<span class="gmail_quote"></span>Hi all!.<br><br>I was trying to simulate a complex cation in MeCN solution and this called my attention: grompp gives me: &quot;Generating 1-4 interactions: fudge = 0.5&quot;. It's not wrong, since I put this fudge for the VdW interactions, BUT I also placed a different fudge for the intramolecular coulombic interations (
0.8333), using these lines in the &quot;.top&quot; file I created:<br><br>[ defaults ]<br>; nbfunc&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;com-rule&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;gen-pairs&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;fudgeLJ&nbsp;&nbsp;fudgeQ<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;yes&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.5000&nbsp;&nbsp;0.8333<br><br>Shouldn't grompp output two fudge parameters instead of only one? How can I be sure that it's using two different fudges, or it simply doesn't output that?
<br><br>Thanks a lot for everything in advance.<br><br>Jones<br>