<html><head><style type="text/css"><!-- DIV {margin:0px} --></style></head><body><div style="font-family:times new roman, new york, times, serif;font-size:12pt"><div style="font-family: times new roman,new york,times,serif; font-size: 12pt;">Then you shall make them as a group before the simulation...<br><br>Fortunately, there is -rerun for mdrun.<br>I suggest the following way:<br>1. Use make_ndx to make groups for three DNA molecules respectively, namely d1, d2 and d3. The 4th groups is of course sol.<br>2. Set unconstained_start=no in the mdp file.<br>3. Set energygrps=d1 d2 d3 sol in the mpd file.<br>4. Use mdrun -rerun your.xtc<br><br>Yang Ye<br><br><div style="font-family: times new roman,new york,times,serif; font-size: 12pt;">----- Original Message ----<br>From: Beniamino Sciacca &lt;superbenji83@gmail.com&gt;<br>To: Discussion list for GROMACS users &lt;gmx-users@gromacs.org&gt;<br>Sent: Wednesday, June 21, 2006 10:26:05 PM<br>Subject: [gmx-users] Energy of part of
 system<br><br><div>Dear gmx user,<br>my system is: three DNA molecules solvated in water and ions.<br>At the end of md I would to know the interaction energy between the <br>three molecules of DNA.<br>How can I do?<br>If I use g_energy and I choose "Potential" I obtain the potential energy <br>of the whole system, isn't it?<br>But I want the interaction energy.....<br><br>Thanks in advance<br>Beniamino Sciacca<br><br>_______________________________________________<br>gmx-users mailing list&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;gmx-users@gromacs.org<br><a target="_blank" href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br>Can't post? Read <a target="_blank"
 href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br></div></div><br></div></div></body></html>