&nbsp;Hello Gmx-users,<br> &nbsp;can it be true that it is not possible to constrain the vector between 2 molecules defined as constrain group and reference group in a ppa file?<br> <br> After a longer struggle it seems to me that one can only constrain _one_ of the<br> following: I. The length of the vector&nbsp; II.,III.,IV., The length of the vector onto the x, y, and z, coordinate axis, respectively.<br> <br> This means that setting: <br> "constraint_direction = 0.0 1.0 1.0" or <br> "constraint_direction = 1.0 1.0 1.0"<br> <br> in the ppa file will constrain _anything_!<br> Why is that?<br> <br> &nbsp;Best regards<br> &nbsp;-Soren<br> <br> <br> <br><br><b><i>Soren Enemark &lt;blegbirk@yahoo.dk&gt;</i></b> skrev:<blockquote class="replbq" style="border-left: 2px solid rgb(16, 16, 255); margin-left: 5px; padding-left: 5px;"> <div>Dear Gromacs users,</div>  <div>I have difficulties to get the distance between two molecules constraint using</div>  <div>a .ppa file as
 described in Chapter 6 in the manual. I tried to combine the</div>  <div>different options in almost all ways but nothing seems to constraint the</div>  <div>distance.</div>  <div>To check that the inter molecular distance is unchanged I use&nbsp;g_dist. Is it</div>  <div>unprecise? Can the inter molecular constraint be used together with the</div>  <div>normal bond/angle constraints set in the mdp file, or are they somehow</div>  <div>working against each other?</div>  <div>I include a test md.mdp file, my constraint.ppa file and a piece of the dist.xvg</div>  <div>file generated with g_dist</div>  <div>&nbsp;</div>  <div>&nbsp;</div>  <div>md.mdp</div>  <div>-----------------------</div>  <div>title&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = FWS</div>  <div>integrator&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =  md<br>dt&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =
 0.001<br>nsteps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 2000 ; 2 ps<br>ns_type&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = grid</div>  <div>pbc&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = xyz<br>nstlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1<br>rlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1.1</div>  <div>nstxout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 10<br>nstvout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 10<br>nstfout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 10<br>nstlog&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 10<br>nstenergy&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 10<br>nstxtcout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<br>energygrps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = Complex_A Complex_B</div>  <div>comm_mode&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =  Linear<br>nstcomm&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =
 1<br>comm_grps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = Complex_All</div>  <div>coulombtype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = PME<br>optimize_fft&nbsp;&nbsp;&nbsp; = yes<br>fourierspacing&nbsp; = 0.12<br>pme_order&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 4<br>rcoulomb&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1.1<br>vdwtype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = Switch<br>rvdw_switch&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1.1<br>rvdw&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1.2</div>  <div>tcoupl&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = berendsen<br>tc_grps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = Complex_All SOL_NA+<br>tau_t&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.1 0.1<br>ref_t&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 300 300</div>  <div>pcoupl&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =  berendsen<br>pcoupltype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =
 isotropic<br>tau_p&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 5<br>compressibility = 4.5e-5<br>ref_p&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1.1</div>  <div>gen_vel&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = no<br>gen_temp&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 300<br>genseed&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 42</div>  <div>;constraints&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = hbonds<br>;constraint_algorithm = lincs<br>;unconstrained_start = no</div>  <div>&nbsp;</div>  <div>&nbsp;</div>  <div>&nbsp;</div>  <div>constraint.ppa</div>  <div>--------------------------------<br>verbose = yes<br>runtype = constraint<br>group_1 = Complex_A<br>reference_group =&nbsp; Complex_B<br>;reftype = com_t0<br>;reflag = 1<br>pulldim = Y Y Y<br>constraint_direction = 1.0 1.0 1.0<br>;constraint_tolerance = 0.010</div>  <div>&nbsp;</div>  <div>&nbsp;</div>  <div>  <div>dist.xvg</div>   <div>--------------------------------<br></div> 
 <div># This file was created Fri Apr 21 10:37:52 2006<br># by the following command:<br># g_dist -f traj.trr -s topol.tpr -n index.ndx -o dist.xvg<br>#<br># g_dist is part of G R O M A C S:<br>#<br># God Rules Over Mankind, Animals, Cosmos and Such<br>#<br>@&nbsp;&nbsp;&nbsp; title "Distance"<br>@&nbsp;&nbsp;&nbsp; xaxis&nbsp; label "Time (ps)"<br>@&nbsp;&nbsp;&nbsp; yaxis&nbsp; label "Distance (nm)"<br>@TYPE xy<br>@ view 0.15, 0.15, 0.75, 0.85<br>@ legend on<br>@ legend box on<br>@ legend loctype view<br>@ legend 0.78, 0.8<br>@ legend length 2<br>@ s0 legend "|d|"<br>@ s1 legend "d\sx\N"<br>@ s2 legend "d\sy\N"<br>@ s3 legend "d\sz\N"<br>&nbsp;&nbsp; 0.000&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.39150&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.39143&nbsp;&nbsp; -0.00756&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.02317<br>&nbsp;&nbsp; 0.010&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.39139&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.39132&nbsp;&nbsp; -0.00756&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.02328<br>&nbsp;&nbsp; 0.020&nbsp;&nbsp;&nbsp;  4.39129&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.39122&nbsp;&nbsp;
 -0.00755&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.02338<br>&nbsp;&nbsp; 0.030&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.39119&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.39112&nbsp;&nbsp; -0.00756&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.02349<br>&nbsp;&nbsp; 0.040&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.39110&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.39103&nbsp;&nbsp; -0.00759&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.02360<br>&nbsp;&nbsp; 0.050&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.39102&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.39095&nbsp;&nbsp; -0.00763&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.02372<br>&nbsp;&nbsp; 0.060&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.39094&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.39087&nbsp;&nbsp; -0.00767&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.02384<br>&nbsp;&nbsp; 0.070&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.39086&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.39079&nbsp;&nbsp; -0.00770&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.02395<br>&nbsp;&nbsp; 0.080&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.39079&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.39071&nbsp;&nbsp; -0.00772&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.02405<br>&nbsp;&nbsp; 0.090&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.39071&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.39063&nbsp;&nbsp; -0.00773&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.02414<br>&nbsp;&nbsp; 0.100&nbsp;&nbsp;&nbsp;  4.39062&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.39054&nbsp;&nbsp;
 -0.00774&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.02424<br>&nbsp;&nbsp; 0.110&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.39052&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.39044&nbsp;&nbsp; -0.00775&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.02435<br>&nbsp;&nbsp; 0.120&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.39042&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.39034&nbsp;&nbsp; -0.00778&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.02448<br>......</div>  <div>&nbsp;</div>  <div>&nbsp;&nbsp; 0.900&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.38858&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.38848&nbsp;&nbsp; -0.00831&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.02686<br>&nbsp;&nbsp; 0.910&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.38866&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.38857&nbsp;&nbsp; -0.00831&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.02677<br>&nbsp;&nbsp; 0.920&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.38875&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.38866&nbsp;&nbsp; -0.00830&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.02668<br>&nbsp;&nbsp; 0.930&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.38883&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.38874&nbsp;&nbsp; -0.00828&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.02658<br>&nbsp;&nbsp; 0.940&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.38890&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.38881&nbsp;&nbsp; -0.00826&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.02649<br>&nbsp;&nbsp;  0.950&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.38898&nbsp;&nbsp;&nbsp;
 4.38889&nbsp;&nbsp; -0.00824&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.02639</div>  <div>......</div>  <div>&nbsp;</div></div>  <div>&nbsp;&nbsp; 1.930&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.39870&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.39867&nbsp;&nbsp; -0.00592&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.01429<br>&nbsp;&nbsp; 1.940&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.39872&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.39870&nbsp;&nbsp; -0.00591&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.01425<br>&nbsp;&nbsp; 1.950&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.39874&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.39871&nbsp;&nbsp; -0.00589&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.01422<br>&nbsp;&nbsp; 1.960&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.39874&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.39871&nbsp;&nbsp; -0.00586&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.01419<br>&nbsp;&nbsp; 1.970&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.39874&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.39871&nbsp;&nbsp; -0.00584&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.01417<br>&nbsp;&nbsp; 1.980&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.39874&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.39872&nbsp;&nbsp; -0.00581&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.01413<br>&nbsp;&nbsp; 1.990&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.39876&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.39874&nbsp;&nbsp;  -0.00577&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.01408<br>&nbsp;&nbsp;
 2.000&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.39880&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.39878&nbsp;&nbsp; -0.00575&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.01401</div>  <div>&nbsp;</div>  <div>&nbsp;</div>  <div>&nbsp;</div>  <div>Finding the max and min distance shows that the molecules move 0.1 Ång</div>  <div>over a period of 1 ps. I am simply demanding too much from the program,</div>  <div>since each of the molecules are about 450 aa?</div>  <div>&nbsp;</div>  <div>Can U plz help me to solve this problem! I also have one question to the</div>  <div>constraint-direction, if I set this to "0 0 0" then what do I constraint??</div>  <div>&nbsp;</div>  <div>&nbsp;Thanks,</div>  <div>&nbsp;Soren</div><!-- type = text -->_______________________________________________<br>gmx-users mailing list    gmx-users@gromacs.org<br>http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br>Can't post? Read
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