Hi Gianluca,<br>the same thing happens to me sometimes too, it seems as if the edr file update is somehow delayed in relation to the other output files, though written with the user defined periodicity. I usually restart from the previous frame. Sorry I can't help more!
<br><br>Greetings,<br><br>Maria Giovanna<br><br><div><span class="gmail_quote">On 5/18/06, <b class="gmail_sendername">gianluca santarossa</b> &lt;<a href="mailto:gianluca_santarossa@fastmail.fm" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">
gianluca_santarossa@fastmail.fm
</a>&gt; wrote:</span><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">Dear gmx users,<br>sometimes my simulations crash, and I need to restart them using the command
<br>$ tpbconv -f traj.trr -e ener.edr<br>Sometimes it runs, while sometimes it gives me an error.<br>This is part of the output of tpbconv:<br><br>trn version: GMX_trn_file (single precision)<br>Read frame&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 11: step&nbsp;&nbsp; 5000 time&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
5.000<br><br>Using frame of step 5000 time 5<br>Opened ener.edr as single precision energy file<br>Reading frame&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;8 time&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;4.000<br>Last frame read 8<br>WARNING: Incomplete frame: nr&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;9 time&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;4.000<br><br>-------------------------------------------------------
<br>Program tpbconv, VERSION 3.3.1<br>Source code file: enxio.c, line: 401<br><br>Fatal error:<br>Could not find frame with time 5.000000 in 'ener.edr'<br>-------------------------------------------------------<br><br>The problem is that the system did not write the last terms in 
ener.edr,<br>while it wrote the terms in traj.trr.<br>In my grompp.mdp file I specified the same frequencies for energy and<br>trajectory log:<br>nstxout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;= 500<br>nstvout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;= 500<br>nstlog&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 500<br>nstenergy&nbsp;&nbsp; = 500
<br>nstxtcout&nbsp;&nbsp; = 500<br><br>What can I do to overcome the problem?<br>Thanks,<br>Gianluca<br>_______________________________________________<br>gmx-users mailing list&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">
gmx-users@gromacs.org
</a><br><a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the
<br>www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">
gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php
</a><br></blockquote></div><br>