Respected gentlemen, I have written another code for simulating atomic
oxygen. the code is running fine. however when i view my run using
ngmx, the entire box doesn't get filled up.It just shows one plane of
atoms. I have a box of 27 atoms but ngmx shows only 9. Can any1 tell me
why and the solution to this problem.<br>
<br>
-<br>
Karamyog.<br>
<br>
here are my .top and .gro files.<br>
<br>
conf.gro :- <br>
<br>
DILUTE OXYGEN GAS<br>
&nbsp;27<br>
&nbsp; 1MY&nbsp;&nbsp; OX&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; 0.010000&nbsp;&nbsp; 0.022000&nbsp; -0.10000 ; 0.000 0.000 0.000<br>
&nbsp; 2MY&nbsp;&nbsp; OX&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp; 0.250000&nbsp;&nbsp; 0.000000&nbsp; 0.000000 ; 0.000 0.000 0.000<br>
&nbsp; 3MY&nbsp;&nbsp; OX&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp; 0.000000&nbsp;&nbsp; 0.250000&nbsp; 0.000000 ; 0.000 0.000 0.000<br>
&nbsp; 4MY&nbsp;&nbsp; OX&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp; 0.000000&nbsp;&nbsp; 0.000000&nbsp; 0.250000 ; 0.000 0.000 0.000<br>
&nbsp; 5MY&nbsp;&nbsp; OX&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp; 0.250000&nbsp;&nbsp; 0.250000&nbsp; 0.000000 ; 0.000 0.000 0.000<br>
&nbsp; 6MY&nbsp;&nbsp; OX&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6&nbsp; 0.250000&nbsp;&nbsp; 0.000000&nbsp; 0.250000 ; 0.000 0.000 0.000<br>
&nbsp; 7MY&nbsp;&nbsp; OX&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7&nbsp; 0.000000&nbsp;&nbsp; 0.250000&nbsp; 0.250000 ; 0.000 0.000 0.000<br>
&nbsp; 8MY&nbsp;&nbsp; OX&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8&nbsp; 0.250000&nbsp;&nbsp; 0.250000&nbsp; 0.250000 ; 0.000 0.000 0.000<br>
&nbsp; 9MY&nbsp;&nbsp; OX&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9&nbsp; 0.500000&nbsp;&nbsp; 0.000000&nbsp; 0.000000 ; 0.000 0.000 0.000<br>
&nbsp;10MY&nbsp;&nbsp; OX&nbsp;&nbsp; 10&nbsp; 0.000000&nbsp;&nbsp; 0.500000&nbsp; 0.000000 ; 0.000 0.000 0.000<br>
&nbsp;11MY&nbsp;&nbsp; OX&nbsp;&nbsp; 11&nbsp; 0.000000&nbsp;&nbsp; 0.000000&nbsp; 0.500000 ; 0.000 0.000 0.000<br>
&nbsp;12MY&nbsp;&nbsp; OX&nbsp;&nbsp; 12&nbsp; 0.500000&nbsp;&nbsp; 0.500000&nbsp; 0.000000 ; 0.000 0.000 0.000<br>
&nbsp;13MY&nbsp;&nbsp; OX&nbsp;&nbsp; 13&nbsp; 0.500000&nbsp;&nbsp; 0.000000&nbsp; 0.500000 ; 0.000 0.000 0.000<br>
&nbsp;14MY&nbsp;&nbsp; OX&nbsp;&nbsp; 14&nbsp; 0.000000&nbsp;&nbsp; 0.500000&nbsp; 0.500000 ; 0.000 0.000 0.000<br>
&nbsp;15MY&nbsp;&nbsp; OX&nbsp;&nbsp; 15&nbsp; 0.500000&nbsp;&nbsp; 0.500000&nbsp; 0.500000 ; 0.000 0.000 0.000<br>
&nbsp;16MY&nbsp;&nbsp; OX&nbsp;&nbsp; 16&nbsp; 0.500000&nbsp;&nbsp; 0.250000&nbsp; 0.000000 ; 0.000 0.000 0.000<br>
&nbsp;17MY&nbsp;&nbsp; OX&nbsp;&nbsp; 17&nbsp; 0.500000&nbsp;&nbsp; 0.250000&nbsp; 0.250000 ; 0.000 0.000 0.000<br>
&nbsp;18MY&nbsp;&nbsp; OX&nbsp;&nbsp; 18&nbsp; 0.500000&nbsp;&nbsp; 0.250000&nbsp; 0.500000 ; 0.000 0.000 0.000<br>
&nbsp;19MY&nbsp;&nbsp; OX&nbsp;&nbsp; 19&nbsp; 0.500000&nbsp;&nbsp; 0.500000&nbsp; 0.250000 ; 0.000 0.000 0.000<br>
&nbsp;20MY&nbsp;&nbsp; OX&nbsp;&nbsp; 20&nbsp; 0.250000&nbsp;&nbsp; 0.500000&nbsp; 0.000000 ; 0.000 0.000 0.000<br>
&nbsp;21MY&nbsp;&nbsp; OX&nbsp;&nbsp; 21&nbsp; 0.250000&nbsp;&nbsp; 0.500000&nbsp; 0.250000 ; 0.000 0.000 0.000<br>
&nbsp;22MY&nbsp;&nbsp; OX&nbsp;&nbsp; 22&nbsp; 0.250000&nbsp;&nbsp; 0.500000&nbsp; 0.500000 ; 0.000 0.000 0.000<br>
&nbsp;23MY&nbsp;&nbsp; OX&nbsp;&nbsp; 23&nbsp; 0.250000&nbsp;&nbsp; 0.000000&nbsp; 0.500000 ; 0.000 0.000 0.000<br>
&nbsp;24MY&nbsp;&nbsp; OX&nbsp;&nbsp; 24&nbsp; 0.250000&nbsp;&nbsp; 0.250000&nbsp; 0.500000 ; 0.000 0.000 0.000<br>
&nbsp;25MY&nbsp;&nbsp; OX&nbsp;&nbsp; 25&nbsp; 0.500000&nbsp;&nbsp; 0.000000&nbsp; 0.250000 ; 0.000 0.000 0.000<br>
&nbsp;26MY&nbsp;&nbsp; OX&nbsp;&nbsp; 26&nbsp; 0.000000&nbsp;&nbsp; 0.500000&nbsp; 0.250000 ; 0.000 0.000 0.000<br>
&nbsp;27MY&nbsp;&nbsp; OX&nbsp;&nbsp; 27&nbsp; 0.000000&nbsp;&nbsp; 0.250000&nbsp; 0.500000 ; 0.000 0.000 0.000<br>
0.5 0.5 0.5<br>
<br>
<br>
topol.top :-<br>
#include &quot;ffG53a6.itp&quot;<br>
#include &quot;ffgmx.itp&quot;<br>
<br>
[ moleculetype ]<br>
&nbsp;Ions&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1<br>
<br>
[ atoms ]<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; OX
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; MY&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
OX&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
-0.450&nbsp;&nbsp;&nbsp; 15.99940<br>
&nbsp; <br>
[ system ]<br>
dilute oxygen<br>
[ molecules ]<br>
Ions 27<br>
<br>
<br>
<br>