I exactly did that. I initially thought that since I have placed the

atoms randomly so it is probable that atoms experience large forces and

since I am not allowing any temperature scaling etc. , I am getting

large KE. Therefore I first minimized my configuration. I got a frozen

structure by doing pressure and temp. scaling. Then I removed

everything. After that what happens is, the whole crystal starts

breaking up. First one atom gains velocity and moves then another atom

and then another. After tht the whole system just breaks.<br>

<br>

Any idea why? Is it because the no. of steps for my initial md run is

small . Shall I stabilize my configuration for a longer time?<br>

<br>

The cut off that I have taken is the value of 'r' at which the minima for LJ exists. Is it ok or shall I increase this too?<br>

-<br>

karamyog<br><br>

<br><div><span class="gmail_quote">On 5/18/06, <b class="gmail_sendername">Mark Abraham</b> &lt;<a href="mailto:Mark.Abraham@anu.edu.au">Mark.Abraham@anu.edu.au</a>&gt; wrote:</span><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">

karamyog singh wrote: &gt; I almost removed everything. I am generating initial velocity at 0.01 K &gt; so the system should freeze. Its a dilute gas. But somehow I am getting &gt; very large velocites i.e. very large KE of the whole system.

<br><br>That .mdp looks fine for NVE. Use g_energy -w to see the evolution of KE<br>over time. It is well known that the use of cut-offs induces heating in<br>the system - i.e. energy is not being conserved. Yours are much longer

<br>than you would use in protein-in-water MD, which is a step in the right<br>direction, but I don't know how long they are for the system you're<br>looking at - literature may help here. You would want cut-offs that get

<br>more than a few atoms into the interaction sphere, of course, and that<br>depends how dilute the gas is.<br><br>Another possibility is that the system is not equilibrated straight<br>after grompp does the gen_vel - it's just sampling velocities from a

distribution, so the result is stochastic. I'd suggest doing a period of NVT and/or NPT to get the temperature and density correct for the system you want, and only then switch off the regulation algorithms to get NVE.

<br><br>Mark<br><br></blockquote></div><br>