i just removed the problem. the atoms were too close to each other. i
have increased the system size. moreover i used trjconv to center the
atoms. the solution was there in the previous posts. anyway thnx for
your help.<br>
<br>
have a nice day!<br><br><div><span class="gmail_quote">On 5/12/06, <b class="gmail_sendername">Gale, Ella</b> &lt;<a href="mailto:ella.gale@imperial.ac.uk">ella.gale@imperial.ac.uk</a>&gt; wrote:</span><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
<div>






<div>


<p><font size="2">I guess that because it's outside the box perhaps,
you have coordinates that are bigger than the box vectors, if gromacs
is clever enough to wrap it round they could overlap and overlapping
atoms (or atoms too close) can cause this. I posted a question about a
very similar problem yesterday.<br>
<br>
Not sure if that will help.<br></font></p></div><div><span class="sg">
<font size="2"><br>
Ella Gale</font></span></div><font size="2"></font><div><span class="e" id="q_10b2913a001b96d6_2"><font size="2"><br>
<br>
<br>
-----Original Message-----<br>
From: <a href="mailto:gmx-users-bounces@gromacs.org" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">gmx-users-bounces@gromacs.org</a> on behalf of karamyog singh<br>
Sent: Fri 5/12/2006 2:16 PM<br>
To: <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">gmx-users@gromacs.org</a><br>
Subject: [gmx-users] pressure scaling.<br>
<br>
hallo gromaxers, i am new to gromacs and i am facing another problem. I got<br>
the following error when i tried to simulate a dilute gas. I tried removing<br>
pbc but then the run hangs. i even tried changing my box vectors to satisfy<br>
the triclinic conditions.<br>
<br>
moreover when i view my initial structure using ngmx. the structure doesnt<br>
lie in the box completely. its to the left. i think i need to change the<br>
center of the box for that. am i right?<br>
<br>
i have used arbit positions in the conf.gro file. Is this going to hamper my<br>
run in any way? i believe since i am trying to simulate a gas, i can use<br>
arbit positions. also i am using only 64 atoms. my co-ordinates are all<br>
positive and less than 1(0.001 to 0.999). my box vectors are 1.920&nbsp;&nbsp; 1.870<br>
1.655&nbsp;&nbsp; 0.000&nbsp;&nbsp; 0.000&nbsp;&nbsp; 0.950&nbsp;&nbsp; 0.000&nbsp;&nbsp; 0.950&nbsp;&nbsp; 0.800.<br>
if any other detail is required please let me know.<br>
<br>
how do i reduce pressure scaling? and how can i fix pbc for my cell?<br>
-<br>
karamyog.<br>
<br>
---------------------------------<br>
ERROR :-<br>
---------------------------------<br>
<br>
&nbsp;step 0<br>
Step 1&nbsp; Warning: pressure scaling more than 1%, mu: 8.68552e+18 8.68552e+18<br>
8.68552e+18<br>
<br>
Step 2&nbsp; Warning: pressure scaling more than 1%, mu: 3.43938e+19 3.43938e+19<br>
3.43938e+19<br>
Warning: Only triclinic boxes with the first vector parallel to the x-axis<br>
and the second vector in the xy-plane are supported.<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Box (3x3):<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
Box[&nbsp;&nbsp;&nbsp;
0]={&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
nan,&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
nan,&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; nan}<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
Box[&nbsp;&nbsp;&nbsp;
1]={&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
nan,&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
nan,&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; nan}<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
Box[&nbsp;&nbsp;&nbsp;
2]={&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
nan,&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
nan,&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; nan}<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Can not fix pbc.<br>
Warning: Only triclinic boxes with the first vector parallel to the x-axis<br>
and the second vector in the xy-plane are supported.<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Box (3x3):<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
Box[&nbsp;&nbsp;&nbsp;
0]={&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
nan,&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
nan,&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; nan}<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
Box[&nbsp;&nbsp;&nbsp;
1]={&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
nan,&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
nan,&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; nan}<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
Box[&nbsp;&nbsp;&nbsp;
2]={&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
nan,&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
nan,&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; nan}<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Can not fix pbc.<br>
Fatal error: ci = -1 should be in 0 .. -1 [FILE nsgrid.c, LINE 218]<br>
<br>
</font></span></div><div>
<p></p>

</div>

</div><br>_______________________________________________<br>gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)" href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br><a onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)" href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">
http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>www interface or send it to <a onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)" href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">
gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>Can't post? Read <a onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)" href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php
</a><br><br></blockquote></div><br>