Hi Karamyog,<br><br>First build the crystal consisting of the number of atoms you want to include, using the crystal lattice vectors. Than build your unit cell as to contain these. Again use the crystal lattice vectors, but scale them for the size of your crystal unit cell. So, if your crystal is 10x10x10 atoms, your unit cell is 10*v1, 10*v2, 10*v3, where v1, v2 and v3 are the lattice vectors between the atoms.
<br><br>Cheers,<br><br>Tsjerk<br><br><div><span class="gmail_quote">On 5/11/06, <b class="gmail_sendername">karamyog singh</b> &lt;<a href="mailto:karamyog.singh@gmail.com">karamyog.singh@gmail.com</a>&gt; wrote:</span><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
<div>Thnx Mark. I stil have a doubt. If want to simulate a crystal
structure,then how should i go about it? wht changes should be made in
the above file? even if i replace the 27th atom with 0.5 0.25 0.5, then
too it will overlay some other atom.<br>
<br>
I understand wht the fault with my conf.gro file is, but if I have to
simulate a bcc lattice then wht should the .gro file look like?<br>
<br>
-<br>
karamyog<br><br><div><span class="gmail_quote">On 5/11/06, <b class="gmail_sendername">Mark Abraham</b> &lt;<a href="mailto:Mark.Abraham@anu.edu.au" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">
Mark.Abraham@anu.edu.au</a>&gt; wrote:</span><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
karamyog singh wrote:<br>&gt; Respected gentlemen, I have written another code for simulating atomic<br>&gt; oxygen. the code is running fine. however when i view my run using ngmx,<br>&gt; the entire box doesn't get filled 
up.It just shows one plane of atoms. I<br>&gt; have a box of 27 atoms but ngmx shows only 9. Can any1 tell me why and<br>&gt; the solution to this problem.<br><br>&gt;&nbsp;&nbsp;27MY&nbsp;&nbsp;
OX&nbsp;&nbsp; 27&nbsp;&nbsp;0.000000&nbsp;&nbsp;
0.250000&nbsp;&nbsp;0.500000 ; 0.000 0.000 0.000<br>&gt; 0.5 0.5 0.5<br><br>Your box is of size 0.5x0.5x0.5, so atom 27 overlays exactly with some<br>other atom at 0,0.25,0... evidently you are doing this with all of your<br>atoms!
<br><br>Mark<br>_______________________________________________<br>gmx-users mailing list&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">gmx-users@gromacs.org
</a><br><a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">
http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">
gmx-users-request@gromacs.org
</a>.<br>Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br></blockquote>
</div><br>

</div><br>_______________________________________________<br>gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)" href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br><a onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)" href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">
http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>www interface or send it to <a onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)" href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">
gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>Can't post? Read <a onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)" href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php
</a><br><br></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br><br>Tsjerk A. Wassenaar, M.Sc.<br>Groningen Biomolecular Sciences and Biotechnology Institute (GBB)<br>Dept. of Biophysical Chemistry<br>University of Groningen
<br>Nijenborgh 4<br>9747AG Groningen, The Netherlands<br>+31 50 363 4336<br>