Hi David.<br>
<br>
First, thanks for your time. ;)<br>
<br>
Unfortunatelly, it seems that the simple flag it is not quite enough still... :(<br>
<br>
If it was not a well known fact that intel compiler yelds you some
extra performance for gromacs, and if I would not want to try to make
QM/MM of gromacs+cpmd (and, in this case, I DO prefer to not mix
compilers), I would have gave up this compiler already. :(<br>
<br>
Well, here is what I got: I tried to put the suggested &quot;CFLAGS&quot; as an
option in the &quot;make&quot; line, and that didn't work. So I set the CFLAGS by
hand before the make. Since tht was not enough too, I did the
compilations by hand, one compilation line after the other. Here we go
(before anybody asks: it failed at the exact same point...&nbsp;
:(&nbsp; ):<br>
*********************************************************************************************************************<br>
CruNumMac# rm *.o<br>
CruNumMac# rm mknb<br>
CruNumMac# /usr/local/intel/bin/icc -DHAVE_CONFIG_H -I. -I. -I../../../../src -g -c -o mknb.o mknb.c<br>
CruNumMac# /usr/local/intel/bin/icc -DHAVE_CONFIG_H -I. -I. -I../../../../src -g -c -o mknb_metacode.o mknb_metacode.c<br>
CruNumMac# /usr/local/intel/bin/icc -DHAVE_CONFIG_H -I. -I. -I../../../../src -g -c -o mknb_common.o mknb_common.c<br>
CruNumMac# /usr/local/intel/bin/icc -DHAVE_CONFIG_H -I. -I. -I../../../../src -g -c -o mknb_declarations.o mknb_declarations.c<br>
CruNumMac# /usr/local/intel/bin/icc -DHAVE_CONFIG_H -I. -I. -I../../../../src -g -c -o mknb_outerloop.o mknb_outerloop.c<br>
CruNumMac# /usr/local/intel/bin/icc -DHAVE_CONFIG_H -I. -I. -I../../../../src -g -c -o mknb_innerloop.o mknb_innerloop.c<br>
mknb_innerloop.c(362): warning #188: enumerated type mixed with another type<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
mknb_func.coul=coulsave;<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
^<br>
<br>
mknb_innerloop.c(363): warning #188: enumerated type mixed with another type<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
mknb_func.vdw=vdwsave;<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
^<br>
<br>
CruNumMac# /usr/local/intel/bin/icc -DHAVE_CONFIG_H -I. -I. -I../../../../src -g -c -o mknb_interactions.o mknb_interactions.c<br>
CruNumMac# /usr/local/intel/bin/icc -DHAVE_CONFIG_H -I. -I.
-I../../../../src -g -o mknb mknb.o mknb_metacode.o mknb_common.o
mknb_declarations.o mknb_outerloop.o mknb_innerloop.o
mknb_interactions.o<br>
CruNumMac# rm -f kernel-stamp<br>
CruNumMac# ./mknb&nbsp;&nbsp; -software_invsqrt<br>
&gt;&gt;&gt; Gromacs nonbonded kernel generator (-h for help)<br>
&gt;&gt;&gt; Generating single precision functions in C.<br>
&gt;&gt;&gt; Using Gromacs software version of 1/sqrt(x).<br>
Falha de segmentação<br>
****************************************************************************************************************<br>
<br>
Unfortunately, it means that I'm back to the beggining. I've also tried
the &quot;-debug extended&quot; option instead of &quot;-g&quot;, and that yelded exactly
same results... :( Any suggestion at this point?<br>
<br>
Thanks a lot in advance.<br>
<br>
Jones<br><br><div><span class="gmail_quote">On 5/31/06, <b class="gmail_sendername">David van der Spoel</b> &lt;<a href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se">spoel@xray.bmc.uu.se</a>&gt; wrote:</span><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
&gt; The error I get is still the following:<br>&gt; ******************************************************************************<br>&gt; ./mknb&nbsp;&nbsp; -software_invsqrt<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&gt;&gt;&gt; Gromacs nonbonded kernel generator (-h for help)
<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&gt;&gt;&gt; Generating single precision functions in C.<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&gt;&gt;&gt; Using Gromacs software version of 1/sqrt(x).<br>&gt; make[5]: *** [kernel-stamp] Falha de segmentação<br>&gt; make[5]: Leaving directory
<br>&gt; `/home/johannes/src/gromacs/gromacs-3.3/src/gmxlib/nonbonded/nb_kernel'<br>&gt; make[4]: ** [all-recursive] Erro 1<br>&gt; *****************************************************************************<br><br>your problem here is that the mknb program crashes with a SEGV, which is
<br>weird. You could try<br>make CFLAGS=-g mknb<br>./mknb -software_invsqrt<br>make install<br><br>Obviously if mknb crashed due to compiler bugs then you might not want<br>to use that compiler anyway, but if there is a real problem in the
<br>program you will be able to debug it.<br><br>--<br>David.<br>________________________________________________________________________<br>David van der Spoel, PhD, Assoc. Prof., Molecular Biophysics group,<br>Dept. of Cell and Molecular Biology, Uppsala University.
<br>Husargatan 3, Box 596,&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;75124 Uppsala, Sweden<br>phone:&nbsp;&nbsp;46 18 471 4205&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;fax: 46 18 511 755<br><a href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se">spoel@xray.bmc.uu.se</a>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<a href="mailto:spoel@gromacs.org">spoel@gromacs.org
</a>&nbsp;&nbsp; <a href="http://folding.bmc.uu.se">http://folding.bmc.uu.se</a><br>++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++<br>
</blockquote></div><br>