Hi Peter,<br>
<br>
You can define a building block in the .rtp file. For the parameters
you should check out the GROMOS 43a5 force field (notably a paper by
Roberto Lins). Sugar parameters are also available in the 53a5 and 53a6
force field sets, which I thought were on the contributions page.<br>
<br>
Cheers,<br>
<br>
Tsjerk<br><br><div><span class="gmail_quote">On 5/15/06, <b class="gmail_sendername">Peter I. Hansen</b> &lt;<a href="mailto:piha@kvl.dk">piha@kvl.dk</a>&gt; wrote:</span><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
Hello<br><br>I'm trying to set up a larger carbohydrate for MD in gromacs. I've used<br>prodrg for smaller sugars, since pdb2gmx seems to fail due to lack of<br>residues in the forcefield. But, prodrg fails when the number of atoms
<br>is larger than 300 (and for the beta version, 500 atoms).<br>Is there another way to do this setup? I only need poly-alpha-glucose,<br>so it's just one residue I miss.<br><br>thanks, Peter<br>_______________________________________________
<br>gmx-users mailing list&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br><a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the
<br>www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php
</a><br></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br><br>Tsjerk A. Wassenaar, M.Sc.<br>Groningen Biomolecular Sciences and Biotechnology Institute (GBB)<br>Dept. of Biophysical Chemistry<br>University of Groningen<br>
Nijenborgh 4<br>9747AG Groningen, The Netherlands<br>+31 50 363 4336<br>