Hi,<br>
<br>
Maybe as a note for any interested but unaware. In gromacs, the middle
of the box is always the middle of the *rectangular* box defined by the
first three numbers in the last line of the .gro file.<br><br>
Cheers,<br>
<br>
Tsjerk<br>
<br><div><span class="gmail_quote">On 5/9/06, <b class="gmail_sendername">Anton Feenstra</b> &lt;<a href="mailto:feenstra@few.vu.nl">feenstra@few.vu.nl</a>&gt; wrote:</span><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
Diane Fournier wrote:<br><br>&gt; Thank you !<br>&gt;<br>&gt; I think the problem was indeed with building the box, because I redid<br>&gt; the whole sequence on my drug-enzyme system (building the box with<br>&gt; editconf, putting the water with genbox, and then writing my .tpr
<br>&gt; file with grompp) and ran the same (test) position restraint md run,<br>&gt; and this time, the ligand was inside. Will try minimisation again.<br><br>For the record: you have almost certainly had problems with PBC. mdrun
<br>will always place molecules 'in the box' (see manual). If your complex<br>happens to be on the box edge, one molecule may end up at a different<br>side of the box.<br><br>If, instead, your complex was in the middle of the box, as probably
<br>happend during your second setup sequence, pbc will not affect it, at<br>least not during EM when molecules tend not to move much.<br><br>Note, that for different box shapes, the 'middle of the box' may not be<br>what you expect.
<br><br><br>--<br>Groetjes,<br><br>Anton<br><br>* NOTE: New Affiliation, Phone &amp; Fax numbers (below) *<br>&nbsp;&nbsp;_____________ _______________________________________________________<br>|&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
|&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
|<br>|&nbsp;&nbsp;_&nbsp;&nbsp; _&nbsp;&nbsp;___,| K. Anton
Feenstra&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
|<br>| / \ / \'| | | IBIVU/Bioinformatics - Vrije Universiteit Amsterdam&nbsp;&nbsp; |<br>|(&nbsp;&nbsp; |&nbsp;&nbsp; )| | | De Boelelaan 1083 - 1081A HV Amsterdam - Netherlands&nbsp;&nbsp;|<br>| \_/ \_/ | | | Tel +31 20 59 87783 - Fax +31 20 59 87653 - Room P440 |
<br>|&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
| <a href="mailto:Feenstra@few.vu.nl">Feenstra@few.vu.nl</a> -
<a href="http://www.few.vu.nl/~feenstra/">www.few.vu.nl/~feenstra/</a>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
|<br>|&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
| &quot;If You See Me Getting High, Knock Me Down&quot;
(RHCP)&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;|<br>|_____________|_______________________________________________________|<br><br>_______________________________________________<br>gmx-users mailing list&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org
</a><br><a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">
gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br><br>Tsjerk A. Wassenaar, 
M.Sc.<br>Groningen Biomolecular Sciences and Biotechnology Institute (GBB)<br>Dept. of Biophysical Chemistry<br>University of Groningen<br>Nijenborgh 4<br>9747AG Groningen, The Netherlands<br>+31 50 363 4336<br>