<HTML><BODY style="word-wrap: break-word; -khtml-nbsp-mode: space; -khtml-line-break: after-white-space; ">Depends on the force field. Take opls/aa for all hydrogens.<DIV>Best,<DIV>Kay.</DIV><DIV><BR><DIV><DIV>On May 22, 2006, at 3:52 PM, &lt;<A href="mailto:montserrat.vaque@urv.cat">montserrat.vaque@urv.cat</A>&gt; wrote:</DIV><BR class="Apple-interchange-newline"><BLOCKQUOTE type="cite">Dear All,<BR> <BR> First of all, I would like to give my thanks for the help David van der Spoel has given us.<BR> <BR> I'm doing an energy minimization with mdrun without problems. However, I've noticed that Gromacs is only adding the polar hydrogens and not all the hydrogens during the energy minimization. I would like to know if GROMACS is able to add all hydrogens and what I have to do, which option I have to choose if it is possible.<BR> <BR> <FONT face="'PrimaSans BT,Verdana,sans-serif'"> Thanks in advance </FONT><FONT face="'PrimaSans BT,Verdana,sans-serif'">for your help</FONT><FONT face="'PrimaSans BT,Verdana,sans-serif'">.<BR> <BR> Regards,<BR> <BR> </FONT>Montserrat<BR> <BR> <BR><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">_______________________________________________</DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">gmx-users mailing list<SPAN class="Apple-converted-space">    </SPAN><A href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</A></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><A href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</A></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<SPAN class="Apple-converted-space"> </SPAN></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">www interface or send it to <A href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</A>.</DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">Can't post? Read <A href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</A></DIV> </BLOCKQUOTE></DIV><BR><DIV> <SPAN class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; border-spacing: 0px 0px; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; text-align: auto; -khtml-text-decorations-in-effect: none; text-indent: 0px; -apple-text-size-adjust: auto; text-transform: none; orphans: 2; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; "><SPAN class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; border-spacing: 0px 0px; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; text-align: auto; -khtml-text-decorations-in-effect: none; text-indent: 0px; -apple-text-size-adjust: auto; text-transform: none; orphans: 2; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; "><DIV><BR class="khtml-block-placeholder"></DIV><DIV><BR class="khtml-block-placeholder"></DIV><DIV>~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~</DIV><DIV>Dr. Kay-Eberhard Gottschalk</DIV><DIV>Applied Physics and Center for Nano Sciences</DIV><DIV>Ludwig-Maximilians University</DIV><DIV>Amalienstr. 54</DIV><DIV>80799 Munich, Germany</DIV><DIV><BR class="khtml-block-placeholder"></DIV><DIV>Phone: +49-89-2180 3436</DIV><DIV><BR class="khtml-block-placeholder"></DIV><BR class="Apple-interchange-newline"></SPAN></SPAN> </DIV><BR></DIV></DIV></BODY></HTML>