Hi Karamyog,<br><br>You fail to mention what type of simulation (EM? MD?) and how long you're trying to simulation (ps? ns? mus?). 8 hrs doesn't sound very long to me if it's for a production run. I usually count months. But then again, your system is in fact small to my standards ;)
<br><br>Cheers,<br><br>Tsjerk<br><br><div><span class="gmail_quote">On 5/26/06, <b class="gmail_sendername">karamyog singh</b> &lt;<a href="mailto:karamyog.singh@gmail.com">karamyog.singh@gmail.com</a>&gt; wrote:</span><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
<div>Dear gromaxers, I havea system of 6500 atoms. Gromacs shows that the
simulation will take 8 hrs to complete the simulation. Is my system
that large? The system is 15x15x15 units cells of Fe. so the the total
box size is 4.305. I have tken cu-offs for LJ as 1.55. There is only LJ
interaction. rslist is 1.55 too.<br>
-<br></div><div><span class="sg">
karamyog<br>

</span></div><br>_______________________________________________<br>gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)" href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br><a onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)" href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">
http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>www interface or send it to <a onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)" href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">
gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>Can't post? Read <a onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)" href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php
</a><br><br></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br><br>Tsjerk A. Wassenaar, M.Sc.<br>Groningen Biomolecular Sciences and Biotechnology Institute (GBB)<br>Dept. of Biophysical Chemistry<br>University of Groningen
<br>Nijenborgh 4<br>9747AG Groningen, The Netherlands<br>+31 50 363 4336<br>