<br>Karam,<br><br>If you think you know why, please share your thoughts.. that can help us provide an answer.<br><br>Still, gromacs supports all periodic boundary conditions, except for real exotic stuff like spherical (and I can think of a few others). But any crystal packing can be handled. Maybe the easiest for you is to build a single bcc unit cell, with the correct lattice vectors as the box definition. Then run genbox to copy that a certain number of times. Also read the gromacs manual to understand the definition of the box (last line of the .gro file) if you haven't done so.
<br><br>Tsjerk<br><br><div><span class="gmail_quote">On 5/11/06, <b class="gmail_sendername">karamyog singh</b> &lt;<a href="mailto:karamyog.singh@gmail.com">karamyog.singh@gmail.com</a>&gt; wrote:</span><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
<div>hmm.. i know about the no. of atoms in bcc. please tell me what to do if i want more than 1 unit cell?<br>gromacs is not supporting periodic boundary conditions for my cell and i think i know y.<br><div><span class="gmail_quote">

On 5/11/06, <b class="gmail_sendername">Mark Abraham</b> &lt;<a href="mailto:Mark.Abraham@anu.edu.au" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">Mark.Abraham@anu.edu.au</a>&gt; wrote:</span><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">

karamyog singh wrote:<br>&gt; Thnx Mark. I stil have a doubt. If want to simulate a crystal<br>&gt; structure,then how should i go about it? wht changes should be made in<br>&gt; the above file? even if i replace the 27th atom with 
0.5 0.25 0.5, then<br>&gt; too it will overlay some other atom.<br><br>0.5 == 0 if the size is 0.5. If you've got the atom spacing right for 27<br>atoms in this configuration, then increase your box size to make the<br>periodic images go in the right spots. At the moment you are overlaying
<br>atoms.<br><br>&gt; I understand wht the fault with my conf.gro file is, but if I have to<br>&gt; simulate a bcc lattice then wht should the .gro file look like?<br><br>IIRC, a bcc lattice has two atoms per unit cell 
e.g
. the central one and<br>eight eighths of an atom at each of the cube vertices. Thus I have no<br>idea what you're trying to do with 27 atoms.<br><br>Mark<br>_______________________________________________<br>gmx-users mailing list&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">gmx-users@gromacs.org</a><br><a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">
http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the
<br>www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">
http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php
</a><br></blockquote></div><br>

</div><br>_______________________________________________<br>gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)" href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br><a onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)" href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">
http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>www interface or send it to <a onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)" href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">
gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>Can't post? Read <a onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)" href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php
</a><br><br></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br><br>Tsjerk A. Wassenaar, M.Sc.<br>Groningen Biomolecular Sciences and Biotechnology Institute (GBB)<br>Dept. of Biophysical Chemistry<br>University of Groningen
<br>Nijenborgh 4<br>9747AG Groningen, The Netherlands<br>+31 50 363 4336<br>