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  <title></title>
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<body bgcolor="#ffffff" text="#000000">
Dear David, dear all,<br>
<blockquote cite="mid20060624041025.C76C72407F@xray.bmc.uu.se"
 type="cite">
  <pre wrap="">Volker Knecht wrote:
  </pre>
  <blockquote type="cite">
    <pre wrap="">there seems to be a bug in g_mindist version 3.3.1. When using g_mindist 
to determine the minimal distance between two molecules in solution as a 
function of time, the output fluctuates around 0.1nm although the 
molecules are separated for part of the time. When using version 3.2.1 
instead, the output is fine (separation on the nm range for part of the 
time in agreement with visual inspection).

Unfortunately, g_mindist version 3.2.1 gives the right output if it 
runs, but in some cases crashes with a segmentation fault as reported in 
the mailing list previously.  Therefore it would very helpful if the 
apparent bug in version 3.3.1 could be fixed.

Thanks in advance.

Kind regards,
Volker

    </pre>
  </blockquote>
  <pre wrap=""><!----></pre>
</blockquote>
David van der Spoel wrote:<br>
<blockquote cite="mid20060624041025.C76C72407F@xray.bmc.uu.se"
 type="cite">
  <pre wrap="">Are you certain it is not due to periodic boundary conditions, i.e. te 
distance is reallly correct if PBC are taken into account?
  </pre>
</blockquote>
Yes,&nbsp; I'm quite sure. When I take a snapshot and multiply it in all
directions using genconf and look at the resulting pdb using rasmol,
the two molecules are clearly separated. This is also supported by the
results from g_mindist version 3.2.1 which however suffers from
different problems as stated above. g_mindist version 3.3.1 yields a
minimum distance of 0.1nm for this snapshot.<br>
<br>
Volker<br>
<br>
<pre class="moz-signature" cols="72">-- 
Dr. Volker Knecht
Theory Department
Max Planck Institute of Colloids and Interfaces
Research Campus Golm
14424 Potsdam, Germany

Phone: +49-331-567-9610
Fax: +49-331-567-9612
</pre>
</body>
</html>