<DIV class=MsoNormal dir=rtl style="MARGIN: 0in 0in 0pt; DIRECTION: rtl; unicode-bidi: embed; TEXT-ALIGN: left" align=right><SPAN dir=ltr><FONT face="Times New Roman" size=3>Dear all,</FONT></SPAN></DIV>  <DIV class=MsoNormal dir=rtl style="MARGIN: 0in 0in 0pt; DIRECTION: rtl; unicode-bidi: embed; TEXT-ALIGN: left" align=right><SPAN dir=ltr><FONT face="Times New Roman" size=3>&nbsp;I tried to run the tutorial examples. Although, for one of them (speptide) the process was implemented successfully, but, for the other examples (water, methanol and mixed) surprisingly&nbsp;I got the following error when&nbsp;I tried to execute grompp –v command:</FONT></SPAN></DIV>  <DIV class=MsoNormal dir=rtl style="MARGIN: 0in 0in 0pt; DIRECTION: rtl; unicode-bidi: embed; TEXT-ALIGN: left; mso-layout-grid-align: none" align=right><SPAN lang=FA style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: 'Courier New'; mso-bidi-language: FA"><?xml:namespace prefix = o ns = "urn:schemas-microsoft-com:office:office"
 /><o:p>&nbsp;-------------------------------------------------------------</o:p></SPAN></DIV>  <DIV class=MsoNormal dir=rtl style="MARGIN: 0in 0in 0pt; DIRECTION: rtl; unicode-bidi: embed; TEXT-ALIGN: left; mso-layout-grid-align: none" align=right><SPAN dir=ltr style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: 'Courier New'; mso-bidi-language: FA">creating statusfile for 1 node</SPAN><SPAN dir=rtl></SPAN><SPAN dir=rtl></SPAN><SPAN lang=FA style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: 'Courier New'; mso-bidi-language: FA"><SPAN dir=rtl></SPAN><SPAN dir=rtl></SPAN>...<o:p></o:p></SPAN></DIV>  <DIV class=MsoNormal dir=rtl style="MARGIN: 0in 0in 0pt; DIRECTION: rtl; unicode-bidi: embed; TEXT-ALIGN: left; mso-layout-grid-align: none" align=right><SPAN lang=FA style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: 'Courier New'; mso-bidi-language: FA"><o:p>&nbsp;</o:p></SPAN></DIV>  <DIV class=MsoNormal dir=rtl style="MARGIN: 0in 0in 0pt; DIRECTION: rtl; unicode-bidi: embed; TEXT-ALIGN: left; mso-layout-grid-align:
 none" align=right><SPAN dir=ltr style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: 'Courier New'; mso-bidi-language: FA">Back Off! I just backed up mdout.mdp to ./#mdout.mdp.2</SPAN><SPAN dir=rtl></SPAN><SPAN dir=rtl></SPAN><SPAN lang=FA style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: 'Courier New'; mso-bidi-language: FA"><SPAN dir=rtl></SPAN><SPAN dir=rtl></SPAN>#<o:p></o:p></SPAN></DIV>  <DIV class=MsoNormal dir=rtl style="MARGIN: 0in 0in 0pt; DIRECTION: rtl; unicode-bidi: embed; TEXT-ALIGN: left; mso-layout-grid-align: none" align=right><SPAN dir=ltr style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: 'Courier New'; mso-bidi-language: FA">WARNING 1 [file grompp.mdp, line unknown</SPAN><SPAN dir=rtl></SPAN><SPAN dir=rtl></SPAN><SPAN lang=FA style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: 'Courier New'; mso-bidi-language: FA"><SPAN dir=rtl></SPAN><SPAN dir=rtl></SPAN>]:<o:p></o:p></SPAN></DIV>  <DIV class=MsoNormal dir=rtl style="MARGIN: 0in 0in 0pt; DIRECTION: rtl; unicode-bidi: embed; TEXT-ALIGN: left;
 mso-layout-grid-align: none" align=right><SPAN dir=ltr style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: 'Courier New'; mso-bidi-language: FA">Unknown left-hand init_step in parameter file</SPAN><SPAN lang=FA style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: 'Courier New'; mso-bidi-language: FA"><o:p></o:p></SPAN></DIV>  <DIV class=MsoNormal dir=rtl style="MARGIN: 0in 0in 0pt; DIRECTION: rtl; unicode-bidi: embed; TEXT-ALIGN: left; mso-layout-grid-align: none" align=right><SPAN lang=FA style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: 'Courier New'; mso-bidi-language: FA"><o:p>&nbsp;</o:p></SPAN></DIV>  <DIV class=MsoNormal dir=rtl style="MARGIN: 0in 0in 0pt; DIRECTION: rtl; unicode-bidi: embed; TEXT-ALIGN: left; mso-layout-grid-align: none" align=right><SPAN dir=ltr style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: 'Courier New'; mso-bidi-language: FA">WARNING 2 [file grompp.mdp, line unknown</SPAN><SPAN dir=rtl></SPAN><SPAN dir=rtl></SPAN><SPAN lang=FA style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: 'Courier New'; mso-bidi-language:
 FA"><SPAN dir=rtl></SPAN><SPAN dir=rtl></SPAN>]:<o:p></o:p></SPAN></DIV>  <DIV class=MsoNormal dir=rtl style="MARGIN: 0in 0in 0pt; DIRECTION: rtl; unicode-bidi: embed; TEXT-ALIGN: left; mso-layout-grid-align: none" align=right><SPAN dir=ltr style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: 'Courier New'; mso-bidi-language: FA">Unknown left-hand nbfgscorr in parameter file</SPAN><SPAN lang=FA style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: 'Courier New'; mso-bidi-language: FA"><o:p></o:p></SPAN></DIV>  <DIV class=MsoNormal dir=rtl style="MARGIN: 0in 0in 0pt; DIRECTION: rtl; unicode-bidi: embed; TEXT-ALIGN: left; mso-layout-grid-align: none" align=right><SPAN lang=FA style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: 'Courier New'; mso-bidi-language: FA"><o:p>&nbsp;</o:p></SPAN></DIV>  <DIV class=MsoNormal dir=rtl style="MARGIN: 0in 0in 0pt; DIRECTION: rtl; unicode-bidi: embed; TEXT-ALIGN: left; mso-layout-grid-align: none" align=right><SPAN dir=ltr style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: 'Courier New';
 mso-bidi-language: FA">WARNING 3 [file grompp.mdp, line unknown</SPAN><SPAN dir=rtl></SPAN><SPAN dir=rtl></SPAN><SPAN lang=FA style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: 'Courier New'; mso-bidi-language: FA"><SPAN dir=rtl></SPAN><SPAN dir=rtl></SPAN>]:<o:p></o:p></SPAN></DIV>  <DIV class=MsoNormal dir=rtl style="MARGIN: 0in 0in 0pt; DIRECTION: rtl; unicode-bidi: embed; TEXT-ALIGN: left; mso-layout-grid-align: none" align=right><SPAN dir=ltr style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: 'Courier New'; mso-bidi-language: FA">Unknown left-hand nstcheckpoint in parameter file</SPAN><SPAN lang=FA style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: 'Courier New'; mso-bidi-language: FA"><o:p></o:p></SPAN></DIV>  <DIV class=MsoNormal dir=rtl style="MARGIN: 0in 0in 0pt; DIRECTION: rtl; unicode-bidi: embed; TEXT-ALIGN: left; mso-layout-grid-align: none" align=right><SPAN lang=FA style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: 'Courier New'; mso-bidi-language: FA"><o:p>&nbsp;</o:p></SPAN></DIV>  <DIV class=MsoNormal dir=rtl
 style="MARGIN: 0in 0in 0pt; DIRECTION: rtl; unicode-bidi: embed; TEXT-ALIGN: left; mso-layout-grid-align: none" align=right><SPAN dir=ltr style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: 'Courier New'; mso-bidi-language: FA">WARNING 4 [file grompp.mdp, line unknown</SPAN><SPAN dir=rtl></SPAN><SPAN dir=rtl></SPAN><SPAN lang=FA style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: 'Courier New'; mso-bidi-language: FA"><SPAN dir=rtl></SPAN><SPAN dir=rtl></SPAN>]:<o:p></o:p></SPAN></DIV>  <DIV class=MsoNormal dir=rtl style="MARGIN: 0in 0in 0pt; DIRECTION: rtl; unicode-bidi: embed; TEXT-ALIGN: left; mso-layout-grid-align: none" align=right><SPAN dir=ltr style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: 'Courier New'; mso-bidi-language: FA">Unknown left-hand table-extension in parameter file</SPAN><SPAN lang=FA style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: 'Courier New'; mso-bidi-language: FA"><o:p></o:p></SPAN></DIV>  <DIV class=MsoNormal dir=rtl style="MARGIN: 0in 0in 0pt; DIRECTION: rtl; unicode-bidi: embed; TEXT-ALIGN: left;
 mso-layout-grid-align: none" align=right><SPAN lang=FA style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: 'Courier New'; mso-bidi-language: FA"><o:p>&nbsp;</o:p></SPAN></DIV>  <DIV class=MsoNormal dir=rtl style="MARGIN: 0in 0in 0pt; DIRECTION: rtl; unicode-bidi: embed; TEXT-ALIGN: left; mso-layout-grid-align: none" align=right><SPAN dir=ltr style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: 'Courier New'; mso-bidi-language: FA">WARNING 5 [file grompp.mdp, line unknown</SPAN><SPAN dir=rtl></SPAN><SPAN dir=rtl></SPAN><SPAN lang=FA style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: 'Courier New'; mso-bidi-language: FA"><SPAN dir=rtl></SPAN><SPAN dir=rtl></SPAN>]:<o:p></o:p></SPAN></DIV>  <DIV class=MsoNormal dir=rtl style="MARGIN: 0in 0in 0pt; DIRECTION: rtl; unicode-bidi: embed; TEXT-ALIGN: left; mso-layout-grid-align: none" align=right><SPAN dir=ltr style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: 'Courier New'; mso-bidi-language: FA">Unknown left-hand gb_algorithm in parameter file</SPAN><SPAN lang=FA style="FONT-SIZE: 10pt;
 FONT-FAMILY: 'Courier New'; mso-bidi-language: FA"><o:p></o:p></SPAN></DIV>  <DIV class=MsoNormal dir=rtl style="MARGIN: 0in 0in 0pt; DIRECTION: rtl; unicode-bidi: embed; TEXT-ALIGN: left; mso-layout-grid-align: none" align=right><SPAN lang=FA style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: 'Courier New'; mso-bidi-language: FA"><o:p>&nbsp;</o:p></SPAN></DIV>  <DIV class=MsoNormal dir=rtl style="MARGIN: 0in 0in 0pt; DIRECTION: rtl; unicode-bidi: embed; TEXT-ALIGN: left; mso-layout-grid-align: none" align=right><SPAN dir=ltr style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: 'Courier New'; mso-bidi-language: FA">WARNING 6 [file grompp.mdp, line unknown</SPAN><SPAN dir=rtl></SPAN><SPAN dir=rtl></SPAN><SPAN lang=FA style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: 'Courier New'; mso-bidi-language: FA"><SPAN dir=rtl></SPAN><SPAN dir=rtl></SPAN>]:<o:p></o:p></SPAN></DIV>  <DIV class=MsoNormal dir=rtl style="MARGIN: 0in 0in 0pt; DIRECTION: rtl; unicode-bidi: embed; TEXT-ALIGN: left; mso-layout-grid-align: none"
 align=right><SPAN dir=ltr style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: 'Courier New'; mso-bidi-language: FA">Unknown left-hand nstgbradii in parameter file</SPAN><SPAN lang=FA style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: 'Courier New'; mso-bidi-language: FA"><o:p></o:p></SPAN></DIV>  <DIV class=MsoNormal dir=rtl style="MARGIN: 0in 0in 0pt; DIRECTION: rtl; unicode-bidi: embed; TEXT-ALIGN: left; mso-layout-grid-align: none" align=right><SPAN lang=FA style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: 'Courier New'; mso-bidi-language: FA"><o:p>&nbsp;</o:p></SPAN></DIV>  <DIV class=MsoNormal dir=rtl style="MARGIN: 0in 0in 0pt; DIRECTION: rtl; unicode-bidi: embed; TEXT-ALIGN: left; mso-layout-grid-align: none" align=right><SPAN dir=ltr style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: 'Courier New'; mso-bidi-language: FA">WARNING 7 [file grompp.mdp, line unknown</SPAN><SPAN dir=rtl></SPAN><SPAN dir=rtl></SPAN><SPAN lang=FA style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: 'Courier New'; mso-bidi-language: FA"><SPAN
 dir=rtl></SPAN><SPAN dir=rtl></SPAN>]:<o:p></o:p></SPAN></DIV>  <DIV class=MsoNormal dir=rtl style="MARGIN: 0in 0in 0pt; DIRECTION: rtl; unicode-bidi: embed; TEXT-ALIGN: left; mso-layout-grid-align: none" align=right><SPAN dir=ltr style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: 'Courier New'; mso-bidi-language: FA">Unknown left-hand rgbradii in parameter file</SPAN><SPAN lang=FA style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: 'Courier New'; mso-bidi-language: FA"><o:p></o:p></SPAN></DIV>  <DIV class=MsoNormal dir=rtl style="MARGIN: 0in 0in 0pt; DIRECTION: rtl; unicode-bidi: embed; TEXT-ALIGN: left; mso-layout-grid-align: none" align=right><SPAN lang=FA style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: 'Courier New'; mso-bidi-language: FA"><o:p>&nbsp;</o:p></SPAN></DIV>  <DIV class=MsoNormal dir=rtl style="MARGIN: 0in 0in 0pt; DIRECTION: rtl; unicode-bidi: embed; TEXT-ALIGN: left; mso-layout-grid-align: none" align=right><SPAN dir=ltr style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: 'Courier New'; mso-bidi-language:
 FA">WARNING 8 [file grompp.mdp, line unknown</SPAN><SPAN dir=rtl></SPAN><SPAN dir=rtl></SPAN><SPAN lang=FA style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: 'Courier New'; mso-bidi-language: FA"><SPAN dir=rtl></SPAN><SPAN dir=rtl></SPAN>]:<o:p></o:p></SPAN></DIV>  <DIV class=MsoNormal dir=rtl style="MARGIN: 0in 0in 0pt; DIRECTION: rtl; unicode-bidi: embed; TEXT-ALIGN: left; mso-layout-grid-align: none" align=right><SPAN dir=ltr style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: 'Courier New'; mso-bidi-language: FA">Unknown left-hand gb_saltconc in parameter file</SPAN><SPAN lang=FA style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: 'Courier New'; mso-bidi-language: FA"><o:p></o:p></SPAN></DIV>  <DIV class=MsoNormal dir=rtl style="MARGIN: 0in 0in 0pt; DIRECTION: rtl; unicode-bidi: embed; TEXT-ALIGN: left; mso-layout-grid-align: none" align=right><SPAN lang=FA style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: 'Courier New'; mso-bidi-language: FA"><o:p>&nbsp;</o:p></SPAN></DIV>  <DIV class=MsoNormal dir=rtl style="MARGIN: 0in
 0in 0pt; DIRECTION: rtl; unicode-bidi: embed; TEXT-ALIGN: left; mso-layout-grid-align: none" align=right><SPAN dir=ltr style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: 'Courier New'; mso-bidi-language: FA">WARNING 9 [file grompp.mdp, line unknown</SPAN><SPAN dir=rtl></SPAN><SPAN dir=rtl></SPAN><SPAN lang=FA style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: 'Courier New'; mso-bidi-language: FA"><SPAN dir=rtl></SPAN><SPAN dir=rtl></SPAN>]:<o:p></o:p></SPAN></DIV>  <DIV class=MsoNormal dir=rtl style="MARGIN: 0in 0in 0pt; DIRECTION: rtl; unicode-bidi: embed; TEXT-ALIGN: left; mso-layout-grid-align: none" align=right><SPAN dir=ltr style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: 'Courier New'; mso-bidi-language: FA">Unknown left-hand implicit_solvent in parameter file</SPAN><SPAN lang=FA style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: 'Courier New'; mso-bidi-language: FA"><o:p></o:p></SPAN></DIV>  <DIV class=MsoNormal dir=rtl style="MARGIN: 0in 0in 0pt; DIRECTION: rtl; unicode-bidi: embed; TEXT-ALIGN: left;
 mso-layout-grid-align: none" align=right><SPAN lang=FA style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: 'Courier New'; mso-bidi-language: FA"><o:p>&nbsp;</o:p></SPAN></DIV>  <DIV class=MsoNormal dir=rtl style="MARGIN: 0in 0in 0pt; DIRECTION: rtl; unicode-bidi: embed; TEXT-ALIGN: left; mso-layout-grid-align: none" align=right><SPAN dir=ltr style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: 'Courier New'; mso-bidi-language: FA">WARNING 10 [file grompp.mdp, line unknown</SPAN><SPAN dir=rtl></SPAN><SPAN dir=rtl></SPAN><SPAN lang=FA style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: 'Courier New'; mso-bidi-language: FA"><SPAN dir=rtl></SPAN><SPAN dir=rtl></SPAN>]:<o:p></o:p></SPAN></DIV>  <DIV class=MsoNormal dir=rtl style="MARGIN: 0in 0in 0pt; DIRECTION: rtl; unicode-bidi: embed; TEXT-ALIGN: left; mso-layout-grid-align: none" align=right><SPAN dir=ltr style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: 'Courier New'; mso-bidi-language: FA">Unknown left-hand andersen_seed in parameter file</SPAN><SPAN lang=FA style="FONT-SIZE:
 10pt; FONT-FAMILY: 'Courier New'; mso-bidi-language: FA"><o:p></o:p></SPAN></DIV>  <DIV class=MsoNormal dir=rtl style="MARGIN: 0in 0in 0pt; DIRECTION: rtl; unicode-bidi: embed; TEXT-ALIGN: left; mso-layout-grid-align: none" align=right><SPAN lang=FA style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: 'Courier New'; mso-bidi-language: FA"><o:p>&nbsp;</o:p></SPAN></DIV>  <DIV class=MsoNormal dir=rtl style="MARGIN: 0in 0in 0pt; DIRECTION: rtl; unicode-bidi: embed; TEXT-ALIGN: left; mso-layout-grid-align: none" align=right><SPAN dir=ltr style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: 'Courier New'; mso-bidi-language: FA">Fatal error: Too many warnings, grompp terminated<o:p></o:p></SPAN></DIV>  <DIV class=MsoNormal dir=rtl style="MARGIN: 0in 0in 0pt; DIRECTION: rtl; unicode-bidi: embed; TEXT-ALIGN: left; mso-layout-grid-align: none" align=right><SPAN dir=ltr style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: 'Courier New'; mso-bidi-language:
 FA"><o:p>&nbsp;-------------------------------------------------------------</o:p></SPAN></DIV>  <DIV class=MsoNormal dir=rtl style="MARGIN: 0in 0in 0pt; DIRECTION: rtl; unicode-bidi: embed; TEXT-ALIGN: left; mso-layout-grid-align: none" align=right><SPAN dir=ltr style="mso-bidi-language: FA"><FONT size=3><FONT face="Times New Roman">Can you help me about&nbsp; this error?</FONT></FONT></SPAN></DIV>  <DIV class=MsoNormal dir=rtl style="MARGIN: 0in 0in 0pt; DIRECTION: rtl; unicode-bidi: embed; TEXT-ALIGN: left; mso-layout-grid-align: none" align=right><SPAN dir=ltr style="mso-bidi-language: FA"><FONT size=3><FONT face="Times New Roman">I appreciate all of your notification and instructions. <o:p></o:p></FONT></FONT></SPAN></DIV>  <DIV class=MsoNormal dir=rtl style="MARGIN: 0in 0in 0pt; DIRECTION: rtl; unicode-bidi: embed; TEXT-ALIGN: left; mso-layout-grid-align: none" align=right><SPAN dir=ltr style="mso-bidi-language: FA"><o:p><FONT face="Times New Roman"
 size=3></FONT></o:p></SPAN>&nbsp;</DIV>  <DIV class=MsoNormal dir=rtl style="MARGIN: 0in 0in 0pt; DIRECTION: rtl; unicode-bidi: embed; TEXT-ALIGN: left; mso-layout-grid-align: none" align=right><SPAN dir=ltr style="mso-bidi-language: FA"><o:p><FONT face="Times New Roman" size=3>Best Regards;</FONT></o:p></SPAN></DIV>  <DIV class=MsoNormal dir=rtl style="MARGIN: 0in 0in 0pt; DIRECTION: rtl; unicode-bidi: embed; TEXT-ALIGN: left; mso-layout-grid-align: none" align=right><SPAN dir=ltr style="mso-bidi-language: FA"><o:p><FONT face="Times New Roman" size=3>Sina</FONT>&nbsp;</o:p></SPAN></DIV><p>
                <hr size=1>Do you Yahoo!?<br> Everyone is raving about the <a href="http://us.rd.yahoo.com/evt=40791/*http://advision.webevents.yahoo.com/handraisers"> all-new Yahoo! Mail Beta.</a>