Hi, Do you have any temp.top in your folder where you ran genbox? If is yes, you can use it instead of cals.top.<BR><BR><B><I>leila_ayadi@lineone.net</I></B> wrote:   <BLOCKQUOTE class=replbq style="PADDING-LEFT: 5px; MARGIN-LEFT: 5px; BORDER-LEFT: #1010ff 2px solid">encountered the problem when running grompp:<BR>Fatal error : number of coordinates in coordinate file <CALSM.PDB,134637><BR>does not match topology <CALS.TOP,0><BR><BR><BR>the em.mdp file is as follows :<BR>;<BR>; User spoel (236)<BR>; Wed Nov 3 17:12:44 1993<BR>; Input file<BR>;<BR><BR><BR>constraints = none<BR>integrator = steep<BR>nsteps = 100<BR>;<BR>; Energy minimizing stuff<BR>;<BR>emtol = 2000<BR>emstep = 0.01<BR><BR>nstcomm = 1<BR>ns_type = grid<BR>rlist = 1<BR>rcoulomb = 1.0<BR>rvdw = 1.0<BR>Tcoupl = no<BR>Pcoupl = no<BR>gen_vel = no<BR><BR><BR><BR>___________________________________________________________<BR><BR>Tiscali Broadband from 14.99 with free
 setup!<BR>http://www.tiscali.co.uk/products/broadband/<BR><BR><BR>_______________________________________________<BR>gmx-users mailing list gmx-users@gromacs.org<BR>http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<BR>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<BR>www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<BR>Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php<BR></BLOCKQUOTE><BR><p>&#32;__________________________________________________<br>Do You Yahoo!?<br>Tired of spam?  Yahoo! Mail has the best spam protection around <br>http://mail.yahoo.com