Thanks a lot! :) <br><br><div><span class="gmail_quote">On 5/10/06, <b class="gmail_sendername">David van der Spoel</b> &lt;<a href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se">spoel@xray.bmc.uu.se</a>&gt; wrote:</span><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
karamyog singh wrote:<br>&gt; Greeting gromacs users. I am trying to use gromacs to simulate metals. I<br>&gt; am trying to simulate BCC Iron. But I get the following error message.<br>&gt;<br>&gt; Fatal error: Invalid order for directive moleculetype, file
<br>&gt; &quot;&quot;topol.top&quot;&quot;, line 5<br><br>read chapter 5 in the manual about topology files.<br><br>&gt;<br>&gt; I am sending you my input files. Please help me and tell me what is<br>&gt; wrong with my files. Also can you tell me if it is possible to simulate
<br>&gt; metallic crystals using gromacs. Mostly people have worked on Bio<br>&gt; Molecules. However I believe that I should be able to simulate Metallic<br>&gt; structures if I modify the source codes a bit. Also, Can you please tell
<br>&gt; me if I can use my own potential functions?<br>Depends on what you want. CHeck manual on tabulated functions.<br><br><br>&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;I downloaded force fields made by other people, I have modified them<br>&gt; too to include xb_1 bond type and FE FE interaction. These modifications
<br>&gt; have been done in ffG53a6.rtp and ffG53a6bon.itp. These files are in<br>&gt; 53a6.tar.gz on the force field download section of the website<br>&gt; <a href="http://www.gromacs.org">www.gromacs.org</a> &lt;<a href="http://www.gromacs.org">
http://www.gromacs.org</a>&gt;.<br>&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;I request you to please help me out as soon as you can. :)<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt; ------------------------------------------<br>&gt; grompp.mdp<br>&gt;<br>&gt; NES STARTING WITH ';' ARE COMMENTS
<br>&gt; title&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = Minimization of Hen Egg White Lysozyme (1AKI.pdb)<br>&gt; ; Title of run<br>&gt;<br>&gt; ; The following lines tell the program the standard locations where to<br>&gt; find certain files<br>&gt;
cpp&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
= /lib/cpp&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;; Preprocessor<br>&gt;
include&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =
-I../top&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;; Directories to include in
the topology<br>&gt; format<br>&gt;<br>&gt; ; Parameters describing what to do, when to stop and what to save<br>&gt;
integrator&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=
steep&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ; Algorithm
(steep = steepest descent<br>&gt; minimization)<br>&gt;
emtol&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =
1.0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ; Stop
minimization when the maximum<br>&gt; force &lt; 1.0 kJ/mol<br>&gt;
nsteps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=
200&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ;
Maximum number of (minimization) steps<br>&gt; to perform<br>&gt;
nstenergy&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =
10&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;;
Write energies to disk every nstenergy<br>&gt; steps<br>&gt;
nstxtcout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =
10&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;;
Write coordinates to disk every<br>&gt; nstxtcout steps<br>&gt;
xtc_grps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=
Protein&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ; Which coordinate group(s)
to write to disk<br>&gt;
energygrps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=
Protein&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ; Which energy group(s) to
write to disk<br>&gt;<br>&gt; ; Parameters describing how to find the neighbors of each atom and how<br>&gt; to calculate the interactions<br>&gt;
nstlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =
5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
; Frequency to update the neighbor list<br>&gt; and long range forces<br>&gt;
ns_type&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =
simple&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;; Method to
determine neighbor list<br>&gt; (simple, grid)<br>&gt;
rlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =
1.0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ;
Cut-off for making neighbor list<br>&gt; (short range forces)<br>&gt; coulombtype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = cut-off&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ; Treatment of long range electrostatic<br>&gt; interactions<br>&gt;
rcoulomb&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=
1.0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ; long
range electrostatic cut-off<br>&gt;
rvdw&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=
1.0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ; long
range Van der Waals cut-off<br>&gt; constraints&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
= none&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;;
Bond types to replace by constraints<br>&gt;
pbc&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
= yes&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ;
Periodic Boundary Conditions (yes/no)<br>&gt; ----------------------------------------------<br>&gt; topol.top<br>&gt; #include &quot;ffG53a6.itp&quot;<br>&gt; ;#include &quot;ffgmx.rtp&quot;<br>&gt; ;#include &quot;ffgmx.atp
&quot;<br>&gt;<br>&gt; [ moleculetype ]<br>&gt;&nbsp;&nbsp;Ions&nbsp;&nbsp; 3<br>&gt;<br>&gt; [ atoms ]<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Fe&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;HEME&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
FE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;55.870<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Fe&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;HEME&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
FE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;55.870<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Fe&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;HEME&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
FE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;55.870<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Fe&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;HEME&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
FE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;55.870<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Fe&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;HEME&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
FE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;55.870<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;6&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Fe&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;6&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;HEME&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
FE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;55.870<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;7&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Fe&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;7&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;HEME&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
FE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;55.870<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;8&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Fe&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;8&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;HEME&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
FE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;55.870<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;9&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Fe&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;9&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;HEME&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
FE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;55.870<br>&gt;<br>&gt; [ bonds ]<br>&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;1 2 1 0.1000 1.7800e+7<br>&gt; --------------------------------------------------<br>&gt; Pure Fe<br>&gt;&nbsp;&nbsp;9<br>&gt;&nbsp;&nbsp; 1Fe&nbsp;&nbsp; FE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;1&nbsp;&nbsp;0.00 0.00 0.00&nbsp;&nbsp;0.000 0.000
 0.000<br>&gt;&nbsp;&nbsp; 2Fe&nbsp;&nbsp; FE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;2&nbsp;&nbsp;2.70 0.00 0.00&nbsp;&nbsp;0.000 0.000 0.000<br>&gt;&nbsp;&nbsp; 3Fe&nbsp;&nbsp; FE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;3&nbsp;&nbsp;0.00 2.70 0.00&nbsp;&nbsp;0.000 0.000 0.000<br>&gt;&nbsp;&nbsp; 4Fe&nbsp;&nbsp; FE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;4&nbsp;&nbsp;0.00 0.00 2.70&nbsp;&nbsp;0.000 0.000 0.000<br>&gt;&nbsp;&nbsp; 5Fe&nbsp;&nbsp; FE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;5&nbsp;&nbsp;0.00 2.70 2.70
&nbsp;&nbsp;0.000 0.000 0.000<br>&gt;&nbsp;&nbsp; 6Fe&nbsp;&nbsp; FE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;6&nbsp;&nbsp;2.70 0.00 2.70&nbsp;&nbsp;0.000 0.000 0.000<br>&gt;&nbsp;&nbsp; 7Fe&nbsp;&nbsp; FE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;7&nbsp;&nbsp;2.70 2.70 0.00&nbsp;&nbsp;0.000 0.000 0.000<br>&gt;&nbsp;&nbsp; 8Fe&nbsp;&nbsp; FE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;8&nbsp;&nbsp;2.70 2.70 2.70&nbsp;&nbsp;0.000 0.000 0.000<br>&gt;&nbsp;&nbsp; 9Fe&nbsp;&nbsp; FE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;9&nbsp;&nbsp;
1.35 1.35 1.35&nbsp;&nbsp;0.000 0.000 0.000<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt; conf.gro<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt; ------------------------------------------------------------------------<br>&gt;<br>&gt; _______________________________________________
<br>&gt; gmx-users mailing list&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>&gt; <a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a>
<br>&gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>&gt; www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>&gt; Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php">
http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br><br><br>--<br>David.<br>________________________________________________________________________<br>David van der Spoel, PhD, Assoc. Prof., Molecular Biophysics group,
<br>Dept. of Cell and Molecular Biology, Uppsala University.<br>Husargatan 3, Box 596,&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;75124 Uppsala, Sweden<br>phone:&nbsp;&nbsp;46 18 471 4205&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;fax: 46 18 511 755<br><a href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se">spoel@xray.bmc.uu.se
</a>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<a href="mailto:spoel@gromacs.org">spoel@gromacs.org</a>&nbsp;&nbsp; <a href="http://folding.bmc.uu.se">http://folding.bmc.uu.se</a><br>++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++<br>_______________________________________________
<br>gmx-users mailing list&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br><a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the
<br>www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php
</a><br></blockquote></div><br>