So if I generate an .itp with PRODRG, and link it in the .top file, then grompp can use the original .pdb file? Or it's not that simple?<br><br><div><span class="gmail_quote">On 6/12/06, <b class="gmail_sendername">Alan Dodd
</b> &lt;<a href="mailto:anoddlad@yahoo.com">anoddlad@yahoo.com</a>&gt; wrote:</span><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">It's entirely possible to mix and match forcefield
<br>files to create a hybrid forcefield - the lipid<br>forcefield I use has OPLS parameters for the<br>headgroups, custom parameters for lipid tails, and GMX<br>parameters for everything else.&nbsp;&nbsp;As long as the hybrid<br>forcefield is internally consistent, it will work.
<br>How accurate it is, is another matter...<br>So yes, you can technically use PRODRG itps with other<br>forcefields, but bear in mind firstly, atomtypes etc<br>in your itp file will all need checking to make sure<br>they are accounted for in both forcefields (are
<br>'default' values the same in one forcefield as<br>another, for instance?&nbsp;&nbsp;Probably not - you may need to<br>alter the itp to describe defaults explicitly), and<br>secondly that they are not designed to be used in the<br>
same system.<br><br>--- Dongsheng Zhang &lt;<a href="mailto:dong@pampas.chem.purdue.edu">dong@pampas.chem.purdue.edu</a>&gt;<br>wrote:<br><br>&gt; Sear Mark,<br>&gt;<br>&gt; Since PRODRG server only generates a itp file by
<br>&gt; using gromos type force<br>&gt; field, do I have to use gromos force field for my<br>&gt; whole protein-ligand<br>&gt; system if my ligand force field parameters are got<br>&gt; from PRODRG? In<br>&gt; another word, can I mix two different force field
<br>&gt; (one for protein, one<br>&gt; for ligand) in one system? Thanks!<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt; Best Wishes!<br>&gt;<br>&gt; Dongsheng<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt; On Tue, 2006-06-13 at 01:16 +1000, Mark Abraham<br>&gt; wrote:
<br>&gt; &gt; Tamas Horvath wrote:<br>&gt; &gt; &gt; As I understand, if there are &quot;special&quot;<br>&gt; molecules in a pdb file, pdb2gmx<br>&gt; &gt; &gt; cannot convert it. However, PRODRG can create an<br>&gt; *.itp file for that
<br>&gt; &gt; &gt; molecule, so that I can include it in the<br>&gt; generated topology file. But<br>&gt; &gt; &gt; how can I place the molecule in it's original<br>&gt; position? Or even better,<br>&gt; &gt; &gt; how can I convert the original (&quot;full&quot;) .pdb
<br>&gt; file for gromacs?<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; Where's the problem? pdb2gmx makes a .top file for<br>&gt; your non-special<br>&gt; &gt; system, you #include the .itp file for your<br>&gt; special part. There's<br>&gt; &gt; nothing about atomic positions yet.... have a look
<br>&gt; at a .top file. Now<br>&gt; &gt; grompp takes the .top and some file with atomic<br>&gt; positions and makes a<br>&gt; &gt; .tpr file. Same general procedure as normal.<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; Mark<br>&gt; &gt; _______________________________________________
<br>&gt; &gt; gmx-users mailing list&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>&gt; &gt; <a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users
</a><br>&gt; &gt; Please don't post (un)subscribe requests to the<br>&gt; list. Use the<br>&gt; &gt; www interface or send it to<br>&gt; <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
&gt; &gt; Can't post? Read<br>&gt; <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>&gt; _______________________________________________<br>&gt; gmx-users mailing list&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>&gt; <a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>&gt; Please don't post (un)subscribe requests to the
<br>&gt; list. Use the<br>&gt; www interface or send it to<br>&gt; <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>&gt; Can't post? Read<br>&gt; <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php">
http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>&gt;<br><br><br>__________________________________________________<br>Do You Yahoo!?<br>Tired of spam?&nbsp;&nbsp;Yahoo! Mail has the best spam protection around<br><a href="http://mail.yahoo.com">
http://mail.yahoo.com</a><br>_______________________________________________<br>gmx-users mailing list&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br><a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">
http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org
</a>.<br>Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br></blockquote></div><br>