You should remove water atoms from topology file<BR><BR><B><I>Arneh Babakhani &lt;ababakha@mccammon.ucsd.edu&gt;</I></B> wrote:  <BLOCKQUOTE class=replbq style="PADDING-LEFT: 5px; MARGIN-LEFT: 5px; BORDER-LEFT: #1010ff 2px solid">Hi All, thanks for the replies. I figured out the problem. I had <BR>fragmented water molecules in my initial structure. After deleting <BR>those fragments, the warning went away. Thanks!<BR><BR>Diana Rodriguez Ortiz wrote:<BR>&gt; check that the atom names match in your pdb and topology and that they match to the parameters files an atom <BR>&gt; definition files (.rtp)<BR>&gt;<BR>&gt;<BR>&gt; Arneh Babakhani <ABABAKHA@MCCAMMON.UCSD.EDU>wrote: <BR>&gt; *Hello, I'm getting the following warning when running grompp:*<BR>&gt;<BR>&gt; processing coordinates...<BR>&gt; Warning: atom names in ../BuildInitialStructure/NoBadWater.top and <BR>&gt; ../BuildInitialStructure/NoBadWater.gro don't match (HW2 - OW)<BR>&gt; Warning: atom names in
 ../BuildInitialStructure/NoBadWater.top and <BR>&gt; ../BuildInitialStructure/NoBadWater.gro don't match (OW - HW1)<BR>&gt; Warning: atom names in ../BuildInitialStructure/NoBadWater.top and <BR>&gt; ../BuildInitialStructure/NoBadWater.gro don't match (HW1 - HW2)<BR>&gt; Warning: atom names in ../BuildInitialStructure/NoBadWater.top and <BR>&gt; ../BuildInitialStructure/NoBadWater.gro don't match (HW2 - OW)<BR>&gt; Warning: atom names in ../BuildInitialStructure/NoBadWater.top and <BR>&gt; ../BuildInitialStructure/NoBadWater.gro don't match (OW - HW1)<BR>&gt; Warning: atom names in ../BuildInitialStructure/NoBadWater.top and <BR>&gt; ../BuildInitialStructure/NoBadWater.gro don't match (HW1 - HW2)<BR>&gt;<BR>&gt;<BR>&gt; *I can't seem to find where the discrepancy is between by top file and <BR>&gt; structure file. Here's an excerpt from my top file:*<BR>&gt;<BR>&gt; ; Include forcefield parameters<BR>&gt; #include "ffgmx.itp"<BR>&gt; #include "lipid.itp"<BR>&gt; ; Include
 topologies<BR>&gt; #include "dmpc.itp"<BR>&gt; #ifdef FLEX_SPC<BR>&gt; #include "flexspc.itp"<BR>&gt; #else<BR>&gt; #include "spc.itp"<BR>&gt; #endif<BR>&gt; [ moleculetype ]<BR>&gt; ; Name nrexcl<BR>&gt; Protein 3<BR>&gt; . . . . . . .<BR>&gt; [ system ]<BR>&gt; ; Name<BR>&gt; My membrane with peptides in water<BR>&gt; [ molecules ]<BR>&gt; ; Compound #mols<BR>&gt; Protein 2<BR>&gt; DMPC 128<BR>&gt; SOL 6636<BR>&gt;<BR>&gt; *(I purposely cut out the atoms and such of "Protein", b/c it's not <BR>&gt; relevant here). This worked previously, so I'm not sure what's going on <BR>&gt; here, any suggestions?<BR>&gt;<BR>&gt; Thanks,<BR>&gt;<BR>&gt; Arneh<BR>&gt; *<BR>&gt;<BR>&gt;<BR>&gt; -------------------------------------------------------------<BR>&gt; Antes ahora y siempre COLEGIO<BR>&gt; University of Puerto Rico at Mayaguez<BR>&gt; http://www.uprm.edu<BR>&gt; -------------------------------------------------------------<BR>&gt;<BR>&gt;<BR>&gt;<BR>&gt;
 <BR>_______________________________________________<BR>gmx-users mailing list gmx-users@gromacs.org<BR>http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<BR>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <BR>www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<BR>Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php<BR></BLOCKQUOTE><BR><p>
                <hr size=1>Yahoo! Messenger with Voice. <a href="http://us.rd.yahoo.com/mail_us/taglines/postman1/*http://us.rd.yahoo.com/evt=39663/*http://voice.yahoo.com">Make PC-to-Phone Calls</a> to the US (and 30+ countries) for 2¢/min or less.