Thnx Mark. I stil have a doubt. If want to simulate a crystal
structure,then how should i go about it? wht changes should be made in
the above file? even if i replace the 27th atom with 0.5 0.25 0.5, then
too it will overlay some other atom.<br>
<br>
I understand wht the fault with my conf.gro file is, but if I have to
simulate a bcc lattice then wht should the .gro file look like?<br>
<br>
-<br>
karamyog<br><br><div><span class="gmail_quote">On 5/11/06, <b class="gmail_sendername">Mark Abraham</b> &lt;<a href="mailto:Mark.Abraham@anu.edu.au">Mark.Abraham@anu.edu.au</a>&gt; wrote:</span><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
karamyog singh wrote:<br>&gt; Respected gentlemen, I have written another code for simulating atomic<br>&gt; oxygen. the code is running fine. however when i view my run using ngmx,<br>&gt; the entire box doesn't get filled 
up.It just shows one plane of atoms. I<br>&gt; have a box of 27 atoms but ngmx shows only 9. Can any1 tell me why and<br>&gt; the solution to this problem.<br><br>&gt;&nbsp;&nbsp;27MY&nbsp;&nbsp;
OX&nbsp;&nbsp; 27&nbsp;&nbsp;0.000000&nbsp;&nbsp;
0.250000&nbsp;&nbsp;0.500000 ; 0.000 0.000 0.000<br>&gt; 0.5 0.5 0.5<br><br>Your box is of size 0.5x0.5x0.5, so atom 27 overlays exactly with some<br>other atom at 0,0.25,0... evidently you are doing this with all of your<br>atoms!
<br><br>Mark<br>_______________________________________________<br>gmx-users mailing list&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br><a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">
http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org
</a>.<br>Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br></blockquote></div><br>