
<HTML><BODY>

<DIV><BR>In God We Trust<BR></DIV>

<DIV>Hello </DIV>

<DIV>Here is&nbsp;your topology.<BR>&nbsp;<BR>Thank you very much in 

advance<BR>Karim Mahnam<BR>Institute of &nbsp;Biochemistry &nbsp;and 

&nbsp;Biophysics (IBB)<BR>Tehran University <BR>P.O.box 13145-1384<BR>Tehran 

<BR>Iran <BR>http://www.ibb.ut.ac.ir/<BR><BR><BR></DIV>

<BLOCKQUOTE style="PADDING-RIGHT: 0px; PADDING-LEFT: 5px; MARGIN-LEFT: 5px; 

BORDER-LEFT: #000000 2px solid; MARGIN-RIGHT: 0px">-----Original 

Message-----<BR>From: hadi behzadi &lt;behzadihadi@yahoo.com&gt;<BR>To: 

gmx-users@gromacs.org<BR>Date: Mon, 22 May 2006 12:22:29 -0700 (PDT)<BR>

Subject: [gmx-users] request<BR><BR>

<DIV>&nbsp;hello </DIV>

<DIV>I have a topology file for propanol&nbsp; as is in below , how we can 

obtain topology file for 100 molecule of propanol</DIV>

<DIV>thanks</DIV>

<DIV>&nbsp;</DIV>

<DIV>&nbsp;</DIV>

<DIV>;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <BR>

;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <BR>

;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; This file was generated by PRODRG 

version 051202.0518<BR>;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; PRODRG 

written/copyrighted by Daan van Aalten<BR>

;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <BR>

;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Questions/comments to <A 

href="/WorldClient.dll?Session=BJOVUBT&amp;View=Compose&amp;To=dava@davapc1.bioch.dundee.ac.uk&amp;New=Yes">

dava@davapc1.bioch.dundee.ac.uk</A><BR>;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

<BR>;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; When using this software in a 

publication, cite:<BR>;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; A. W. 

Schuettelkopf and D. M. F. van Aalten (2004).<BR>

;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; PRODRG - a tool for high-throughput 

crystallography<BR>;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; of protein-ligand 

complexes.<BR>;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Acta Crystallogr. D60, 

1355--1363.<BR>;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <BR>

;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </DIV>

<DIV>[ moleculetype ]<BR>; Name nrexcl<BR>DRG&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

3</DIV>

<DIV>[ atoms ]<BR>;&nbsp;&nbsp; nr&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; type&nbsp; 

resnr resid&nbsp; atom&nbsp; cgnr&nbsp;&nbsp; charge&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

mass<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

CH3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; DRG&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

CAD&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.014&nbsp; 

15.0350&nbsp;&nbsp; <BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CH2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; 

DRG&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CAA&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

0.037&nbsp; 14.0270&nbsp;&nbsp; <BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CH2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; 

DRG&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CAB&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

0.037&nbsp; 14.0270&nbsp;&nbsp; <BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; OA&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

1&nbsp; DRG&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; OAC&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

1&nbsp;&nbsp; -0.116&nbsp; 15.9994&nbsp;&nbsp; <BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; HO&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

1&nbsp; DRG&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; HAA&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.028&nbsp;&nbsp; 1.0080&nbsp;&nbsp; </DIV>

<DIV>[ bonds ]<BR>; ai&nbsp; aj&nbsp; fu&nbsp;&nbsp;&nbsp; c0, c1, ...<BR>

&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

0.153&nbsp;&nbsp;&nbsp; 334720.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.153&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

334720.0 ;&nbsp;&nbsp; CAD&nbsp; CAA&nbsp;&nbsp; <BR>&nbsp;&nbsp; 

2&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.153&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

334720.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.153&nbsp;&nbsp;&nbsp; 334720.0 ;&nbsp;&nbsp; 

CAA&nbsp; CAB&nbsp;&nbsp; <BR>&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp; 

1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.143&nbsp;&nbsp;&nbsp; 334720.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

0.143&nbsp;&nbsp;&nbsp; 334720.0 ;&nbsp;&nbsp; CAB&nbsp; OAC&nbsp;&nbsp; <BR>

&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

0.100&nbsp;&nbsp;&nbsp; 313800.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.100&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

313800.0 ;&nbsp;&nbsp; OAC&nbsp; HAA&nbsp;&nbsp; </DIV>

<DIV>[ pairs ]<BR>; ai&nbsp; aj&nbsp; fu&nbsp;&nbsp;&nbsp; c0, c1, ...<BR>

&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp; 

1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

;&nbsp;&nbsp; CAD&nbsp; OAC&nbsp;&nbsp; <BR>&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp; 

5&nbsp;&nbsp; 

1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

;&nbsp;&nbsp; CAA&nbsp; HAA&nbsp;&nbsp; </DIV>

<DIV>[ angles ]<BR>; ai&nbsp; aj&nbsp; ak&nbsp; fu&nbsp;&nbsp;&nbsp; c0, c1, 

...<BR>&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp; 

1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 111.0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

460.2&nbsp;&nbsp;&nbsp; 111.0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 460.2 

;&nbsp;&nbsp; CAD&nbsp; CAA&nbsp; CAB&nbsp;&nbsp; <BR>&nbsp;&nbsp; 

2&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

109.5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 460.2&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

109.5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 460.2 ;&nbsp;&nbsp; CAA&nbsp; 

CAB&nbsp; OAC&nbsp;&nbsp; <BR>&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp; 

5&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 109.5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

397.5&nbsp;&nbsp;&nbsp; 109.5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 397.5 

;&nbsp;&nbsp; CAB&nbsp; OAC&nbsp; HAA&nbsp;&nbsp; </DIV>

<DIV>[ dihedrals ]<BR>; ai&nbsp; aj&nbsp; ak&nbsp; al&nbsp; 

fu&nbsp;&nbsp;&nbsp; c0, c1, m, ...<BR>&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp; 

3&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

0.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5.9 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

0.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5.9 3 ; dih&nbsp;&nbsp; OAC&nbsp; CAB&nbsp; CAA&nbsp; 

CAD&nbsp;&nbsp; <BR>&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp; 

5&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.3 

3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.3 3 ; 

dih&nbsp;&nbsp; CAA&nbsp; CAB&nbsp; OAC&nbsp; HAA&nbsp;&nbsp; </DIV>

<DIV>&nbsp;</DIV>

<DIV>

<HR SIZE=1>

Yahoo! Messenger with Voice. <A 

href="http://us.rd.yahoo.com/mail_us/taglines/postman1/*http://us.rd.yahoo.com/evt=39663/*http://voice.yahoo.com" 

target=_blank>Make PC-to-Phone Calls</A> to the US (and 30+ countries) for 

2?/min or less. </DIV></BLOCKQUOTE>

</BODY></HTML>