe&nbsp;&nbsp; FE&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; 0.00 0.00 0.00&nbsp; 0.000 0.000 0.000<br>
&nbsp; 2Fe&nbsp;&nbsp; FE&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp; 2.70 0.00 0.00&nbsp; 0.000 0.000 0.000<br>
&nbsp; 3Fe&nbsp;&nbsp; FE&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp; 0.00 2.70 0.00&nbsp; 0.000 0.000 0.000<br>
&nbsp; 4Fe&nbsp;&nbsp; FE&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp; 0.00 0.00 2.70&nbsp; 0.000 0.000 0.000<br>
&nbsp; 5Fe&nbsp;&nbsp; FE&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp; 0.00 2.70 2.70&nbsp; 0.000 0.000 0.000<br>
&nbsp; 6Fe&nbsp;&nbsp; FE&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6&nbsp; 2.70 0.00 2.70&nbsp; 0.000 0.000 0.000<br>
&nbsp; 7Fe&nbsp;&nbsp; FE&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7&nbsp; 2.70 2.70 0.00&nbsp; 0.000 0.000 0.000<br>
&nbsp; 8Fe&nbsp;&nbsp; FE&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8&nbsp; 2.70 2.70 2.70&nbsp; 0.000 0.000 0.000<br>
&nbsp; 9Fe&nbsp;&nbsp; FE&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9&nbsp; 1.35 1.35 1.35&nbsp; 0.000 0.000 0.000<br>
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conf.gro<br>
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