Hi gmx-users,<br>i am trying to run a POPC simulation. this is what i have done. i downloaded the popc128apdb, lipid.itp , popc.itp files from the following website <a href="http://moose.bio.ucalgary.ca/index.php?page=Downloads">
http://moose.bio.ucalgary.ca/index.php?page=Downloads</a> <br>then i also downloaded the ffgmx_lipids files from the gromacs website.<br><br>i have copied the files from the ffgmx_lipids to /share/top folder. in the popc.top
 (popc topology) files i have mentioned it to include all of these as <br>; Include the force field parameters <br>#include &quot;ffgmx.itp&quot;<br>#include &quot;popc.itp&quot;<br>#include &quot;lipid.itp&quot;<br>#include &quot;
ffgmx2nb.itp&quot;<br>#include &quot;ffgmx2bon.itp&quot;<br>; Include water topology<br>#ifdef FLEX_SPC<br>#include &quot;flexspc.itp&quot;<br>#else<br>#include &quot;spc.itp&quot;<br>#endif<br>[ system]<br>;POPC + Water EM
<br>[molecules]<br>; name&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; number<br>&nbsp; POPC&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 128<br>&nbsp; SOL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2460 <br>&nbsp; when i give the following command<br>&quot;grompp -f em.mdp -c popc128a_b4em.gro -p popc.top -o popc.tpr&quot;<br>it gives me an error saying &quot;atom type LP2 not found&quot;.
<br><br>however the lipid.itp and popc.itp allhave the declaration for LP2 atom type. but still why there is an error. plz help. thanks.<br><br>Arindam <br><br>