Dear all,<br>
<br>
I am running the simulated annealing for a protein solvented in a water box,<br>
but I get such LINCS WARNING as &quot;max 2022834176.000000 (between atoms 5655 and 5658) rms 81089176.000000&quot;<br>
Why? Does it mean that my system is exploring? <br>
<br>
The following is my mdp file and some of the LINCS WARNING message:<br>
<br>
dt&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
= 0.001<br>
; SIMULATED ANNEALING<br>
annealing&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = single<br>
annealing_npoints&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 3<br>
annealing_time&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0 50 800<br>
annealing_temp&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0 350 0<br>
<br>
gen_vel&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = no<br>
gen_temp&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<br>
gen_seed&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 173529<br>
constraints&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = all-bonds<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
<br>
constraint_algorithm&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = lincs<br>
lincs_order&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 4<br>
lincs_iter&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 2<br>
<br>
<br>
Step 263643, time 263.643 (ps)&nbsp; LINCS WARNING<br>
relative constraint deviation after LINCS:<br>
max 2022834176.000000 (between atoms 5655 and 5658) rms 81089176.000000<br>
bonds that rotated more than 30 degrees:<br>
&nbsp;atom 1 atom 2&nbsp; angle&nbsp; previous, current, constraint length<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; 190&nbsp;&nbsp;&nbsp; 192&nbsp;&nbsp;
32.5&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1336&nbsp;&nbsp;
0.1773&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1335<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; 192&nbsp;&nbsp;&nbsp; 193&nbsp;&nbsp;
47.2&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1011&nbsp;&nbsp;
0.1537&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1010<br>
.......<br>
&nbsp;&nbsp; 5643&nbsp;&nbsp; 5646&nbsp; 151.3&nbsp; 2714.9613 68555.9304&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1529<br>
&nbsp;&nbsp; 5646&nbsp;&nbsp; 5647&nbsp;&nbsp; 65.9&nbsp; 1894.6184 216204.0509&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1090<br>
&nbsp;&nbsp; 5646&nbsp;&nbsp; 5648&nbsp;&nbsp; 69.8&nbsp; 1818.5108 212516.4615&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1090<br>
&nbsp;&nbsp; 5649&nbsp;&nbsp; 5650&nbsp; 173.5&nbsp; 447425.3856 22302675.1767&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1229<br>
&nbsp;&nbsp; 5649&nbsp;&nbsp; 5651&nbsp; 156.8&nbsp; 1680664.1544 50630117.0698&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1335<br>
&nbsp;&nbsp; 5651&nbsp;&nbsp; 5652&nbsp; 146.9&nbsp; 1789339.4529 46335793.8246&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1010<br>
&nbsp;&nbsp; 5651&nbsp;&nbsp; 5653&nbsp; 174.1&nbsp; 5949343.3105 149770966.9350&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1449<br>
&nbsp;&nbsp; 5653&nbsp;&nbsp; 5654&nbsp; 171.6&nbsp; 7324940.0095 183521837.1456&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1090<br>
&nbsp;&nbsp; 5653&nbsp;&nbsp; 5655&nbsp; 177.6&nbsp; 16072804.7240 243272781.1728&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1529<br>
&nbsp;&nbsp; 5653&nbsp;&nbsp; 5669&nbsp; 178.4&nbsp; 5469409.9743 152675417.1142&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1522<br>
&nbsp;&nbsp; 5655&nbsp;&nbsp; 5656&nbsp; 177.8&nbsp; 18428095.3131 204639707.3293&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1090<br>
&nbsp;&nbsp; 5655&nbsp;&nbsp; 5657&nbsp; 176.6&nbsp; 18485738.1080 204477063.8333&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1090<br>
&nbsp;&nbsp; 5655&nbsp;&nbsp; 5658&nbsp; 179.1&nbsp; 30390583.4845 305447945.4836&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1510<br>
&nbsp;&nbsp; 5658&nbsp;&nbsp; 5659&nbsp; 179.2&nbsp; 30123192.5220 273034063.5045&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1400<br>
&nbsp;&nbsp; 5658&nbsp;&nbsp; 5661&nbsp; 178.6&nbsp; 29490165.1653 271759183.7457&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1400<br>
&nbsp;&nbsp; 5659&nbsp;&nbsp; 5660&nbsp; 176.4&nbsp; 17471940.7463 154679010.3056&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1080<br>
&nbsp;&nbsp; 5659&nbsp;&nbsp; 5663&nbsp; 178.5&nbsp; 16208110.3050 148729415.1683&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1400<br>
&nbsp;&nbsp; 5661&nbsp;&nbsp; 5662&nbsp; 177.2&nbsp; 16669061.9731 152805630.9454&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1080<br>
&nbsp;&nbsp; 5661&nbsp;&nbsp; 5665&nbsp; 177.7&nbsp; 14573623.8544 146053907.4077&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1400<br>
&nbsp;&nbsp; 5663&nbsp;&nbsp; 5664&nbsp; 177.0&nbsp; 9332011.5148 90334896.9046&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1080<br>
&nbsp;&nbsp; 5663&nbsp;&nbsp; 5667&nbsp; 176.5&nbsp; 9190421.7390 97130164.6485&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1400<br>
&nbsp;&nbsp; 5665&nbsp;&nbsp; 5666&nbsp; 175.0&nbsp; 8010325.5108 87779001.5722&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1080<br>
......<br>