
<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0 Transitional//EN">

<HTML><HEAD>

<META http-equiv=Content-Type content="text/html; charset=us-ascii">

<META content="MSHTML 6.00.2900.2873" name=GENERATOR></HEAD>

<BODY>

<DIV><FONT face=Arial size=2>

<DIV dir=ltr align=left><FONT face=Arial size=2><FONT face=Arial size=2><SPAN 

class=376501111-14052006>Dear all,</SPAN></FONT></DIV>

<DIV>

<DIV>

<DIV><FONT face=Arial size=2><SPAN class=376501111-14052006>I tried to use 

g_energy to calculate potential energy in Gromacs 3.3. But I don't know how to 

select after something&nbsp;was displayed as follows:</SPAN></FONT></DIV>

<DIV><FONT face=Arial size=2><SPAN 

class=376501111-14052006></SPAN></FONT>&nbsp;</DIV>

<DIV><FONT face=Arial size=2><SPAN class=376501111-14052006>&nbsp; Select the 

terms you want from the following 

list<BR>-----------------------------------------------------<BR>G96Bond&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

G96Angle&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

Proper-Dih.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

<BR>Improper-Dih.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

LJ-14&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

Coulomb-14&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

<BR>LJ-(SR)&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

Coulomb-(SR)&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

Potential&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

<BR>Kinetic-En.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

Total-Energy&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

Temperature&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

<BR>Pressure-(bar)&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

Vir-XX&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

Vir-XY&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

<BR>Vir-XZ&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

Vir-YX&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

Vir-YY&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

<BR>Vir-YZ&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

Vir-ZX&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

Vir-ZY&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

<BR>Vir-ZZ&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

Pres-XX-(bar)&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

Pres-XY-(bar)&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

<BR>Pres-XZ-(bar)&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

Pres-YX-(bar)&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

Pres-YY-(bar)&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

<BR>Pres-YZ-(bar)&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

Pres-ZX-(bar)&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

Pres-ZY-(bar)&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

<BR>Pres-ZZ-(bar)&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

#Surf*SurfTen&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

Mu-X&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

<BR>Mu-Y&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

Mu-Z&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

Coul-SR:Protein-Protein <BR>LJ-SR:Protein-Protein&nbsp;&nbsp; 

Coul-14:Protein-Protein LJ-14:Protein-Protein&nbsp;&nbsp; 

<BR>Coul-SR:Protein-rest&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

LJ-SR:Protein-rest&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

Coul-14:Protein-rest&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

<BR>LJ-14:Protein-rest&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

Coul-SR:rest-rest&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

LJ-SR:rest-rest&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

<BR>Coul-14:rest-rest&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

LJ-14:rest-rest&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; T-rest 

</SPAN></FONT></DIV>

<DIV><FONT face=Arial size=2><SPAN 

class=376501111-14052006></SPAN></FONT>&nbsp;</DIV>

<DIV><FONT face=Arial size=2><SPAN class=376501111-14052006>I tried to input 

"Potential" but failed to get results.</SPAN></FONT></DIV>

<DIV><FONT face=Arial size=2><SPAN 

class=376501111-14052006></SPAN></FONT>&nbsp;</DIV>

<DIV><FONT face=Arial size=2><SPAN class=376501111-14052006>I remember that this 

program give&nbsp;<SPAN class=197393011-14052006>selections with 

numbers</SPAN>&nbsp;for different energy<SPAN class=197393011-14052006> in older 

version than 3.3</SPAN>, such as </SPAN></FONT></DIV>

<DIV><FONT face=Arial size=2><SPAN class=376501111-14052006>&nbsp;&nbsp; 

1=&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; G96Angle&nbsp;&nbsp; 2=&nbsp;&nbsp; Proper 

Dih.&nbsp;&nbsp; 3= Improper Dih.&nbsp;&nbsp; 

4=&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; LJ-14<BR>&nbsp;&nbsp; 

5=&nbsp;&nbsp;&nbsp; Coulomb-14&nbsp;&nbsp; 

6=&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; LJ (SR)&nbsp;&nbsp; 

7=&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; LJ (LR)&nbsp;&nbsp; 8=&nbsp; Coulomb 

(SR)<BR>&nbsp;&nbsp; 9=&nbsp; Coul. recip.&nbsp; 10=&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

Potential&nbsp; 11=&nbsp;&nbsp; Kinetic En.&nbsp; 12=&nbsp; Total 

Energy<BR>&nbsp; 13=&nbsp;&nbsp; Temperature&nbsp; 14=Pressure (bar)&nbsp; 

15=&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Vir-XX&nbsp; 

16=&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Vir-XY<BR>&nbsp; 

17=&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Vir-XZ&nbsp; 

18=&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Vir-YX&nbsp; 

19=&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Vir-YY&nbsp; 

20=&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Vir-YZ<BR>&nbsp; 

21=&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Vir-ZX&nbsp; 

22=&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Vir-ZY&nbsp; 

23=&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Vir-ZZ&nbsp; 24= Pres-XX 

(bar)<BR>&nbsp; 25= Pres-XY (bar)&nbsp; 26= Pres-XZ (bar)&nbsp; 27= Pres-YX 

(bar)&nbsp; 28= Pres-YY (bar)<BR>&nbsp; 29= Pres-YZ (bar)&nbsp; 30= Pres-ZX 

(bar)&nbsp; 31= Pres-ZY (bar)&nbsp; 32= Pres-ZZ (bar)<BR>&nbsp; 33= 

#Surf*SurfTen&nbsp; 34=&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

Mu-X&nbsp; 35=&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Mu-Y&nbsp; 

36=&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Mu-Z<BR>&nbsp; 

37=&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; T-System&nbsp; 38=&nbsp;&nbsp; 

Lamb-System<BR></SPAN></FONT></DIV>

<DIV><FONT face=Arial size=2><SPAN class=376501111-14052006>In this case, I can 

input "10 0" to calculate potential energy.</SPAN></FONT></DIV>

<DIV><FONT face=Arial size=2><SPAN 

class=376501111-14052006></SPAN></FONT>&nbsp;</DIV>

<DIV><FONT face=Arial size=2><SPAN 

class=376501111-14052006></SPAN></FONT>&nbsp;</DIV>

<DIV><FONT face=Arial size=2><SPAN class=376501111-14052006>So who has used this 

program&nbsp;<SPAN class=197393011-14052006>in Gromacs 3.3</SPAN>and give me 

some guidance? Thank you very much.</SPAN></FONT></DIV>

<DIV><FONT face=Arial size=2><SPAN 

class=376501111-14052006></SPAN></FONT>&nbsp;</DIV>

<DIV><SPAN class=376501111-14052006><FONT face=Arial size=2>Zhongqiao 

Hu</FONT></DIV></SPAN></DIV></FONT></DIV></FONT></DIV></BODY></HTML>