hallo gromaxers, i am new to gromacs and i am facing another problem. I
got the following error when i tried to simulate a dilute gas. I tried
removing pbc but then the run hangs. i even tried changing my box
vectors to satisfy the triclinic conditions. <br>
<br>
moreover when i view my initial structure using ngmx. the structure
doesnt lie in the box completely. its to the left. i think i need to
change the center of the box for that. am i right?<br>
<br>
i have used arbit positions in the conf.gro file. Is this going to
hamper my run in any way? i believe since i am trying to simulate a
gas, i can use arbit positions. also i am using only 64 atoms. my
co-ordinates are all positive and less than 1(0.001 to 0.999). my box
vectors are 1.920&nbsp;&nbsp; 1.870&nbsp;&nbsp; 1.655&nbsp;&nbsp;
0.000&nbsp;&nbsp; 0.000&nbsp;&nbsp; 0.950&nbsp;&nbsp; 0.000&nbsp;&nbsp;
0.950&nbsp;&nbsp; 0.800.<br>
if any other detail is required please let me know. <br>
<br>
how do i reduce pressure scaling? and how can i fix pbc for my cell?<br>
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karamyog.<br>
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---------------------------------<br>
ERROR :-<br>
---------------------------------<br>
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&nbsp;step 0<br>
Step 1&nbsp; Warning: pressure scaling more than 1%, mu: 8.68552e+18 8.68552e+18 8.68552e+18<br>
<br>
Step 2&nbsp; Warning: pressure scaling more than 1%, mu: 3.43938e+19 3.43938e+19 3.43938e+19<br>
Warning: Only triclinic boxes with the first vector parallel to the x-axis and the second vector in the xy-plane are supported.<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Box (3x3):<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
Box[&nbsp;&nbsp;&nbsp;
0]={&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
nan,&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
nan,&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; nan}<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
Box[&nbsp;&nbsp;&nbsp;
1]={&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
nan,&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
nan,&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; nan}<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
Box[&nbsp;&nbsp;&nbsp;
2]={&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
nan,&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
nan,&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; nan}<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Can not fix pbc.<br>
Warning: Only triclinic boxes with the first vector parallel to the x-axis and the second vector in the xy-plane are supported.<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Box (3x3):<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
Box[&nbsp;&nbsp;&nbsp;
0]={&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
nan,&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
nan,&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; nan}<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
Box[&nbsp;&nbsp;&nbsp;
1]={&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
nan,&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
nan,&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; nan}<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
Box[&nbsp;&nbsp;&nbsp;
2]={&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
nan,&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
nan,&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; nan}<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Can not fix pbc.<br>
Fatal error: ci = -1 should be in 0 .. -1 [FILE nsgrid.c, LINE 218]<br>