<HTML><BODY>
<DIV><BR>In God We Trust<BR>Hello Dr Biswas </DIV>
<DIV>Thank you very much for your reply.</DIV>
<DIV>We are working with <STRONG>Gromos force field</STRONG> by QMMM_GMX for 
QMMM minimization of bilirubin at HSA.</DIV>
<DIV>1-How can we add non-polar hydrogens to united atoms in QM box 
of&nbsp;&nbsp;bilirubin?<BR>2-How can we make CPMD_int.run and in section 
atoms and how can we calculate coordinates for each atoms for bilirubin 
molecule?&nbsp; <BR>3-May I ask you to explain&nbsp; EXTELEC section in your 
examples? <BR>4-It seems that QM box at your examples is more than space 
between the outermost atoms&nbsp; plus 3 angstrom?. How can we select QM box 
dimensions for bilirubin?&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <BR>Thank you 
very much in advance..<BR>Sincerely yours<BR>Karim Mahnam<BR>Institute 
of&nbsp; Biochemistry&nbsp; and&nbsp; Biophysics (IBB)<BR>Tehran University 
<BR>P.O.box 13145-1384<BR>Tehran <BR>Iran <BR><A 
href="http://www.ibb.ut.ac.ir/">http://www.ibb.ut.ac.ir/</A></DIV>
</BODY></HTML>