<br><font size=2 face="sans-serif">Dear all,</font>
<br>
<br><font size=2 face="sans-serif">I am trying to get my feet wet with the Coarse-grained Force Field developed by Marrink et al.</font>
<br><font size=2 face="sans-serif">I've downloaded the examples of top-File, gro-file and mdp-file for the Water model on Marrink's website.</font>
<br>
<br><font size=2 face="sans-serif">Unfortunately, I didn't succeed to reproduce the diffusion constant and isothermal compressibility data found in Marrink's paper:</font>
<br><font size=2 face="sans-serif">&quot;Coarse-grained Model for Semi-Quantitative Lipid Simulations&quot;, J. Phys. Chem. B, 2004, 108, 750-760.</font>
<br>
<br><font size=2 face="sans-serif">The gro-file contains 1728 W beads.</font>
<br><font size=2 face="sans-serif">I didn't changed the parameters in the mdp-file: 100000 time Steps of 50 fs.</font>
<br><font size=2 face="sans-serif">From g_energy, I obtained an isothermal compressibility of 1.25x10-5 bar-1 &nbsp; instead of 6x10-5 bar-1 found by Marrink.</font>
<br><font size=2 face="sans-serif">From g_msd, I obtained a diffusion constant of 1.5x10-5 cm2/s instead of 5x10-6 cm2/s found by Marrink.</font>
<br><font size=2 face="sans-serif">The Coarse-grained diffusion constant has to be multiply by 4 (a CG Water bead representing 4 Water molecule) in order to obtained a real diffusion constant of 2x10-5 cm2/s...</font>
<br>
<br><font size=2 face="sans-serif">Do you have any idea why I am not able to reproduce Marrink's data?</font>
<br>
<br><font size=2 face="sans-serif">Thank you for your help</font>
<br>
<br><font size=2 face="sans-serif">Best Regards</font>
<br>
<br><font size=2 face="sans-serif">Pierre Verstraete</font>