<DIV>Hi,GMX group and other users:<BR>I am a gromacs(version 3.3) user. I want to do carbon nanotube(CNT) MD.<BR>Months ago, when I ran grompp, she told me that something was wrong.<BR>(see <A href="http://www.gromacs.org/pipermail/gmx-users/2006-April/021092.html">http://www.gromacs.org/pipermail/gmx-users/2006-April/021092.html</A>)<BR>After i got suggestions from GMX group and other users (really thank Bob <BR>who has given me some importent advices!) and checked almost <BR>all of the "Mailing lists" about CNT, i began other ways to generate <BR>my files (.gro .top and so on).</DIV>
<DIV>This morning i got the results of my working----ERRORS!<BR>So I type this for help AGAIN.<BR>I will tell what I have done in details, may anyone could give me a hand.</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>&lt;What i have?&gt; <BR>a "cnt.pdb" and a "cnt.gro" which i write by myself on the base of "cnt.pdb"</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>&lt;What i need?&gt;<BR>A stable structure ----"cnt.top"</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>&lt;What i have tried?&gt;<BR>(A) PRODRG (B) WRITE "cnt.top" MANUALLY&nbsp; &lt;C&gt; x2top</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>(A) PRODRG<BR>when i input my cnt.pdb, it told me something like "the atoms C are not in same plane".<BR>so i gave it up.</DIV>
<DIV><BR>(B) WRITE "cnt.top" MANUALLY <BR>After checked most of the "Mailing lists" about CNT, i began my work as follows:<BR>a. write cntbon.itp for c-c bond forcefield of the CNT<BR>b. write cntnb.itp for nonbond forcefield of the CNT<BR>c. write cnt.itp for the CNT molecule structure<BR>d. include files in a. b. c. into "cnt.top"</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>Am i on the right way? if so, i will show how the files look like,<BR>=========================================================================</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>*****a.&nbsp; the cntbon.itp<BR>------------------------------------------------<BR>[ bondtypes ]<BR>&nbsp; ; i&nbsp;&nbsp; j&nbsp;&nbsp; func&nbsp;&nbsp;&nbsp; b0&nbsp;&nbsp;&nbsp; D&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; bata<BR>&nbsp; C&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp; 0.14200&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 478900&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 21.867</DIV>
<DIV>[ angletypes ]<BR>&nbsp; ; i&nbsp;&nbsp;&nbsp; j&nbsp;&nbsp;&nbsp; k func&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; th0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; cth<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; 120.000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 418.400</DIV>
<DIV>[ dihedraltypes ]<BR>&nbsp; ; j&nbsp;&nbsp;&nbsp; k func&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; phi0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; cp&nbsp;&nbsp; mult<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; 180.000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12.060&nbsp;2</DIV>
<DIV>------------------------------------------------</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>*****b. the cntnb.itp<BR>------------------------------------------------<BR>[ atomtypes ]<BR>;name&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; mass&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; charge&nbsp;&nbsp; ptype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; c6&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; c12<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12.01100&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; A&nbsp;&nbsp; 0.57353E-02&nbsp;0.18707E-05</DIV>
<DIV>[ nonbond_params ]<BR>&nbsp; ; i&nbsp;&nbsp;&nbsp; j func&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; c6&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; c12<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 0.57353E-02&nbsp;&nbsp; 0.18707E-05</DIV>
<DIV>[ pairtypes ]<BR>&nbsp; ; i&nbsp;&nbsp;&nbsp; j func&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; cs6&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; cs12<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 0.57353E-02&nbsp;&nbsp; 0.18707E-05<BR>------------------------------------------------</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>*****c. cnt.itp<BR>===========================<BR>&nbsp;[ moleculetype ]<BR>; molname&nbsp;nrexcl<BR>CNT&nbsp;&nbsp;4</DIV>
<DIV>[ atoms ]<BR>;&nbsp;&nbsp; nr&nbsp;&nbsp; type&nbsp; resnr residue&nbsp; atom&nbsp;&nbsp; cgnr&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; charge&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; mass<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; CNT&nbsp;&nbsp; C1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12 <BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; CNT&nbsp;&nbsp; C2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12 <BR>...<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 59&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; CNT&nbsp;&nbsp; C59&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 58&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12&nbsp; <BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 60&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; CNT&nbsp;&nbsp; C60&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 59&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12 </DIV>
<DIV>[ bonds ]<BR>;&nbsp;ai&nbsp;aj&nbsp;funct&nbsp;b0&nbsp;D&nbsp;bata<BR>&nbsp;1&nbsp;2&nbsp;3&nbsp;0.142&nbsp;478900&nbsp;21.867<BR>&nbsp;1&nbsp;20&nbsp;3&nbsp;0.142&nbsp;478900&nbsp;21.867<BR>&nbsp;2&nbsp;11&nbsp;3&nbsp;0.142&nbsp;478900&nbsp;21.867<BR>.<BR>.<BR>[ pairs ]<BR>;&nbsp;ai&nbsp;aj&nbsp;funct&nbsp;c6&nbsp;12<BR>&nbsp;1&nbsp;10&nbsp;1&nbsp;0&nbsp;0<BR>&nbsp;2&nbsp;3&nbsp;1&nbsp;0&nbsp;0<BR>&nbsp;4&nbsp;5&nbsp;1&nbsp;0&nbsp;0<BR>.<BR>.<BR>[ angles ]<BR>;&nbsp;ai&nbsp;aj&nbsp;ak&nbsp;funct&nbsp;th0&nbsp;cth<BR>&nbsp;1&nbsp;2&nbsp;11&nbsp;1&nbsp;118.35&nbsp;418.4<BR>&nbsp;3&nbsp;4&nbsp;13&nbsp;1&nbsp;118.35&nbsp;418.4<BR>&nbsp;1&nbsp;20&nbsp;29&nbsp;1&nbsp;120&nbsp;418.4<BR>&nbsp;3&nbsp;12&nbsp;21&nbsp;1&nbsp;120&nbsp;418.4<BR>.<BR>.<BR>[ dihedrals ]<BR>;&nbsp;ai&nbsp;aj&nbsp;ak&nbsp;al&nbsp;funct&nbsp;<BR>&nbsp;1&nbsp;20&nbsp;19&nbsp;10&nbsp;1<BR>&nbsp;2&nbsp;11&nbsp;12&nbsp;3&nbsp;1<BR>&nbsp;4&nbsp;13&nbsp;14&nbsp;5&nbsp;1<BR>&nbsp;6&nbsp;15&nbsp;16&nbsp;7&nbsp;1<BR>.<BR>.<BR>.</DIV>
<DIV>===========================</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>*****d. cnt.top<BR>--------------------------------------------------<BR>#include "ffgmx.itp"<BR>#include "cntbon.itp"<BR>#include "cntnb.itp"<BR>#include "cnt.itp"</DIV>
<DIV>[ system ]<BR>;Name<BR>cnt-with-5-by-5</DIV>
<DIV>[ molecules ]<BR>;Molecule name&nbsp;Number of molecules<BR>CNT&nbsp;1</DIV>
<DIV>----------------------------------------------------</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>******e. The cnt.gro<BR>===================================<BR>&nbsp;"These are the 005005060 single walled carbon nanotube's xyz by jacky" (jacky allon)<BR>60<BR>1CNT&nbsp;&nbsp; C1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.3390&nbsp;&nbsp; 0.0000&nbsp;&nbsp; 0.0000&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; 0<BR>..<BR>1CNT&nbsp;&nbsp; C10&nbsp;&nbsp; 10&nbsp;&nbsp; 0.2268&nbsp; -0.2519&nbsp;&nbsp; 0.0000&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; 0<BR>1CNT&nbsp;&nbsp; C11&nbsp;&nbsp; 11&nbsp;&nbsp; 0.2743&nbsp;&nbsp; 0.1993&nbsp;&nbsp; 0.1230&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; 0<BR>..<BR>1CNT&nbsp;&nbsp; C20&nbsp;&nbsp; 20&nbsp;&nbsp; 0.3316&nbsp; -0.0705&nbsp;&nbsp; 0.1230&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; 0<BR>1CNT&nbsp;&nbsp; C21&nbsp;&nbsp; 21&nbsp;&nbsp; 0.1048&nbsp;&nbsp; 0.3224&nbsp;&nbsp; 0.2460&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; 0<BR>..<BR>1CNT&nbsp;&nbsp; C30&nbsp;&nbsp; 30&nbsp;&nbsp; 0.3097&nbsp;&nbsp; 0.1379&nbsp;&nbsp; 0.2460&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; 0<BR>1CNT&nbsp;&nbsp; C31&nbsp;&nbsp; 31&nbsp; -0.1048&nbsp;&nbsp; 0.3224&nbsp;&nbsp; 0.3689&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; 0<BR>..<BR>1CNT&nbsp;&nbsp; C40&nbsp;&nbsp; 40&nbsp;&nbsp; 0.1695&nbsp;&nbsp; 0.2936&nbsp;&nbsp; 0.3689&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; 0<BR>1CNT&nbsp;&nbsp; C41&nbsp;&nbsp; 41&nbsp; -0.2743&nbsp;&nbsp; 0.1993&nbsp;&nbsp; 0.4919&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; 0<BR>..<BR>1CNT&nbsp;&nbsp; C50&nbsp;&nbsp; 50&nbsp; -0.0354&nbsp;&nbsp; 0.3371&nbsp;&nbsp; 0.4919&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; 0<BR>1CNT&nbsp;&nbsp; C51&nbsp;&nbsp; 51&nbsp; -0.3390&nbsp;&nbsp; 0.0000&nbsp;&nbsp; 0.6149&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; 0<BR>..<BR>1CNT&nbsp;&nbsp; C60&nbsp;&nbsp; 60&nbsp; -0.2268&nbsp;&nbsp; 0.2519&nbsp;&nbsp; 0.6149&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; 0<BR>2.4596&nbsp;&nbsp; 2.4596&nbsp;&nbsp; 2.4596<BR>===================================</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>******f. The em.mdp<BR>===================================<BR>;<BR>;&nbsp;Input file<BR>;<BR>cpp&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; /usr/bin/cpp<BR>define&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; -DFLEX_SPC<BR>integrator&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; steep<BR>constraints&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; none<BR>integrator&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; steep<BR>nsteps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 1000<BR>;<BR>;&nbsp;Energy minimizing stuff<BR>;<BR>emtol&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 2000<BR>emstep&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 0.01</DIV>
<DIV>nstcomm&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 1<BR>ns_type&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; grid<BR>rlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 1.0<BR>rcoulomb&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 1.0<BR>rvdw&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 1.0<BR>Tcoupl&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; no<BR>Pcoupl&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; no<BR>gen_vel&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; no</DIV>
<DIV>=============================================================================</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>e. Run the grompp for EM<BR>[root@localhost cnt0621]# grompp -f em.mdp -c cnt.gro -p cnt.top -o<BR>.<BR>. <BR>creating statusfile for 1 node...<BR>' for variable integrator, using 'md'<BR>Next time use one of: 'md' 'steep' 'cg' 'bd' 'sd' 'nm' 'l-bfgs' 'tpi'<BR>' for variable ns-type, using 'Grid'<BR>Next time use one of: 'Grid' 'Simple'<BR>' for variable tcoupl, using 'No'<BR>Next time use one of: 'No' 'Berendsen' 'Nose-Hoover' 'yes' 'Andersen' 'Andersen-<BR>interval'<BR>' for variable Pcoupl, using 'No'<BR>Next time use one of: 'No' 'Berendsen' 'Parrinello-Rahman' 'Isotropic'<BR>' for variable gen-vel, using 'no'<BR>Next time use one of: 'no' 'yes'<BR>' for variable constraints, using 'none'<BR>Next time use one of: 'none' 'h-bonds' 'all-bonds' 'h-angles' 'all-angles'<BR>&nbsp;<BR>Back Off! I just backed up mdout.mdp to ./#mdout.mdp.2#<BR>WARNING 1 [file em.mdp, line unknown]:<BR>&nbsp; Unknown left-hand 'integrator' in parameter file<BR>&nbsp;<BR>checking input for internal consistency...<BR>...ling /usr/bin/cpp<BR>: 没有那个文件或目录/cpp&nbsp; (No that file or directory /cpp)<BR>cpp exit code: 32512<BR>&nbsp;5x-60.top &gt; gromppUhFDce' -DFLEX_SPC<BR>' command is defined in the .mdp file<BR>processing topology...<BR>processing coordinates...<BR>-------------------------------------------------------<BR>Program grompp, VERSION 3.3<BR>Source code file: grompp.c, line: 427<BR>&nbsp;<BR>Fatal error:<BR>number of coordinates in coordinate file (5x-60.gro, 60)<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; does not match topology (5x-60.top, 0)<BR>-------------------------------------------------------<BR>&nbsp;<BR>"Fly to the Court of England and Unfold" (Macbeth, Act 3, Scene 6, William Shake<BR>speare)<BR>&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; <BR>&gt;There are two points i cannot understand: <BR>&gt;1st, when i did not mention"integrator=steep", grompp told me "using 'md'". <BR>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; why she still showed me the same message when i add "ntegrator=steep"?<BR>&gt;(someone said this may be because grompp did not recognize some format of .mdp file. What's that?)<BR>&gt;2nd,Fatal error:<BR>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; number of coordinates in coordinate file (5x-60.gro, 60)<BR>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; does not match topology (5x-60.top, 0)<BR>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; How could i make some changes to fix this ERROR? i am completely confused here.<BR>&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>&lt;C&gt; x2top</DIV>
<DIV>i also tried x2top to generate the .top file. But when i tried x2top: <BR>[root@localhost cnt0621]# x2top -f cnt.gro -o cnt.top -pbc<BR>.<BR>.<BR>&nbsp;choose 7: [DEPRECATED] Gromacs force field (see manual)<BR>.<BR>Looking whether force field file ffgmx.rtp exists<BR>Opening library file /usr/share/gromacs/top/ffgmx.rtp<BR>Generating bonds from distances...<BR>Opening library file /usr/share/gromacs/top/ffgmx.atp<BR>There are 53 type to mass translations<BR>atom 60<BR>Opening library file /usr/share/gromacs/top/ffgmx.n2t<BR>There are 23 name to type translations<BR>-------------------------------------------------------<BR>Program x2top, VERSION 3.3<BR>Source code file: x2top.c, line: 239<BR>&nbsp;<BR>Fatal error:<BR>No forcefield type for atom 1 (1) with 1 bonds<BR>&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;<BR>&gt;upto this error, i changed the unit of the cnt.gro from nm to Angstrom (should? should not?)<BR>&gt;so that the file looks like<BR>&gt;------------------------------------------------------<BR>&gt; "These are the 005005060 single walled carbon nanotube's xyz by jacky" (jacky allon)<BR>&gt;60<BR>&gt;1CNT&nbsp;&nbsp; C1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.390&nbsp;&nbsp; 0.0000&nbsp;&nbsp; 0.0000&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; 0<BR>&gt;..<BR>&gt;1CNT&nbsp;&nbsp; C10&nbsp;&nbsp; 10&nbsp;&nbsp; 2.268&nbsp; -2.519&nbsp;&nbsp; 0.0000&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; 0<BR>&gt;1CNT&nbsp;&nbsp; C11&nbsp;&nbsp; 11&nbsp;&nbsp; 2.743&nbsp;&nbsp; 1.993&nbsp;&nbsp; 1.230&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; 0<BR>&gt;.<BR>&gt;.<BR>&gt;------------------------------------------------------<BR>&gt;<BR>&gt;then x2top gave another error as:<BR>&gt;....<BR>&gt;....<BR>&gt;Looking whether force field file ffgmx.rtp exists<BR>&gt;Opening library file /usr/share/gromacs/top/ffgmx.rtp<BR>&gt;-------------------------------------------------------<BR>&gt;Program x2top, VERSION 3.3<BR>&gt;Source code file: confio.c, line: 709<BR>&gt; <BR>&gt;Fatal error:<BR>&gt;Invalid line in cnt.gro for atom 1:<BR>&gt;1CNT&nbsp;&nbsp;&nbsp; C2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.097&nbsp;&nbsp; 1.379&nbsp;&nbsp; 0.000<BR>&gt;-------------------------------------------------------<BR>&gt;<BR>&gt;So, what's that? A format error again or something else? How should i do to fix that?<BR>&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;</DIV>
<DIV>That's all, i have tried 3 ways, and got more errors!<BR>Can any one help me over these?!<BR>Thanking you!</DIV>
<DIV>Jacky Allon<BR>jackyxh at 163.com<BR></DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV><SPAN >--<BR>If you send me one, I will always Re you three, friendship, help or anything else except emails and money:) ——Jacky Allon</SPAN><br><!-- footer --><br><br><br><br><br><div style="border-bottom:1px solid #999"></div><br>

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